贞观二十三年，公元649年春季正月辛亥日，龟兹王布失毕及其丞相那利等人被押送到京城，太宗对他们加以责备后予以释放，任命布失毕为左武卫中郎将。西南地区的徒莫祗等蛮族归附唐朝，朝廷在其居住地设置傍、望、览、丘四州，隶属于朗州都督府。
太宗因突厥车鼻可汗不来入朝，派遣右骁卫郎将高侃征调回纥、仆骨等部族兵力袭击他。军队进入车鼻可汗的领地后，各部落相继前来投降。拔悉密部的吐屯肥罗察投降，朝廷在其居住地设置新黎州。
二月丙戌日，设置瑶池都督府，隶属于安西都护府；戊子日，任命左卫将军阿史那贺鲁为瑶池都督。
三月丙辰日，设置丰州都督府，任命燕然都护李素立兼任都督。
去年冬天发生旱灾，到这时才降下雨水。辛酉日，太宗勉强支撑病体来到显道门外，大赦天下。丁卯日，下诏命太子在金液门处理政务。
夏季四月乙亥日，太宗前往翠微宫。
太宗对太子说：“李世积才智有余，但你对他没有恩惠，恐怕他不能真心归顺你。我现在将他贬官外放，如果他接到诏令后立刻动身，等我死后，你可任命他为仆射，亲近信任他；如果他徘徊观望，就把他杀掉。”五月戊午日，任命同中书门下三品李世积为叠州都督；李世积接到诏令后，没有回家就直接前往叠州赴任。
辛酉日，开府仪同三司卫景武公李靖去世。
太宗的腹泻病加重，太子日夜不离身边，有时连日不进食，头发都有变白的。太宗流泪说：“你能这样孝顺关爱我，我死也没有遗憾了！”丁卯日，太宗病情危急，召长孙无忌进入含风殿。太宗躺在床上，伸手抚摸长孙无忌的脸颊，长孙无忌痛哭不止；太宗最终没能说出话来，于是让长孙无忌退出。己巳日，太宗再次召长孙无忌和褚遂良进入卧室，对他们说：“我现在把后事全部托付给你们。太子仁厚孝顺，你们是知道的，要好好辅佐他！”又对太子说：“有无忌、遂良在，你不用担心天下大事！”还对褚遂良说：“无忌对我尽忠尽力，我能拥有天下，他功劳很大。我死后，不要让奸谗小人离间你们。”随即命令褚遂良草拟遗诏。过了一会儿，太宗驾崩。
太子抱住长孙无忌的脖子，痛哭得几乎晕厥。长孙无忌擦干眼泪，请求太子处理各项事务以安定朝廷内外。太子仍哀号不止，长孙无忌说：“先帝把宗庙社稷托付给殿下，怎能像普通人那样只知哭泣呢！”于是秘不发丧。庚午日，长孙无忌等人请求太子先返回京城，精锐骑兵、禁军以及旧部将领都随同前往。辛未日，太子进入京城；太宗的灵柩用御马运载，侍卫随从如同平日一样，跟随太子之后抵达京城，停放在两仪殿。任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼任侍中，检校刑部尚书、右庶子兼吏部侍郎高季辅兼任中书令。壬申日，在太极殿发布太宗驾崩的消息，宣读遗诏，太子即位。军国大事，不可中断停滞；日常琐碎事务，委托相关部门处理。诸王担任都督、刺史的，都允许前来奔丧，但濮王李泰不在奔丧之列。取消辽东的战事以及各项土木工程。在朝廷任职和前来朝贡的四方蛮夷数百人，听到太宗驾崩的消息后都痛哭流涕，有的剪发、划脸、割耳，鲜血洒在地上。
六月甲戌朔日，高宗即位，大赦天下。丁丑日，任命叠州都督李世积为特进、检校洛州刺史、洛阳宫留守。
此前，太宗有两个名字，下令天下只要不连称其名就无需避讳；到这时，才开始修改官职名称中触犯先帝名讳的字。
癸未日，任命长孙无忌为太尉，兼检校中书令，掌管尚书省、门下省事务。长孙无忌坚决推辞掌管尚书省事务，高宗同意了，仍任命他以太尉身份同中书门下三品。癸巳日，任命李世积为开府仪同三司、同中书门下三品。
阿史那社尔击败龟兹时，行军长史薛万备请求借着军队的威势劝说于阗王伏阇信入朝，阿史那社尔听从了他的建议。秋季七月己酉日，伏阇信跟随薛万备入朝，高宗下诏让他谒见太宗的灵柩。
八月癸酉日夜，发生地震，晋州最为严重，压死五千余人。庚寅日，将太宗文皇帝安葬在昭陵，庙号太宗。阿史那社尔、契苾何力请求自杀殉葬，高宗派人传达太宗的遗旨，不允许他们殉葬。被先帝擒服的蛮夷君主首领颉利等人共十四人，都被雕刻成石像，刻上姓名排列在昭陵北司马门内。
丁酉日，礼部尚书许敬宗上奏称弘农府君庙应当拆毁，请求将神主安放在西夹室；高宗采纳了他的建议。
九月乙卯日，任命李世积为左仆射。
冬季十月，朝廷在突厥各部落设置舍利等五州，隶属于云中都督府；设置苏农等六州，隶属于定襄都督府。乙亥日，高宗询问大理卿唐临在押囚犯的人数，唐临回答说：“现有囚犯五十余人，只有两人应当处死。”高宗十分高兴。高宗曾亲自审查在押囚犯，前任大理卿判处的囚犯大多哭喊着喊冤，而唐临判处的囚犯却唯独没有怨言。高宗感到奇怪，询问其中的原因。囚犯说：“唐卿判处的刑罚，本来就没有冤枉我们。”高宗叹息许久，说：“掌管刑狱的人不应当这样吗！”
高宗任命吐蕃赞普松赞干布为驸马都尉，封西海郡王。赞普写信给长孙无忌等人说：“天子刚即位，如果臣下有不忠之人，我将率领军队奔赴大唐讨伐除灭他们。”
十二月，高宗下诏允许濮王李泰开设府署，设置属官，车马服饰、珍贵膳食都特别给予优待。
永徽元年，公元650年春季正月辛丑朔日，更改年号为永徽。
丙午日，册立妃子王氏为皇后。王皇后是王思政的孙女，任命皇后的父亲王仁佑为特进、魏国公。己未日，任命张行成为侍中。
辛酉日，高宗召见各地朝集使，对他们说：“我刚即位，凡是对百姓不利的事情，都可以尽情陈说，没说完的还可以密封上奏。”从此，高宗每天召见十位刺史入宫，询问百姓的疾苦以及当地的治理情况。
有个洛阳人李弘泰诬告长孙无忌谋反，高宗立刻下令将他斩首。长孙无忌与褚遂良同心辅佐朝政，高宗也尊重礼遇二人，虚心听从他们的建议，因此永徽年间的政治，百姓富足安定，延续了贞观时期的遗风。
太宗的女儿衡山公主应当嫁给长孙氏，有关部门认为太宗的丧期已经结束，想在今年秋季举行婚礼。于志宁上奏说：“汉文帝制定丧礼制度，本来是为了天下百姓。公主原本应服斩衰重丧，即使按照惯例除去丧服，怎能让感情也跟着惯例改变呢？请求等到三年丧期结束后再举行婚礼。”高宗采纳了他的建议。
二月辛卯日，册立皇子李孝为许王，李上金为杞王，李素节为雍王。
夏季五月壬戌日，吐蕃赞普松赞干布去世，他的嫡子早逝，于是立孙子为赞普。新赞普年幼弱小，国家政事都由国相禄东赞决定。禄东赞性情通达沉稳，治军有法，吐蕃之所以能够强大，威慑降服氐、羌等部族，都是他的谋划。
六月，高侃率军进攻突厥，抵达阿息山。车鼻可汗召集各部落出兵相助，却无人响应，只得率领数百名骑兵逃走。高侃率领精锐骑兵追击到金山，将车鼻可汗擒获后返回，其部众全部投降。
起初，阿史那社尔俘虏龟兹王布失毕后，立他的弟弟为国王。唐朝军队返回后，龟兹各酋长争夺王位，相互攻击。秋季八月壬午日，高宗下诏恢复布失毕的龟兹王爵位，派遣他回国安抚部众。
九月庚子日，高侃押解车鼻可汗抵达京城，高宗释放了他，任命他为左武卫将军，将他的残余部众安置在郁督军山，设置狼山都督府进行管辖。任命高侃为卫将军。至此，突厥各部全部成为唐朝的臣民，朝廷分别设置单于、瀚海两个都护府。单于都护府统领狼山、云中、桑干三个都督府和苏农等十四个州；瀚海都护府统领瀚海、金徽、新黎等七个都督府和仙萼等八个州；各自任命当地酋长为都督、刺史。
癸亥日，高宗外出打猎，遇到下雨，询问谏议大夫昌乐人谷那律：“怎样做油衣才不会漏水？”谷那律回答说：“用瓦做的衣服，一定不会漏水。”高宗听后很高兴，于是停止了打猎。
李积坚决请求辞去官职；冬季十月戊辰日，高宗解除李积的左仆射职务，保留他开府仪同三司、同中书门下三品的头衔。
己未日，监察御史阳武人韦思谦弹劾上奏中书令褚遂良强行购买中书省翻译人员的土地。大理少卿张睿册认为按照官方估价购买，褚遂良无罪。韦思谦上奏说：“设置官方估价，是为了满足国家的需要，臣下之间的交易，怎能按照官方估价来定呢！张睿册玩弄法律条文，附和下属欺骗君主，罪当处死。”当天，褚遂良被贬为同州刺史，张睿册被贬为循州刺史。韦思谦本名韦仁约，以字行世。
十二月庚午日，梓州都督谢万岁、兖州都督谢法兴与黔州都督李孟尝一同讨伐琰州反叛的獠人；谢万岁、谢法兴进入山洞招抚慰问，被獠人杀害。
永徽二年，公元651年春季正月乙巳日，任命黄门侍郎宇文节、中书侍郎柳奭同为同中书门下三品。柳奭是柳亨哥哥的儿子，也是王皇后的舅舅。
左骁卫将军、瑶池都督阿史那贺鲁召集离散的部众，势力逐渐壮大。他得知太宗驾崩的消息后，图谋袭击夺取西州、庭州。庭州刺史骆弘义得知他的阴谋，上表奏报朝廷，高宗派遣通事舍人桥宝明驰往安抚。桥宝明劝说阿史那贺鲁，让他的长子咥运入朝宿卫，高宗任命咥运为右骁卫中郎将，不久又遣送他返回。咥运于是劝说父亲率领部众向西逃走，击败乙毘射匮可汗，吞并了他的部众，在双河和千泉建立牙帐，自称沙钵罗可汗。咄陆五啜、努失毕五俟斤全部归附于他，拥有数十万兵力，与乙毘咄陆可汗联合，处月、处密以及西域各国大多依附于他。阿史那贺鲁任命咥运为莫贺咄叶护。
焉耆王婆伽利去世，国中百姓上表请求恢复立前国王突骑支；夏季四月，高宗下诏加封突骑支为右武卫将军，派遣他回国。
金州刺史滕王李元婴骄奢放纵，在高宗守丧期间，打猎游乐毫无节制，多次在夜间打开城门，骚扰百姓，有时用弹弓射人，有时把人埋在雪地里取乐。高宗写信严厉责备他，并且说：“寻求娱乐的方式有很多种，晋灵公那样的荒淫君主，有什么值得效仿的！我因为你是至亲，不能将你绳之以法，现在给你评定下上考，让你感到羞愧。”
李元婴与蒋王李恽都喜好聚敛财物，高宗曾经赏赐各位亲王每人五百段丝帛，唯独没有赏赐他们二人，下诏说：“滕王叔叔、蒋王哥哥自己能够经营家业，不需要赏赐财物；就赐予两车麻，用来串钱吧。”二王感到非常惭愧。
秋季七月，西突厥沙钵罗可汗侵犯庭州，攻陷金岭城和蒲类县，杀害掠夺数千人。高宗下诏任命左武候大将军梁建方、右骁卫大将军契苾何力为弓月道行军总管，右骁卫将军高德逸、右武候将军薛孤吴仁为副总管，征调秦、成、岐、雍四州府兵三万人以及回纥骑兵五万人前往讨伐。
癸巳日，高宗下诏命令各位礼官、学士商议明堂的制度，决定以高祖配祭五天帝，太宗配祭五人帝。
八月己巳日，任命于志宁为左仆射，张行成为右仆射，高季辅为侍中；于志宁、张行成仍然担任同中书门下三品。己卯日，郎州白水蛮反叛，侵犯麻州，高宗派遣左领军将军赵孝祖等人出兵讨伐。
九月癸巳日，废除玉华宫，改为佛寺。戊戌日，将九成宫改名为万年宫。庚戌日，左武候引驾卢文操翻墙盗窃左藏库的财物，高宗认为引驾的职责是纠察违纪行为，卢文操却自己盗窃，下令将他处死。谏议大夫萧钧劝谏说：“卢文操的罪行确实难以原谅，但按照法律还不至于处死。”高宗于是赦免了卢文操的死罪，回头对侍臣说：“这才是真正的谏议大夫啊！”闰九月，长孙无忌等人献上修订后的律令格式，甲戌日，高宗下诏向全国颁布。
高宗对宰相说：“听说各地官员处理事务时，仍然相互照顾情面，大多不能完全公正。”长孙无忌回答说：“这不敢说没有；但肆意徇私枉法，确实也没人敢做。至于稍微照顾点人情，恐怕陛下也难免。”长孙无忌以国舅的身份辅佐朝政，凡是他所说的话，高宗无不赞许采纳。
冬季十一月辛酉日，高宗在南郊举行祭祀大典。癸酉日，高宗下诏：“从今以后，京城官员和地方各州有献上鹰隼和犬马的，一律治罪。”戊寅日，特浪羌酋长董悉奉求、辟惠羌酋长卜檐莫各自率领本部落一万多户前往茂州归附唐朝。
窦州、义州蛮酋长李宝诚等人反叛，桂州都督刘伯英率军讨伐平定了他们。
郎州道总管赵孝祖讨伐白水蛮，蛮酋长秃磨蒲和俭弥于率领部众占据险要地形抵抗，赵孝祖将他们全部击败斩杀。恰逢天降大雪，蛮人饥寒交迫，几乎死亡殆尽。赵孝祖上奏说：“贞观年间讨伐昆州乌蛮，开始设置青蛉、弄栋二州。弄栋以西有小勃弄、大勃弄两条河流域，那里的蛮人经常煽动引诱弄栋蛮，想要让他们反叛。勃弄以西与黄瓜、叶榆、西洱河相连，人口众多，物产丰富，比蜀川还要富庶，没有统一的大酋长，喜好结仇斗殴。现在趁着击败白水蛮的兵力，请求顺便讨伐这一地区，安抚当地百姓。”高宗下诏批准了他的请求。
十二月壬子日，处月部的朱邪孤注杀死招慰使单道惠，与突厥阿史那贺鲁勾结。
这一年，百济派遣使者入朝进贡，高宗告诫他们，让他们“不要与新罗、高丽相互攻打，否则，我将出兵讨伐你们。”
永徽三年，公元652年春季正月己未朔日，吐谷浑、新罗、高丽、百济一同派遣使者入朝进贡。
癸亥日，梁建方、契苾何力等人在牢山大败处月部的朱邪孤注。朱邪孤注连夜逃走，梁建方派副总管高德逸率领轻骑兵追击，行军五百多里，生擒朱邪孤注，斩杀九千多人。军队返回后，御史弹劾上奏梁建方兵力足以继续追击，却逗留不前；高德逸奉诏购买马匹，却私自选取骏马。高宗因为梁建方等人有功，不予追究。大理卿李道裕上奏说：“高德逸选取的马匹，体力异常强健，请求纳入宫中马厩。”高宗对侍臣说：“李道裕是法官，进献马匹不是他的本职工作，这是妄自迎合我的心意；难道是我做事情不能让臣下信任吗！我正在自我反省，所以不再贬黜李道裕了。”
己巳日，任命同州刺史褚遂良为吏部尚书、同中书门下三品。丙子日，高宗祭祀太庙；丁亥日，祭祀先农神，亲自耕种籍田。
二月甲寅日，高宗登上安福门楼，观看百戏表演。乙卯日，高宗对侍臣说：“昨天登楼，是想观察民情以及风俗的奢侈与节俭，并不是为了欣赏音乐歌舞。我听说胡人擅长击鞠这种游戏，曾经观看过一次。昨天刚登上城楼，就有一群胡人前来击鞠，想必是认为我非常喜好这种游戏。帝王的一举一动，怎么能轻易随便呢！我已经把这些鞠焚烧了，希望能杜绝胡人的窥探之心，也借此自我告诫。”
三月辛巳日，任命宇文节为侍中，柳奭为中书令，任命兵部侍郎三原人韩瑷代理黄门侍郎、同中书门下三品。
夏季四月，赵孝祖大败西南蛮，斩杀小勃弄酋长殁盛，生擒大勃弄酋长杨承颠。其余蛮人都聚集在险要之地固守，大的部落有几万人，小的部落有几千人，赵孝祖将他们全部击败降服，西南蛮于是平定。
甲午日，澧州刺史彭思王李元则去世。
六月戊申日，派遣兵部尚书崔敦礼等人率领并州、汾州步兵和骑兵一万人前往茂州，征调薛延陀残余部众渡过黄河，设置祁连州安置他们。
秋季七月丁巳日，册立陈王李忠为皇太子，大赦天下。王皇后没有儿子，柳奭为皇后谋划，因为李忠的母亲刘氏地位卑微，劝说皇后立李忠为太子，希望他能亲近自己；对外则暗示长孙无忌等人让他们向高宗请求。高宗采纳了这一建议。乙丑日，任命于志宁兼任太子少师，张行成兼任太子少傅，高季辅兼任太子少保。
丁丑日，高宗询问户部尚书高履行：“去年新增户口有多少？”高履行上奏说：“去年新增户口总共十五万。”高宗于是询问隋代和现在的户口数，高履行上奏说：“隋开皇年间，有八百七十万户，而现在有三百八十万户。”高履行是高士廉的儿子。
九月，代理中书侍郎来济担任同中书门下三品。
冬季十一月庚寅日，弘化长公主从吐谷浑前来朝见。癸巳日，濮恭王李泰在均州去世。
散骑常侍房遗爱娶太宗的女儿高阳公主为妻，高阳公主非常骄横放纵。房玄龄去世后，公主教唆房遗爱与哥哥房遗直分家，不久又诬陷房遗直。房遗直亲自向太宗诉说实情，太宗严厉责备了公主，从此公主的宠爱逐渐衰减，她心中怏怏不乐。恰逢御史弹劾盗窃案件，查获了僧人辩机的珍宝枕头，据说这是公主赏赐给他的。公主与辩机私通，赠送的财物数以亿计，还另外派了两个女子侍奉房遗爱。太宗大怒，将辩机腰斩，杀死奴婢十多人；公主更加怨恨，太宗驾崩时，她毫无悲伤的神情。高宗即位后，公主又让房遗爱与房遗直相互诉讼，房遗爱因此被贬为房州刺史，房遗直被贬为隰州刺史。此外，僧人智勖等人也多次私下侍奉公主，公主让掖庭令陈玄运窥探宫中的吉凶征兆。
此前，驸马都尉薛万彻因事被削除官爵，流放宁州担任刺史，后来入朝，与房遗爱关系亲密，曾对房遗爱说过怨恨不满的话，并且说：“我现在虽然脚有毛病，但只要留在京城，那些鼠辈还不敢轻举妄动。”于是与房遗爱谋划：“如果国家发生变故，就尊奉司徒荆王李元景为君主。”李元景的女儿嫁给房遗爱的弟弟房遗则，因此李元景与房遗爱有往来。李元景曾经自称，梦见自己手里握着日月。驸马都尉柴令武是柴绍的儿子，娶巴陵公主为妻，被任命为卫州刺史，却借口公主生病留在京城求医，趁机与房遗爱相互勾结谋划。高阳公主图谋罢黜房遗直，夺取他的封爵，派人诬告房遗直对自己无礼。房遗直也上奏告发房遗爱和公主的罪行，说：“他们罪恶满盈，恐怕会连累我们家族。”高宗下令长孙无忌审理此案，又查出房遗爱和公主谋反的证据。
司空、安州都督吴王李恪的母亲是隋炀帝的女儿。李恪文武双全，太宗常常认为他很像自己，想要立他为太子，因长孙无忌坚决反对而作罢，因此李恪与长孙无忌结下怨恨。李恪的名望一直很高，受到众人的拥戴，长孙无忌非常忌恨他，想要借这件事诛杀李恪，以断绝众人的期望。房遗爱得知后，于是声称自己与李恪同谋，希望能像纥干承基那样免除死罪。