马尾海战的胜利，不仅摧毁了福建水师，更摧毁了清军残存的抵抗意志。
林阳获悉战报后审时度势，他立即命令：
“传令萧朝贵，乘胜追击，绝不给王懿德片刻喘息之机！”
萧朝贵得令后毫不迟疑浩浩荡荡驶入闽江口，数十艘战舰列阵如铁索横江，黑洞洞的炮口森然指向福州方向，那恐怖的威压让沿岸清军望风胆寒。
与此同时，刚刚完成整编、士气如虹的太平军闽南军团在林俊、陈屺、黄位三位悍将率领下，以马尾为跳板，分作三路铁流，向福州及周边州县发起了排山倒海般的反攻。此时的清军，早已军心溃散。
海战惨败的阴影笼罩着每一个绿营兵丁，“太平军不可战胜”的传言更让他们未战先怯。各州县官员见大势已去，或卷起印信、封存库银仓皇逃命，或干脆大开城门，箪食壶浆以迎王师。太平军与义军联军所向披靡，兵锋所指，几无抵抗。
兵临福州城下，王懿德试图凭借坚城做最后一搏。然而，萧朝贵亲率“伏波”、“扬武”两艘巨舰，悍然抵近江岸。重炮发出震天怒吼，几次精准的警告性射击，便在巍峨的城墙上撕开数道狰狞的缺口，砖石飞溅，烟尘冲天。这毁灭性的力量成了压垮守军的最后一根稻草。
未等太平军发起总攻，城内守军便自发哗变，部分低阶军官和士兵倒戈相向，主动打开了城门。福州，这座八闽首府，竟如此兵不血刃地易主。闽浙总督王懿德在绝望中，于总督府后堂吞金自尽，了结了他效忠清廷的一生。
拿下福州，太平军马不停蹄，以雷霆万钧之势扫荡周边。泉州、漳州、厦门等重镇传檄而定，各地残余清军及地主武装或一触即溃，或望风归降。至咸丰七年底，太平天国的杏黄旗已高高飘扬在福建全境每一座府县城池的上空，清廷在福建的统治机器被彻底砸得粉碎。
紧接着，在萧朝贵、林俊等人的强力主导下，太平天国在福建雷厉风行地推行了一系列深得民心的新政：一举废除清廷所有苛捐杂税，大力推行《天朝田亩制度》，将无主荒地和新抄没的官绅土地悉数分给无地少地的穷苦农民；设立官营百货，平抑物价，保障民生；广开新式学堂，既传播天国理念，也传授基础文化知识；全力整顿治安，清剿积年土匪海盗，迅速恢复地方秩序。
这些措施如春风化雨，迅速赢得了底层百姓的由衷拥戴，八闽大地焕发出前所未有的生机。许多原本持观望态度的士绅商贾，在亲眼见证了太平军的强大实力和新政的显着成效后，也纷纷转变态度，开始积极与这个充满活力的新生政权合作。一个崭新的时代，正伴随着马尾港的潮汐，在这片土地上澎湃开启。
福建全境的光复，并未让萧朝贵停下脚步。在林阳授意下，他的目光，早已投向了与福建一水之隔、孤悬海外的宝岛——台湾。
……
这一日，福州原闽浙总督衙门，现已改为太平天国东征行辕的大堂内，将星云集。萧朝贵召集林俊、陈屺、黄位等陆师将领，以及南海舰队主要舰长，商议进军台湾大计。
巨大的海图铺在中央，台湾岛的轮廓清晰可见。
“诸位！”
萧朝贵声若洪钟，指向海图上的台湾岛，
“福建已定，下一步，便是这东海明珠！台湾自古以来便是华夏故土，绝不容许清妖继续盘踞，更不容西洋红毛、东洋倭寇觊觎！”
林俊起身，眼中闪烁着渴望建功立业的光芒：
“西王殿下！末将愿为先锋！台湾地形复杂，山林茂密，末将麾下多为闽南子弟，熟悉山地作战，且与岛内义民素有联络，正可担当此任！”
陈屺也慨然请命：
“殿下，台湾府城防御相对坚固，但澎湖为其门户，若能先取澎湖，则台湾门户洞开！末将请率本部人马，并舰队配合，先克澎湖！”
萧朝贵满意地看着麾下将领斗志昂扬，他大手一挥：
“好！陈屺听令！”
“末将在！”
“命你率‘振威’舰及两艘巡洋舰、四艘运兵船，携精锐两千，三日后出发，直取澎湖！务必拿下妈宫港，控制澎湖列岛，为我大军登陆台湾建立前进基地！”
“得令！”
陈屺高声应诺，信心十足。
“林俊、黄位！”
“末将在！”
两人齐声应道。
“命你二人加紧整训部队，储备粮草军械，待澎湖捷报传来，即刻作为登陆台湾之主力和右翼，分别从鹿耳门和打狗、方向登陆，席卷台湾南部！”
“谨遵王命！”
萧朝贵环视众人，斩钉截铁：
“此次东征，不仅要收复疆土，更要宣示我太平天国维护海疆、庇护同胞之决心！传令全军，对台湾百姓，须秋毫无犯，广宣我天朝仁政！凡有扰民害民者，定斩不饶！”
“是！”
众将轰然应诺，声震屋瓦。