永徽四年，公元653年春季二月甲申日，高宗下诏将房遗爱、薛万彻、柴令武全部斩首，荆王李元景、吴王李恪、高阳公主、巴陵公主一同赐令自尽。高宗私下对侍臣说：“荆王是我的叔父，吴王是我的兄长，我想赦免他们的死罪，行吗？”兵部尚书崔敦礼认为不行，于是将他们处死。薛万彻临刑前大声喊道：“薛万彻是堂堂大丈夫，留着我为国家效命战死，难道不好吗？竟然因为房遗爱而被杀！”吴王李恪临死前骂道：“长孙无忌擅弄权术，陷害忠良，祖宗要是有灵，定会让他不久后灭族！”
乙酉日，侍中兼太子詹事宇文节、特进太常卿江夏王李道宗、左骁卫大将军驸马都尉执失思力，都因与房遗爱有交往而获罪，流放岭南。宇文节与房遗爱关系亲密，房遗爱入狱后，宇文节多次为他说情。江夏王李道宗向来与长孙无忌、褚遂良不和，因此都被治罪。戊子日，将李恪的同母弟弟蜀王李愔废为平民，安置在巴州；房遗直被贬为春州铜陵尉，薛万彻的弟弟薛万备流放交州；废除房玄龄配享太宗庙庭的待遇。
任命开府仪同三司李积为司空。
起初，林邑王范头利去世，儿子真龙即位，大臣伽独杀死真龙，诛灭了范氏家族。伽独自立为王，国人不服，于是立范头利的女婿婆罗门为王。国人都思念范氏，又罢免了婆罗门，立范头利的女儿为王。女王无法治理国家，有个名叫诸葛地的人，是范头利姑母的儿子，父亲被范头利杀死，他向南逃到真腊。大臣可伦翁定派遣使者将他迎回并拥立为王，把女王嫁给了他，民众这才安定下来。夏季四月戊子日，诸葛地派遣使者入朝进贡。
秋季九月壬戌日，右仆射北平定公张行成去世。甲戌日，任命褚遂良为右仆射，仍担任同中书门下三品，还负责选拔官员的事务。
冬季十月庚子日，高宗前往骊山温泉；乙巳日，返回宫中。
起初，睦州女子陈硕贞用妖言蛊惑民众，与妹夫章叔胤起兵反叛，自称文佳皇帝，任命章叔胤为仆射。甲子日夜，章叔胤率领部众进攻桐庐，将其攻陷。陈硕贞撞钟焚香，率领两千士兵攻陷睦州和於潜，进而攻打歙州，未能攻克。高宗下诏命扬州刺史房仁裕出兵讨伐。陈硕贞派遣部将童文宝率领四千人侵犯婺州，刺史崔义玄出兵抵抗。民间传言陈硕贞有神力，触犯她军队的人必遭灭族，士兵们都感到恐惧。司功参军崔玄籍说：“起兵凭借正义，尚且难以成功，何况依靠妖术虚妄之说，怎能长久呢！”崔义玄任命崔玄籍为前锋，自己率领州兵随后跟进，抵达下淮戍时，与叛军相遇并交战。身边的人用盾牌为崔义玄遮挡箭矢，崔义玄说：“刺史躲避箭矢，士兵们谁还肯拼死作战！”便下令撤去盾牌。于是士兵们奋勇争先，叛军大败，被斩首数千级。崔义玄允许其余叛军投降；进军到睦州境内时，投降的叛军数以万计。十一月庚戌日，房仁裕的军队赶到，与崔义玄会师，擒获陈硕贞、章叔胤，将他们斩首，残余叛军全部平定。崔义玄因功被任命为御史大夫。
癸丑日，任命兵部尚书崔敦礼为侍中。
十二月庚子日，侍中蓚宪公高季辅去世。
这一年，西突厥乙毘咄陆可汗去世，他的儿子颉苾达度设号称真珠叶护，开始与沙钵罗可汗产生矛盾，与五弩失毕部一同攻打沙钵罗可汗，将其击败，斩首一千余人。
永徽五年，公元654年春季正月壬戌日，羌人酋长冻就归附唐朝，朝廷在其居住地设置剑州。
三月戊午日，高宗前往万年宫。庚申日，追赠武德年间的功臣屈突通等十三人官职。
起初，王皇后没有儿子，萧淑妃受到宠爱，王皇后十分忌恨。高宗做太子时，入宫侍奉太宗，见到才人武氏便心生喜爱。太宗驾崩后，武氏随同其他妃嫔进入感业寺削发为尼。太宗的忌日，高宗前往感业寺上香，见到武氏，武氏哭泣，高宗也为之落泪。王皇后得知后，暗中让武氏留起头发，劝说高宗将她纳入后宫，想借此离间高宗对萧淑妃的宠爱。武氏聪慧机敏，善于权谋，刚入宫时，言辞谦卑、举止恭顺地侍奉王皇后。王皇后十分喜爱她，多次在高宗面前称赞她的美貌。不久，武氏得到高宗的极大宠爱，被册封为昭仪，王皇后和萧淑妃的宠爱都逐渐衰减，二人于是联手一同诬陷武氏，高宗都不予采纳。武昭仪想要追赠父亲，但没有合适的名义，于是借着褒赏功臣的机会，普遍追赠屈突通等人，而武士彟也在其中。
乙丑日，高宗前往凤泉汤；己巳日，返回万年宫。
夏季四月，大食出兵进攻波斯，杀死波斯王伊嗣侯，伊嗣侯的儿子卑路斯逃奔吐火罗。大食军队撤退后，吐火罗出兵拥立卑路斯为波斯王，然后撤军返回。
闰四月丙子日，朝廷在处月部设置金满州。丁丑日夜，天降大雨，山洪暴发，冲毁玄武门，在宫中宿卫的士兵纷纷逃走。右领军郎将薛仁贵说：“哪有担任宿卫的士兵，在天子遭遇危急时却敢怕死的道理！”于是登上宫门横梁大声呼喊，警示宫中之人。高宗急忙出宫登上高处，不久洪水涌入寝殿，淹死的宿卫士兵和麟游县百姓达三千余人。
壬辰日，新罗女王金真德去世，高宗下诏立她的弟弟金春秋为新罗王。
六月丙午日，恒州发生大水，滹沱河泛滥，冲毁五千三百户人家。
中书令柳奭因王皇后失宠而内心不安，请求辞去政务；癸亥日，被罢免中书令职务，改任吏部尚书。
秋季九月丁酉日，高宗返回京城。
戊戌日，高宗对五品以上官员说：“从前在先帝身边，见到五品以上官员议论政事，有的在仪仗下当面陈奏，有的退朝后密封上奏，一整天都不间断；难道现在就没有事情可议了吗？为什么你们都不说话呢？”
冬季十月，朝廷雇佣雍州四万一千人修筑长安外城，三十天完工。癸丑日，雍州参军薛景宣密封上奏说：“汉惠帝修筑长安城后，不久就去世了；如今又修筑外城，必定会有大的灾祸。”于志宁等人认为薛景宣的话大逆不道，请求将他处死。高宗说：“薛景宣虽然狂妄，但如果因为密封上奏而获罪，恐怕会堵塞言路。”于是赦免了他。
高丽派遣将领安固率领高丽、靺鞨军队进攻契丹；松漠都督李窟哥率军抵抗，在新城大败高丽军队。
这一年粮食大丰收，洛州的粟米每斗售价两钱半，粳米每斗十一钱。
王皇后、萧淑妃与武昭仪相互诬告诋毁，高宗不相信王皇后和萧淑妃的话，唯独信任武昭仪。王皇后不能委婉地侍奉高宗身边的人，她的母亲魏国夫人柳氏以及舅舅中书令柳奭入宫拜见六宫妃嫔时，也不讲究礼节。武昭仪观察到王皇后所不敬重的人，必定会真心与他们结交，将得到的赏赐分给他们。因此，王皇后和萧淑妃的一举一动，武昭仪都能知晓，并且全部向高宗汇报。
王皇后的宠爱虽然衰减，但高宗还没有废后的打算。恰逢武昭仪生下女儿，王皇后心生怜爱，前去逗弄孩子，王皇后离开后，武昭仪暗中将女儿掐死，用被子盖住。高宗到来后，武昭仪假装欢笑，掀开被子一看，发现女儿已经死了，立刻惊恐哭泣。赶忙询问身边的人，身边的人都说：“皇后刚才来过这里。”高宗大怒说：“皇后杀死了我的女儿！”武昭仪趁机哭泣着诉说王皇后的罪状。王皇后无法为自己辩解，高宗从此有了废后立武昭仪的想法。又担心大臣们不同意，于是与武昭仪前往太尉长孙无忌的府邸，宴饮至尽兴，席间任命长孙无忌宠姬的三个儿子为朝散大夫，还装载了十车金银珠宝、绫罗绸缎赏赐给长孙无忌。高宗趁机委婉地提及王皇后没有儿子，以此暗示长孙无忌支持废后，长孙无忌却用其他话题岔开，始终没有顺从高宗的旨意，高宗和武昭仪都不高兴地离开了。武昭仪又让母亲杨氏前往长孙无忌府邸，多次请求，长孙无忌始终没有答应。礼部尚书许敬宗也多次劝说长孙无忌，被长孙无忌严厉斥责。
永徽六年，公元655年春季正月壬申朔日，高宗前往昭陵祭拜；甲戌日，返回宫中。己丑日，巂州道行军总管曹继叔在斜山击败胡丛、显养、车鲁等蛮族部落，攻克十余座城池。庚寅日，册立皇子李弘为代王，李贤为潞王。
高丽与百济、靺鞨联合出兵，侵犯新罗北部边境，夺取三十三座城池；新罗王金春秋派遣使者前来求救。二月乙丑日，高宗派遣营州都督程名振、左卫中郎将苏定方出兵进攻高丽。
夏季五月壬午日，程名振等人渡过辽水，高丽见他们兵力较少，便打开城门渡过贵端水迎战。程名振等人奋勇出击，大败高丽军队，斩杀俘获一千余人，焚烧了高丽的外城及村落，然后返回。
癸未日，任命右屯卫大将军程知节为葱山道行军大总管，率军讨伐西突厥沙钵罗可汗。壬辰日，任命韩瑗为侍中，来济为中书令。
六月，武昭仪诬告王皇后与她的母亲魏国夫人柳氏施行厌胜之术，高宗下诏禁止王皇后的母亲柳氏入宫。秋季七月戊寅日，将吏部尚书柳奭贬为遂州刺史。柳奭行至扶风时，岐州长史于承素迎合旨意上奏，说柳奭泄露宫中机密，柳奭又被贬为荣州刺史。
唐朝沿袭隋朝的制度，后宫设有贵妃、淑妃、德妃、贤妃，地位都相当于一品。高宗想要特别设置宸妃一职，由武昭仪担任，韩瑗、来济劝谏说，没有这样的先例，于是作罢。
中书舍人饶阳人李义府被长孙无忌厌恶，被贬为壁州司马。敕令还未送达门下省，李义府就暗中得知了消息，向中书舍人幽州人王德俭询问对策。王德俭说：“皇上想要立武昭仪为皇后，之所以犹豫不决，只是担心宰相们有异议。你如果能上书建议立武昭仪为后，就能转祸为福。”李义府表示赞同，当天，他代替王德俭在宫中值宿，叩门献上密封奏章，请求废除王皇后，立武昭仪为后，以顺应民心。高宗非常高兴，便下诏召见李义府，与他交谈后，赏赐他一斗珍珠，让他留任原职。武昭仪又暗中派遣使者前去慰劳勉励他，不久便破格提拔他为中书侍郎。于是卫尉卿许敬宗、御史大夫崔义玄、御史中丞袁公瑜都暗中向武昭仪表达忠心。乙酉日，任命侍中崔敦礼为中书令。
八月，特别设置尚药奉御蒋孝璋为员外官，待遇与正员相同。员外官待遇同正员从蒋孝璋开始。
长安令裴行俭得知朝廷将要立武昭仪为皇后，认为国家的祸患必定由此开始，便与长孙无忌、褚遂良私下商议此事。袁公瑜得知后，将此事告知武昭仪的母亲杨氏，裴行俭因此被贬为西州都督府长史。裴行俭是裴仁基的儿子。
九月戊辰日，任命许敬宗为礼部尚书。
一天，高宗退朝后，召长孙无忌、李积、于志宁、褚遂良进入内殿。褚遂良说：“今天皇上召见我们，多半是为了皇后的事，皇上的心意已经决定，违抗他必定会死。太尉是国舅，司空是功臣，不能让皇上背负杀死国舅和功臣的名声。我褚遂良出身平民，没有立下汗马功劳，却能达到今天的地位，况且还受先帝托孤之命，如果不拼死力争，死后有何颜面去见先帝！”李积称病没有入宫。长孙无忌等人进入内殿后，高宗看着长孙无忌说：“皇后没有儿子，武昭仪有儿子，现在我想立武昭仪为皇后，你们觉得怎么样？”褚遂良回答说：“皇后出身名门望族，是先帝为陛下选定的妻子。先帝临终前，握着陛下的手对我说：‘我把我的好儿子好儿媳，现在托付给你了。’这是陛下亲耳听到的，话语还在耳边回响。皇后没有听说有什么过错，怎能轻易废除呢！我不敢曲意顺从陛下，违背先帝的遗命！”高宗不高兴地结束了谈话。第二天，高宗又提起此事，褚遂良说：“陛下如果一定要更换皇后，恳请陛下从天下名门望族中精心挑选，何必一定要立武氏呢！武氏曾经侍奉过先帝，这是众人都知道的事情，天下人的耳目，怎能遮蔽呢！万代以后，人们会怎么评价陛下呢！希望陛下三思！我现在违抗陛下，罪该处死！”于是将朝笏放在殿阶上，解下头巾叩头至流血，说：“把朝笏还给陛下，请求陛下允许我辞官回乡。”高宗大怒，下令将他带出去。武昭仪在帘后大声喊道：“何不打死这个蛮子！”长孙无忌说：“褚遂良是受先帝托孤的大臣，即使有罪也不能施加刑罚！”于志宁不敢说话。
韩瑗趁机在奏事时，痛哭流涕地极力劝谏，高宗不予采纳。第二天，韩瑗又劝谏，悲伤得无法自已，高宗下令将他带出去。韩瑗又上疏劝谏说：“平民百姓娶妻，尚且会相互挑选，何况是天子呢！皇后是天下妇女的表率，善恶都由她引领，所以嫫母辅佐黄帝成就大业，妲己导致殷王亡国，《诗经》说：‘赫赫有名的宗周，最终因褒姒而灭亡。’每当翻阅古代史书，常常为之叹息，没想到如今这样的圣明时代也会受到玷污。做事不遵循法度，后世子孙会怎么看待呢！希望陛下慎重考虑，不要被后人嘲笑！如果我的话能对国家有益，即使被剁成肉酱，也是我分内之事！从前吴王不听伍子胥的劝谏，最终导致姑苏台被麋鹿出没。我担心天下人会失望，宫廷里长满荆棘，宗庙断绝祭祀，这一天为期不远了！”来济上表劝谏说：“帝王立后，上应天道，必须选择礼仪之家、性情娴静善良的女子，以符合天下人的期望，顺应神灵的意愿。因此周文王造船迎接太姒，从而兴起《关雎》所倡导的教化，百姓蒙受福祉；汉成帝放纵私欲，立婢女为后，导致皇统断绝，国家倾覆。周朝的兴盛如此，汉朝的灾祸又这样，希望陛下仔细审察！”高宗都不予采纳。
有一天，李积入宫觐见，高宗问他：“我想立武昭仪为皇后，褚遂良固执地认为不行。褚遂良是托孤大臣，这件事难道就应该就此作罢吗？”李积回答说：“这是陛下的家事，何必再询问外人呢！”高宗的心意于是最终确定。许敬宗在朝堂上宣扬说：“乡下老头多收了十斛麦子，尚且想要换个妻子；何况天子想要立一位皇后，与其他人有什么关系，竟然妄加议论！”武昭仪让身边的人将这些话告知高宗。庚午日，将褚遂良贬为潭州都督。