显庆元年，公元656年，春季正月辛未日，下诏改封皇太子李忠为梁王、梁州刺史，立皇后的儿子代王李弘为皇太子（李弘当时才四岁）。李忠被废后，他的属官都害怕获罪而逃跑躲藏，没人敢去见他；只有右庶子李安仁等候李忠，哭着下拜辞别后才离开。李安仁是李纲的孙子。
壬申日，下诏大赦天下，改年号为“显庆”。
二月辛亥日，追赠武后之父武士彟为司徒，赐爵周国公。
三月，任命度支侍郎杜正伦为黄门侍郎、同三品。
夏季四月壬子日，矩州人谢无灵起兵造反，黔州都督李子和讨伐平定了叛乱。
己未日，高宗对侍臣说：“我思考养育百姓的方法，还没找到关键，你们为我说说。”来济回答：“从前齐桓公出游，看到饥饿寒冷的老人，下令赐他食物，老人说‘希望赐给全国的饥民’；赐他衣服，老人说‘希望赐给全国的寒民’。齐桓公说‘我的仓库怎能满足全国的饥寒！’老人说‘您不耽误农时，百姓就会有富余的食物；不耽误养蚕的关键时节，百姓就会有富余的衣服！’所以君主养育百姓，关键在于减少征役。如今山东的役丁，每年要征发数万，服劳役则百姓过于劳苦，出钱代役则百姓花费太大。我希望陛下除了公家必需的之外，其余征役全部免除。”高宗采纳了他的建议。
六月辛亥日，礼官上奏停止太祖、世祖的配祀，改为在圜丘祭昊天上帝时以高祖配享，在明堂祭五帝时以太宗配享；高宗批准了。
秋季七月乙丑日，西洱蛮酋长杨栋附、显和蛮酋长王罗祁，以及郎、昆、梨、盘四州酋长王伽冲等人，率领部众归附唐朝。
癸未日，任命中书令崔敦礼为太子少师、同中书门下三品。
八月丙申日，固安昭公崔敦礼去世。
辛丑日，葱山道行军总管程知节进攻西突厥，在榆慕谷与歌逻、处月二部交战，大败敌军，斩首一千多级。副总管周智度在咽城攻打突骑施、处木昆等部，攻克城池，斩首三万级。
乙巳日，龟兹王布失毕入朝觐见。
李义府依仗恩宠专权。洛州有个叫淳于氏的妇人，容貌美丽，被关在大理寺监狱，李义府嘱托大理寺丞毕正义枉法将她放出，打算纳为妾室，大理卿段宝玄心生怀疑，上奏此事。高宗命给事中刘仁轨等人审讯，李义府怕事情败露，逼迫毕正义在狱中上吊自杀。高宗知道后，赦免了李义府的罪，不再追究。
侍御史涟水人王义方想要弹劾李义府，先告诉母亲：“我身为御史，看到奸臣不纠举就是不忠，纠举则自身危险、连累母亲就是不孝，这两者我无法决断，该怎么办？”母亲说：“从前王陵的母亲，牺牲自己成就儿子的名声。你能尽忠事君，我死而无憾！”
王义方于是上奏：“李义府在京城之内，擅自杀害六品寺丞；就算说毕正义是自杀，也是因畏惧李义府的威势，才自杀灭口。如此一来，生杀大权就不从皇帝而出，这种风气不能助长，请求进一步核查！”于是在朝堂上，王义方呵斥李义府退下；李义府观望不退。王义方呵斥三次，皇帝始终不说话，李义府才快步退出，王义方于是宣读弹劾奏文。皇帝赦免李义府不加追究，反而说王义方诋毁侮辱大臣、言辞不恭，将他贬为莱州司户。
九月，括州遭遇暴风，海水泛滥，淹没四千多户人家。
冬季十一月丙寅日生羌酋长浪我利波等人率领部众归附唐朝，朝廷在其地设置柘、栱二州。
程知节率军抵达鹰娑川，遭遇西突厥两万骑兵，别部鼠尼施等部两万多骑兵随后赶到，前军总管苏定方率领五百骑兵疾驰出击，西突厥大败，苏定方追击二十里，斩杀俘获一千五百多人，缴获的马匹和器械漫山遍野，数都数不清。
副大总管王文度嫉妒苏定方的功劳，对程知节说：“如今虽说打败了敌军，但官军也有死伤，冒险轻进是兵法大忌，何必急于求成！从今往后应当结成方阵，把辎重放在阵中，遇到敌人再交战，这才是万全之策。”又假称另外得到皇帝旨意，说程知节恃勇轻敌，委托王文度指挥军队，于是收兵不许深入。
士兵们整天骑马披甲结成方阵，疲惫不堪，很多马瘦死了。苏定方对程知节说：“出兵是为了讨贼，如今却只知防守，坐等困敝，若遇敌人必败；如此怯懦，怎能立功！况且陛下任命您为大将，怎能再派副将专掌号令，这事肯定不是真的。请囚禁王文度，飞马上奏朝廷。”程知节不听。
军队到恒笃城时，有一群胡人前来归附，王文度说：“这些人等我们撤军后，还会再做贼寇，不如全部杀了，夺取他们的财物。”苏定方说：“这样我们自己就成贼了，还叫什么讨伐叛贼！”王文度最终杀了胡人，分了他们的财物，只有苏定方不肯接受。
班师回朝后，王文度因假传圣旨被判死罪，特赦后削除官籍；程知节也因逗留不前、追击敌军不力，减免死罪，免去官职。
这一年，任命太常卿驸马都尉高履行为益州长史。
韩瑗上疏，为褚遂良诉冤：“褚遂良为国忘家，舍身奉公，节操如风霜般坚贞，内心如铁石般坚定，是国家的旧臣、陛下的贤佐。没听说他有什么罪状，就被排挤出朝廷，朝野百姓都感叹陛下的举措不当。我听说晋武帝宽宏大量，没有诛杀直言的刘毅；汉高祖仁德深厚，不怨恨耿直的周昌。而褚遂良被贬已有一年，他冒犯陛下的惩罚也够了。希望陛下顾念他无辜，稍宽免他的罪名，体恤臣子的忠诚，以顺应人情。”
皇帝对韩瑗说：“褚遂良的情况我也知道，但他悖逆乖张、喜好犯上，所以才责罚他，你何必说得这么严重！”韩瑗回答：“褚遂良是国家忠臣，被谗佞之人诋毁。从前微子离开殷商，殷商就灭亡了；张华留在西晋，纲纪才不乱。陛下无故抛弃旧臣，恐怕不是国家之福！”皇帝不采纳。韩瑗因建议不被采纳，请求辞官回乡，皇帝不允许。
刘洎的儿子为父亲鸣冤，称贞观末年，刘洎是被褚遂良诬陷而死的，李义府也帮他作证。皇帝询问近臣，众人迎合李义府的意思，都说刘洎冤枉。只有给事中长安人乐彦玮说：“刘洎是大臣，君主一时生病，他怎能贸然自比伊尹、霍光（摄政大臣）！如今为刘洎昭雪，岂不是说先帝用刑不当吗！”皇帝认为他说得对，于是搁置了此事。
显庆二年，公元657年春季正月癸巳日，朝廷拆分哥逻禄部，设置阴山、大漠两个都督府。闰正月壬寅日，皇帝前往洛阳。
庚戌日，任命右屯卫将军苏定方为伊丽道行军总管，率领燕然都护渭南人任雅相、副都护萧嗣业（萧钜之子），征发回纥等部族兵力，从北道讨伐西突厥沙钵罗可汗（阿史那贺鲁）。
此前，右卫大将军阿史那弥射和他的族兄左屯卫大将军阿史那步真，都是西突厥酋长，太宗时期率众归降；到这时，朝廷下诏任命弥射、步真为流沙安抚大使，从南道招集西突厥旧部。
二月辛酉日皇帝抵达洛阳宫。庚午日，册立皇子李显为周王。壬申日，改封雍王李素节为郇王。
三月甲辰日，任命潭州都督褚遂良为桂州都督。癸丑日，任命李义府兼任中书令。
夏季五月丙申日，皇帝前往明德宫避暑。自从即位以来，皇帝每天处理朝政；庚子日，宰相上奏称天下太平，请求改为隔日处理朝政，皇帝批准了。
秋季七月丁亥朔日，皇帝返回洛阳宫。
王玄策攻破天竺时，带回方士那罗迩娑婆寐，此人自称有长生之术。太宗很相信他，对他礼遇优厚，让他炼制长生药。朝廷派人到各地寻找奇药异石，又派使者前往婆罗门各国采药。但此人的话大多荒诞不实，只是想拖延时间，最终药没炼成，就被放回去了。
高宗即位后，此人又来到长安，再次被遣返。当时王玄策担任道王的属官，辛亥日，他上奏说：“这个婆罗门确实能炼制长生药，自己保证一定成功，现在遣返他，可惜错失良机。”王玄策退下后，高宗对侍臣说：“自古以来哪有神仙！秦始皇、汉武帝求仙，使百姓疲惫，最终毫无结果。要真有不死之人，那他们现在都在哪里呢！”李积回答：“确实如陛下所说。这个婆罗门这次再来，容貌头发都衰老发白，和之前不一样了，怎么能长生！陛下遣返他，朝野上下都很高兴。”那罗迩娑婆寐最终死在长安。
八月丁卯日，许敬宗、李义府迎合皇后旨意，诬告侍中韩瑗、中书令来济与褚遂良暗中图谋不轨，称桂州是用兵之地，授予褚遂良桂州都督，是想让他作为外援。
韩瑗因此被贬为振州刺史，来济被贬为台州刺史，终身不许入朝觐见；褚遂良再被贬为爱州刺史，荣州刺史柳奭被贬为象州刺史。
褚遂良到爱州后，上表自述：“从前濮王（李泰）与李承乾争夺太子之位时，我不顾生死，一心归附陛下。当时岑文本、刘洎上奏称‘李承乾的恶行已暴露，他身在别处，东宫不能片刻空缺，请暂时派濮王住进东宫’，我又直言力争，这些都是陛下亲眼所见。最终我与无忌等四人共同定下立您为太子的大计。到先帝病危时，只有我和无忌一同接受遗诏。陛下在服丧期间，悲痛不已，我以国家大义宽慰您，陛下曾亲手抱住我的脖子。我与无忌处理各项事务，毫无疏漏，几天之内朝野安定。我能力小而责任重，动辄犯错，如今已是残年，恳请陛下怜悯。”奏表呈上后，皇帝没有理会。
己巳日，礼官上奏：“四郊迎气之礼，保留太微五帝的祭祀；南郊、明堂之礼，废除纬书‘六天’的说法。除了方丘祭地之外，另有的神州祭祀，也请合并为一次祭祀。”皇帝批准了。
辛未日，任命礼部尚书许敬宗为侍中，兼任度支尚书的杜正伦为兼任中书令。
冬季十月戊戌日，皇帝前往许州。乙巳日，在滍水南岸打猎。壬子日，抵达祀水弯曲处。十二月乙卯朔日，皇帝返回洛阳宫。
苏定方进攻西突厥沙钵罗可汗，抵达金山以北，先攻击处木昆部，大破敌军，该部俟斤懒独禄等率领一万多帐归降，苏定方安抚他们，征调其中一千骑兵随军作战。
右领军郎将薛仁贵上奏：“泥孰部向来不服贺鲁，被贺鲁击败后，妻子儿女都被俘虏。现在唐军攻破贺鲁各部时，若俘获了泥孰部的妻小，应归还他们，并加以赏赐，让他们清楚贺鲁是贼寇而大唐是他们的父母，这样他们会拼死效力。”皇帝采纳了建议。泥孰部大喜，请求随军共同攻打贺鲁。
苏定方抵达曳咥河西岸，沙钵罗率领十姓部落近十万兵力前来抵御。苏定方率领唐军及回纥兵一万多人迎战。沙钵罗轻视苏定方兵少，直接进兵包围。苏定方命步兵占据南原，长矛对外密集排列，自己率领骑兵列阵于北原。沙钵罗先攻步兵，三次冲锋都没攻破，苏定方率领骑兵出击，沙钵罗大败，苏定方追击三十里，斩杀俘获数万人；次日，整军继续前进。
于是胡禄屋等五弩失毕部落全部归降，沙钵罗仅与处木昆屈律啜等数百骑兵向西逃走。当时阿史那步真从南道进军，五咄陆部落听说沙钵罗战败，都向步真归降。苏定方于是命萧嗣业、回纥婆闰率领胡兵赶赴邪罗斯川追击沙钵罗，自己与任雅相率领新归附的部众随后跟进。
恰逢大雪，平地积雪二尺，军中都请求等天晴再前进，苏定方说：“敌人依仗雪深，认为我们无法前进，必然会休整兵马。赶紧追击就能赶上，若拖延，他们会逃得更远，无法再追，省时省力、事半功倍的机会就在现在！”于是踏雪昼夜兼程，沿途收编部落部众，抵达双河时，与阿史那弥射、步真的军队会合，距离沙钵罗的牙帐仅二百里，大军列阵长驱直入，直达牙帐。
沙钵罗正与部下打猎，苏定方乘其不备发动攻击，斩杀俘获数万人，缴获他的旗帜鼓纛，沙钵罗与儿子咥运、女婿阎啜等逃脱，逃往石国。苏定方于是停战，让各部落返回原居地，疏通道路，设置邮驿，掩埋骸骨，慰问疾苦，划分疆界，恢复生产，凡是被沙钵罗掠夺的财物，全部追回归还，十姓部落恢复安定。随后命萧嗣业领兵追击沙钵罗，苏定方率军返回。
沙钵罗逃到石国西北的苏咄城，人马饥饿疲惫，派人携带珍宝进城买马。城主伊沮达官假意用酒食出迎，引诱他入城后关闭城门将其擒获，送给石国。萧嗣业抵达石国后，石国人将沙钵罗交给他。
乙丑日，朝廷拆分西突厥领地，设置蒙池、昆陵两个都护府：任命阿史那弥射为左卫大将军、昆陵都护、兴昔亡可汗，统辖五咄陆部落；任命阿史那步真为右卫大将军、蒙池都护、继往绝可汗，统辖五弩失毕部落。派光禄卿卢承庆持符节册命，同时命弥射、步真与卢承庆根据各部落归降者的部落大小、地位高低，授予刺史以下官职。
丁卯日，朝廷将洛阳宫定为东都，洛州官吏的品级与雍州相同。
这一年，高宗下诏：“从今往后，僧尼不得接受父母及长辈的礼拜，有关部门要明确法规加以禁止。”
任命吏部侍郎刘祥道为黄门侍郎，仍掌管吏部选官事务。刘祥道认为：“现在选官部门取士太滥，每年进入仕途的人数超过一千四百，杂色出身入仕的，竟不经过选拔。当前内外文武官员从一品到九品，共一万三千四百六十五人，按三十年计算，这一万三千多人差不多会被替换完。如果每年入仕五百人，足够补充所需人数。希望加以改革。”不久杜正伦也说入仕人数太多。皇帝命正伦与祥道详细商议，但大臣们害怕改革，此事就搁置了。刘祥道是刘林甫的儿子。
显庆三年，公元658年春季正月戊子日，长孙无忌等人呈上所修订的新礼，皇帝下诏朝野通行。此前，议论者认为贞观时期的礼仪条文不完备，所以命无忌等人修订。当时许敬宗、李义府当权，增减的内容多迎合旨意，学者都批评他们。太常博士萧楚材等人认为预备凶事（帝王丧葬礼仪）不是臣子该说的，许敬宗、李义府深表赞同，于是焚毁《国恤》一篇，从此凶礼就缺失了。
起初，龟兹王布失毕的妻子阿史那氏与宰相那利私通，布失毕无法禁止，因此君臣互相猜忌，各有党羽，互相前来朝廷告急。皇帝两次召见他们，到长安后，囚禁了那利，派左领军郎将雷文成送布失毕回国。
抵达龟兹东境的泥师城时，龟兹大将羯猎颠发兵抗拒，并派使者向西突厥沙钵罗可汗投降。布失毕据城坚守，不敢前进。皇帝下诏命左屯卫大将军杨胄发兵讨伐。恰逢布失毕病逝，杨胄与羯猎颠交战，大破敌军，擒获羯猎颠及其党羽，全部诛杀，于是将龟兹之地设为龟兹都督府。戊申日，册立布失毕的儿子素稽为龟兹王兼都督。
二月丁巳日，皇帝从东都出发；甲戌日，抵达长安。
夏季五月癸未日，朝廷将安西都护府迁到龟兹，将旧安西改为西州都督府，镇守高昌旧地。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵领兵进攻高丽的赤烽镇，攻克该镇，斩首四百多级，俘虏一百多人。高丽派大将豆方娄率领三万兵力抵御，程名振用契丹兵迎击，大破敌军，斩首二千五百级。
秋季八月甲寅日，播罗哀獠酋长多胡桑等率领部众归附唐朝。
冬季十月庚申日，吐蕃赞普前来请求通婚。
中书令李义府受皇帝宠信，连怀抱中的儿子都位列清贵官职。但李义府贪婪无度，母亲、妻子及儿子、女婿都卖官鬻狱，门庭若市，大量结党，权势震动朝野。中书令杜正伦常以资历老自居，李义府依仗恩宠，不肯居于其下，因此产生矛盾，二人在皇帝面前争执。皇帝因大臣不和，同时责备了他们。十一月乙酉日，杜正伦被贬为横州刺史，李义府被贬为普州刺史。杜正伦不久后死于横州。
阿史那贺鲁被擒后，对萧嗣业说：“我本是亡国俘虏，被先帝收留，先帝待我优厚而我背叛了他，今日失败，是上天发怒。我听说中国处决犯人必定在集市，希望在昭陵前处死我，以谢先帝。”皇帝听说后怜悯他。
贺鲁被押到京师，甲午日，在昭陵献俘。皇帝下令赦免他的死罪，将他的部落分为六个都督府，他所统辖的各国都设置州府，西到波斯，都隶属于安西都护府。贺鲁不久后去世，葬在颉利可汗墓旁。
戊戌日，任命许敬宗为中书令，大理卿辛茂将为兼任侍中。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德去世。敬德晚年闲居，学习延年益寿之术，修整池台，演奏清商乐自我娱乐，不与宾客交往，共十六年。享年七十四岁，病逝，朝廷给予的恩宠礼仪非常优厚。
这一年，爱州刺史褚遂良去世。
雍州司士许祎与来济交好，侍御史张伦与李义府有仇，吏部尚书唐临上奏任命许祎为江南道巡察使，张伦为剑南道巡察使。当时李义府虽在外地，皇后常保护他，于是指控唐临挟私任命官员。
显庆四年，公元659年，春季二月乙丑日，朝廷罢免了唐临的官职。
三月壬午日，西突厥兴昔亡可汗（阿史那弥射）与真珠叶护在双河交战，斩杀了真珠叶护。
夏季四月丙辰日，任命于志宁为太子太师、同中书门下三品；乙丑日，任命黄门侍郎许圉师为参知政事。
武后因太尉赵公长孙无忌接受重赏却不支持自己，对他深怀怨恨；当初商议废王皇后时，燕公于志宁保持中立不表态，武后也不高兴。许敬宗多次以利害劝说长孙无忌，长孙无忌常当面驳斥他，许敬宗也心生怨恨。武后册立后，长孙无忌内心不安，武后便让许敬宗找机会陷害他。
恰逢洛阳人李奉节告发太子洗马韦季方、监察御史李巢结党，皇帝命许敬宗与辛茂将审讯。许敬宗逼供甚急，韦季方自杀未遂，许敬宗趁机诬告：“韦季方想与长孙无忌勾结，陷害忠臣近戚，让权力归长孙无忌，伺机谋反，事败后自杀。”
皇帝震惊：“哪会有这种事！舅舅被小人离间，心生猜疑是有的，何至于谋反！”许敬宗说：“我彻底追查后，谋反迹象已露，陛下若还怀疑，恐怕不是国家之福。”皇帝哭道：“我家不幸，亲戚屡怀异心，往年高阳公主与房遗爱谋反，现在元舅又这样，让我没脸见天下人。这事若是真的，该怎么办？”
许敬宗答：“房遗爱是乳臭小儿，和女子谋反，成不了事！长孙无忌与先帝夺取天下，天下服其智谋；做宰相三十年，天下畏其权威；若他突然作乱，陛下能派谁抵挡？如今靠宗庙之灵、上天憎恶奸邪，借小事查出大奸，实在是天下之幸。我怕长孙无忌得知韦季方自杀，狗急跳墙，振臂一呼，同党云集，必成宗庙之患。从前宇文化及的父亲宇文述受隋炀帝亲信，联姻掌权；宇文述死后，宇文化及掌管禁兵，一夜在江都作乱，先杀异己，我家也遭其祸，大臣苏威、裴矩等人都向他叩拜，唯恐不及，黎明就颠覆了隋朝。前事不远，愿陛下速做决断！”
皇帝命许敬宗再审查。次日，许敬宗复奏：“昨夜韦季方已承认与长孙无忌同反，我问他‘长孙无忌是国舅，历代受宠，为何谋反？’韦季方说：‘韩瑗曾对长孙无忌说：“柳奭、褚遂良劝您立梁王为太子，如今梁王被废，皇上也怀疑您，所以外放高履行。”从此长孙无忌忧惧，渐谋自保。后来见长孙祥外放、韩瑗获罪，便日夜与韦季方等谋反。’我验证供词，都相符合，请收捕按法处置。”
皇帝又哭：“舅舅若真如此，我绝不忍心杀他；若杀了，天下、后世会怎么说我！”许敬宗说：“薄昭是汉文帝的舅舅，文帝从代国来，薄昭有功，仅因杀人获罪，文帝派百官穿丧服哭着杀了他，至今天下称文帝为明主。长孙无忌忘两朝大恩，图谋颠覆社稷，罪比薄昭重得多。幸好奸情自露、逆党认罪，陛下还犹豫什么？古人说‘当断不断，反受其乱’，安危关头不容迟疑。长孙无忌是当今奸雄，像王莽、司马懿之流；陛下再拖延，我怕祸起身边，悔之晚矣！”皇帝认可，竟不召见长孙无忌对质。
戊辰日，下诏削去长孙无忌的太尉官职及封邑，改任扬州都督，安置在黔州，按一品待遇供给。长孙祥是长孙无忌的堂侄，此前从工部尚书外放荆州长史，许敬宗便借此诬陷他。
许敬宗又奏：“长孙无忌谋反，是褚遂良、柳奭、韩瑗煽动而成；柳奭还暗中勾结宫掖，图谋下毒，于志宁也党附长孙无忌。”于是下诏追削褚遂良官爵，削除柳奭、韩瑗官籍，罢免于志宁官职。朝廷派使者征调沿途兵力押送长孙无忌去黔州，长孙无忌之子秘书监驸马都尉长孙冲等都被削籍，流放岭南；褚遂良之子彦甫、彦冲流放爱州，途中被处死；益州长史高履行多次被贬，最终任洪州都督。
五月丙申日，兵部尚书任雅相、度支尚书卢承庆一同担任参知政事。卢承庆是卢思道的孙子。
凉州刺史赵持满，力大善射、喜好侠义，他的姨母是韩瑗的妻子，舅舅驸马都尉长孙铨是长孙无忌的族弟，长孙铨因长孙无忌获罪流放巂州。许敬宗怕赵持满生事，便诬告他与长孙无忌同反，用驿马召他到京师下狱，严刑拷打，赵持满始终不改供词：“身可杀，供词不可改！”官吏无奈，便替他写供词上奏。戊戌日，赵持满被处死，尸体弃于城西，亲戚无人敢收。友人王方翼叹道：“栾布哭彭越，是义；周文王葬枯骨，是仁。在下不失义，在上不失仁，不行吗？”于是收尸安葬。皇帝听说后，没有治他的罪。王方翼是废后王氏的堂兄。长孙铨到流放地后，县令迎合旨意将他杖杀。
六月丁卯日，下诏改《氏族志》为《姓氏录》。
当初太宗命高士廉等修《氏族志》，升降取舍当时被认为恰当。如今许敬宗等因书中未记载武氏门第，奏请修改，于是命礼部郎中礼志约等分类升降，以武氏家族为第一等，其余全按在唐朝的官品高低排序，共九等。于是士卒因军功升为五品官的，也能列入士族，当时人称“勋格”。
己巳日，许敬宗商议封禅礼仪，奏请：“以高祖、太宗同配昊天上帝，太穆、文德二皇后同配皇地只。”皇帝批准。
七月，命御史到高州追捕长孙恩，象州追捕柳奭，振州追捕韩瑗，枷锁押回京师，同时命州县登记他们的家产。长孙恩是无忌的族弟。
壬寅日，命李积、许敬宗、辛茂将与任雅相、卢承庆再次审查长孙无忌案。许敬宗又派中书舍人袁公瑜等去黔州，再审长孙无忌谋反罪状，到后逼迫长孙无忌自缢。下诏将柳奭、韩瑗就地斩首，使者在象州杀了柳奭；韩瑗已死，开棺验尸后返回。三家都被抄家，近亲都流放岭南为奴婢。常州刺史长孙祥因与长孙无忌通信，被处绞刑；长孙恩流放檀州。
八月壬子日，任命普州刺史李义府兼任吏部尚书、同中书门下三品。李义府显贵后，自称出身赵郡李氏，与诸李论辈分；无赖之徒借他的权势，拜他为兄叔的很多。给事中李崇德起初与他同入族谱，等李义府外放普州，就把他从族谱中删去。李义府得知后怀恨在心，复位后派人诬告李崇德有罪，下狱后李崇德自杀。
乙卯日，长孙氏、柳氏因长孙无忌、柳奭获罪被贬的有十三人；高履行被贬为永州刺史；于志宁被贬为荣州刺史，于氏被贬的有九人。从此政权归武后。
九月，下诏在石、米、史等国设置州县府一百二十七处。
十月丙午日，太子行加冠礼，大赦天下。当初太宗厌恶山东士人自矜门第，婚嫁多索财物，命修《氏族志》时将其降一等；王妃、公主的夫婿都选勋臣家，不考虑山东士族。但魏征、房玄龄、李积家都常与山东士族通婚，加以扶持，所以旧士族声望不减，有的一姓中又分某房某眷，高低悬殊。李义府为儿子求亲被拒，心生怨恨，便借先帝旨意，劝皇帝纠正此弊。壬戌日，下诏后魏陇西李宝、太原王琼等家族的子孙，不得自行通婚；同时规定天下嫁女收财的数额，不得收“陪门财”（门第不对等时，贫家向富家所出的补偿财礼）。但士族声望为世俗崇尚，终究无法禁止，有的偷偷把女儿送到夫家，有的女儿到老不嫁，也不愿与异姓（非士族）通婚；那些衰落的家族，连宗族都看不起的，往往反而自称“禁婚家”，抬高身价。
闰月戊寅日，皇帝从京师出发，命太子监国。太子思念皇帝不已，皇帝听说后，立即召他到行宫。戊戌日，皇帝抵达东都。
十一月丙午日，任命许圉师为散骑常侍、检校侍中。戊午日，侍中兼左庶子辛茂将去世。
思结俟斤都曼率领疏勒、朱俱波、谒般陀三国反叛，攻破于阗。癸亥日，任命左骁卫大将军苏定方为安抚大使讨伐。
任命卢承庆为同中书门下三品。
右领军中郎将薛仁贵等与高丽将领温沙门在横山交战，击败敌军。
苏定方军到业叶水，思结据守马头川。定方选精兵一万、骑兵三千奔袭，一日一夜行三百里，清晨抵达城下，都曼大惊。双方在城外交战，都曼战败，退守城中。到傍晚，各军陆续赶到，包围城池，都曼恐惧出降。
显庆五年，公元660年，春季正月，苏定方在乾阳殿献俘，司法部门请求处死都曼，苏定方求情：“我许诺不杀他，他才出降，愿留他性命。”皇帝说：“我枉法成全你的信用。”于是赦免都曼。
甲子日，皇帝从东都出发；二月辛巳日，抵达并州。三月丙午日，皇后在朝堂宴请亲戚故旧邻里，妇人在内殿宴请，赏赐不等。下诏：“并州八十岁以上的妇人，都授予郡君称号。”
百济依仗高丽援助，多次侵扰新罗；新罗王春秋上表求救。辛亥日，任命左武卫大将军苏定方为神丘道行军大总管，率领左骁卫将军刘伯英等水陆十万讨伐百济；任命春秋为嵎夷道行军总管，率新罗兵协同作战。
夏季四月戊寅日，皇帝从并州出发；癸巳日，抵达东都。五月，修建合璧宫。壬戌日，皇帝前往合璧宫。
戊辰日，任命定襄都督阿史德枢宾等为冷岍道行军总管，讨伐叛奚，又命尚书右丞崔馀庆总领三军，奚不久遣使投降。改任枢宾等为沙砖道行军总管，讨伐契丹，擒获契丹松漠都督阿卜固，送到东都。
六月庚午朔日，发生日食。
房州刺史梁王李忠，年纪渐长，内心不安，有时私下穿妇人衣服防备刺客，又多次占卜吉凶。有人告发此事，秋季七月乙巳日，废李忠为庶人，流放黔州，囚禁在李承乾的旧宅。丁卯日，度支尚书、同中书门下三品卢承庆因调度失当被免官。
八月，吐蕃禄东赞派儿子起政领兵攻击吐谷浑，因吐谷浑归附唐朝。
苏定方率军自成山渡海，百济据守熊津江口抵御，苏定方进攻击败敌军，百济死数千人，余众溃逃。苏定方水陆并进，直逼百济都城，离城二十多里时，百济全国兵力来战，苏定方大破敌军，杀一万多人，追击入城。百济王义慈及太子隆逃到北境，苏定方包围都城；义慈次子泰自立为王，率兵固守。隆的儿子文思说：“国王与太子都在，叔父却拥兵称王，即便击退唐兵，我父子也活不成。”于是率亲信越城投降，百姓纷纷跟随，泰无法阻止。苏定方命军士登城立旗，泰窘迫开门投降。于是义慈、隆及各城主都投降。百济原有五部，统辖三十七郡、二百城、七十六万户，下诏在其地设置熊津等五都督府，以其酋长为都督、刺史。
壬午日，左武卫大将军郑仁泰领兵讨伐思结等四部，三战皆捷，追击百余里，斩杀酋长而还。
冬季十月，皇帝开始患风眩病，头重目不能视，百官奏事，有时让皇后决断。皇后聪明机敏，涉猎文史，处事都合旨意，从此开始参与政事，权力与皇帝相当。
十一月戊戌朔日，皇帝登则天门楼，接受百济俘虏，从百济王义慈以下都释放。苏定方前后灭三国，都生擒其君主。大赦天下。
甲寅日，皇帝前往许州；十二月辛未日，在长社打猎；己卯日，返回东都。壬午日，任命左骁卫大将军契苾何力等为各道行军大总管，分道攻击高丽。青州刺史刘仁轨因督运海运船只倾覆，以平民身份从军效力。
龙朔元年，公元661年，春季正月乙卯日
下诏招募河南北、淮南六十七州士兵，得四万四千余人，前往平壤、镂方行营。戊午日，任命鸿胪卿萧嗣业为夫馀道行军总管，率回纥等部兵前往平壤。
二月乙未晦日，改年号为龙朔。
三月丙申朔日，皇帝与群臣及外夷在洛城门宴饮，观看屯营新教的舞蹈《一戎大定乐》，当时皇帝想亲征高丽，以此象征用兵之势。
苏定方平百济后，留郎将刘仁愿镇守府城，又以左卫中郎将王文度为熊津都督安抚余众。王文度渡海后去世，百济僧道琛、旧将福信聚众据周留城，从倭国迎回旧王子丰立为国王，领兵包围刘仁愿于府城。下诏起用刘仁轨为检校带方州刺史，率王文度的部众，顺路调新罗兵救援刘仁愿。刘仁轨喜道：“上天要让我富贵了！”到州府索要《唐历》及皇帝名讳而去，说：“我要扫平东夷，在海外颁布大唐历法！”刘仁轨治军严整，转战前进，所向披靡。百济在熊津江口立两栅，刘仁轨与新罗兵合击攻破，杀溺死万余人。道琛等解除府城包围，退保任存城；新罗兵粮尽撤退。道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招集部众，势力更盛。刘仁轨兵少，与刘仁愿合军休整，上表请新罗出兵，新罗王春秋奉命派将领金钦领兵救援，到古泗时被福信截击战败，金钦从葛岭道逃回新罗，不敢再出。福信不久杀道琛，独掌兵权。
夏季四月庚辰日，任命任雅相等为各道行军总管，与萧嗣业及诸胡兵共三十五军，水陆分道攻高丽。皇帝想亲率大军后继；癸巳日，皇后上表劝谏亲征，皇帝下诏同意。
六月癸未日，在吐火罗等十六国设置八都督府、七十六州等，都隶属于安西都护府。
秋季七月甲戌日，苏定方在浿江击败高丽，屡战皆捷，包围平壤城。
九月癸巳朔日，特进新罗王春秋去世，立其子法敏为乐浪郡王、新罗王。
壬子日，改封潞王李贤为沛王。李贤听说王勃擅长写文章，就召他为修撰。王勃是王通的孙子。当时诸王斗鸡，王勃戏写《檄周王鸡文》，皇帝见后发怒：“这是互相构陷的开端。”于是将王勃逐出沛王府。
高丽盖苏文派儿子男生率精兵数万守卫鸭绿水，唐军无法渡江。契苾何力赶到时，恰逢冰层大合，何力率部乘冰渡江，击鼓进攻，高丽大败，追击数十里，斩首三万级，余众投降，男生仅以身免。恰逢皇帝下诏班师，于是返回。
冬季十月丁卯日，皇帝在陆浑打猎；戊申日，又在非山打猎；癸酉日，回宫。
回纥酋长婆闰去世，侄子比粟毒代领其众，与同罗、仆固侵犯边境。下诏任命左武卫大将军郑仁泰为铁勒道行军大总管，燕然都护刘审礼、薛仁贵为副；鸿胪卿萧嗣业为仙萼道行军总管，孙仁师为副，领兵讨伐。刘审礼是刘德威的儿子。