药王谷的战后重建，是在一片悲怆与坚韧交织的气氛中开始的。
昔日仙气缥缈、药香弥漫的灵山福地，如今触目皆是断壁残垣、焦土沟壑。护山大阵彻底崩毁，主峰大殿坍塌过半，丹房药圃损毁无数，护山灵兽多有死伤。空气中弥漫着经久不散的血腥、硝烟与淡淡的“暗影”污染残留气息。
更沉重的，是人的伤亡。初步统计，此役战死、失踪、或因“暗影诅咒”彻底异变而被处决的弟子、执事、长老，超过三成。另有大量弟子身负重伤，道基受损，或被“暗影”污染后虽然保住性命，但修为倒退，神魂萎靡，需要漫长的净化与调养。整个药王谷，笼罩在一片压抑的哀恸之中。
药尘真人强撑着伤势与悲痛，主持大局。三位太上长老也顾不得闭关恢复，与凌霄、赤阳真人、铁骨真人等人一起，日夜不休地投入到善后工作中。
首要任务是清除残留的“暗影”污染。虽然“归墟之门”的威胁被转移，但那些侵入地脉、灵植、甚至弟子体内的“暗影”能量，依旧顽固。三位太上长老联合药尘真人，以残存的“净世青莲大阵”核心为基，结合“生生造化泉”泉眼，布设了一座覆盖全谷的“清浊分化大阵”，缓慢而坚定地净化着污染，修复着受损的地脉。
其次是救治伤员。药王谷本就是以丹道医术立宗，此时更是倾尽所有库藏，炼制各类疗伤、净魂、固本的丹药。赤阳真人与铁骨真人也传讯各自宗门，请求调拨更多疗伤资源与擅长治疗的长老前来援助。玄天盟与万兽山在这次并肩作战中，与药王谷结下了深厚的生死情谊，对此自是义不容辞。
至于重建山门、修复阵法、整顿内部，则是更加浩大漫长的工程。幸存的弟子们在长老带领下，强忍悲痛，清理废墟，搬运建材，修复破损的洞府与灵田。所有人的眼中，都带着劫后余生的庆幸，以及一抹化不开的悲愤与坚定。家园被毁，同门罹难，这份血仇与伤痛，将永远烙印在药王谷的记忆中。
而云芷，则成了整个药王谷最深的牵挂与担忧。
她被安置在主峰地底最深处、灵力最为精纯温和、且布设了重重保护禁制的“养魂玉室”中。三位太上长老轮流以自身精纯的灵力与道意为她温养经脉，稳固道基，涤荡识海中因强行篡改“归墟之门”而残留的规则反噬与混乱意念。
云芷的状态极其糟糕。肉身濒临崩溃，经脉寸断后又勉强续接，如同布满裂痕的瓷器。识海更是如同经历了一场浩劫，若非混沌灵根坚韧无匹，以及心口那点魂印星光始终护持着最后一点真灵不灭，恐怕早已魂飞魄散。她的意识陷入深度沉眠，对外界几乎毫无反应，只有极其微弱的生命气息，证明她还活着。
药尘真人每日都会来探望，看着玉台上气息微弱、面色苍白的弟子，这位历经风浪的谷主眼中，充满了痛惜、自责与无尽的期盼。他知道，云芷能否醒来，何时醒来，醒来后又能恢复几分，都是未知之数。她的伤势，早已超出了寻常丹药与医术的范畴，涉及到了最本源的规则反噬与神魂损耗。
“或许……只有时间，以及她自身血脉与那神秘魂印的力量，才能让她慢慢恢复。”青木太上长老探查良久，最终喟然长叹，“我们能做的，只是为她提供最好的环境，稳住伤势不恶化，等待奇迹。”
“奇迹……”药尘真人望着云芷心口那点即便在沉睡中也微弱闪烁的星光，喃喃道，“她已经创造了太多奇迹。这一次，我相信她也能。”
时间，在药王谷艰难的重建与云芷的漫长沉睡中，悄然流逝。
一月过去，谷内污染基本清除，伤员情况趋于稳定，山门开始有了简单的轮廓。
两月过去，第一座修复的丹房重新升起丹火，新的灵药嫩苗在净化的灵田中破土而出。
三月过去，护山大阵的基础阵基开始重建，虽然远未恢复往日威能，但总算有了初步的防护。
而云芷，依旧沉睡。
她的气息在这三个月中，有过数次极其微弱的起伏波动，但始终未曾真正醒来。心口那点魂印星光，也一直保持着那种微弱的、却顽强不灭的状态，仿佛在默默滋养、守护着她破碎的一切。
就在药王谷众人渐渐适应这艰难的重建生活，将希望寄托于时间之时——
外界，因药王谷一战引发的波澜，正以远超他们想象的速度，扩散开来。
首先做出反应的，是“仙界巡天司”。
药王谷之战结束半月后，一道由巡天司正式签发的“诸天通告”，便通过特定的渠道，传达到了与仙界有联系的诸多中千、大千世界，以及一些强大的修真势力耳中。
通告内容措辞严厉，直指“九霄灵界”（药王谷所在世界）因“监管不力”、“私藏禁忌”、“擅动归墟”，导致“虚空裂隙异常剧变”、“诸天秩序受扰”，造成“恶劣影响”。巡天司将“九霄灵界”列入“观察名单”，并要求该界所有“归墟相关”人员、物品、遗迹信息，需即刻向巡天司驻该界“观察使”（即将派遣）报备，接受监管。同时，“严厉谴责”药王谷“鲁莽行事”，并保留“进一步追究责任”的权力。
这通告，无异于将药王谷推上了风口浪尖，也给整个九霄灵界带来了巨大的压力与不确定性。一时间，修真界暗流涌动，各方势力对药王谷的态度变得微妙复杂起来。有同情其遭遇的，有畏惧仙界威势而急于划清界限的，也有暗中觊觎那“禁忌”与“归墟”秘密，蠢蠢欲动的。
紧接着，是关于“虚空裂隙”异变的传闻开始流传。
据一些擅长观测星象、或往来于诸天边缘的商队、探险者传回的消息，在距离九霄灵界极其遥远的某片古老虚空区域，原本相对稳定的一片“混沌迷雾区”，近期发生了极其恐怖的规则风暴与能量喷发，疑似有“世界碎片”被撕裂、湮灭。那片区域的空间变得极度不稳定，甚至开始向外扩散某种混乱的“涟漪”，影响了附近一些小型世界与虚空航路的安全。
这传闻与药王谷之战中，那道射向虚空的“毁灭光柱”隐隐对应，更是坐实了仙界通告的部分内容。一时间，“归墟之祸”、“虚空灾变”的恐慌，开始在修真界高层小范围蔓延。
而作为始作俑者（在很多人看来）的药王谷，尤其是云芷，自然也成为了这些传闻与恐慌情绪的中心焦点之一。
这一日，药尘真人正在新建的“议事堂”（规模远不如从前）中，与凌霄、赤阳真人、铁骨真人，以及几位核心长老，商讨如何应对仙界通告与外界压力。
“……通告之事，我们无法正面违抗，但也不能任由他们拿捏。”赤阳真人沉声道，“我玄天盟已联络几位交好的上界宗门，试图斡旋，但效果有限。仙界态度似乎颇为强硬。”
“万兽山也已将情况通报妖域几位妖皇，他们对此事也极为关注，毕竟‘归墟’之祸，非人族一界之事。”铁骨真人也道，“但他们也提醒，仙界定然会派遣‘观察使’前来，我们必须早做准备。”
药尘真人眉头紧锁：“观察使……名为观察，实为监视，甚至可能直接索要云芷与‘起源镇石’。此乃我谷底线，绝不可退让。”
“可若硬抗……”一位长老忧心忡忡。
就在这时，一名执事匆匆入内，呈上一枚烙印着陌生徽记的玉简：“谷主，山门外来了一支队伍，自称是‘天机阁’使者，奉阁主之命，有要事求见谷主与……云芷副盟主。”
“天机阁？”众人一怔。这是一个极其神秘、极少涉足世俗争斗、却以推演天机、知晓诸天秘闻而着称的古老组织。他们此时到来，意欲何为？
“请他们进来。”药尘真人心中警惕，却也好奇。
不多时，三名身着星辰道袍、气息飘渺出尘的修士被引入堂中。为首者是一名面容清癯、双目仿佛蕴含星河的老者，气息深不可测，竟不在三位太上长老之下。
老者朝着药尘真人微微颔首：“老朽天机阁外事长老，星衍子。见过药尘谷主，诸位道友。”
“星衍子长老远道而来，有失远迎。”药尘真人还礼，“不知天机阁此次莅临，有何指教？”
星衍子目光扫过众人，缓缓道：“敝阁主近日观测天象，推演因果，察觉‘归墟之变’已生，诸天劫气暗涌。而贵谷云芷道友，身为‘混沌星主’血脉后裔，身系‘起源镇石’与‘虚空裂隙’之关键因果，已成诸天棋局中，一枚无法忽视的‘变数’。”
他顿了顿，语气郑重：“阁主遣老朽前来，一是为确认云芷道友安危状况；二是有一言相告，关乎其未来，亦关乎此界乃至更大范围的安危。”
“请讲。”药尘真人神色肃然。
星衍子目光投向地底“养魂玉室”的方向，声音低沉而清晰：
“云芷道友此次强行扭转‘归墟’轨迹，虽解一时之厄，却也提前引爆了‘虚空裂隙’的剧变，更彻底暴露了自身‘混沌血脉’与‘镇石’之秘。如今，她已成众矢之的。仙界欲控之，灰雾欲除之，诸天诸多古老势力亦在暗中关注。”
“然，祸福相依。此次劫难，亦是她破而后立、涅盘重生的契机。‘混沌星髓’已融其心，守护魂印已铸其神，若能渡过此劫，其混沌之道将迈入全新境界。”
“阁主推演，其苏醒之机，或在‘九星连珠、虚空潮汐’之日。届时，将是她彻底炼化体内驳杂力量、凝聚‘混沌道胎’的关键时刻，亦是其因果牵连最深、最易被外界感知与干扰的时刻。”
他看向药尘真人，目光深邃：“药尘谷主，贵谷需早做准备。那一日，恐有大敌至。而云芷道友能否成功涅盘，或许……还需要前往一处，唯有‘混沌血脉’方可感应、方可进入的……‘遗落之地’，寻找最终的答案与力量。”
“遗落之地？”众人疑惑。
星衍子摇头：“具体为何，天机混沌，难以尽述。待云芷道友苏醒，自会有所感应。老朽言尽于此，告辞。”
说罢，他不再多言，带着两名随从，转身离去，如同来时般突兀。
议事堂内，众人面面相觑，心中沉甸甸的。
天机阁的警示，无疑印证了他们的担忧。更大的风暴，正在酝酿。而云芷的苏醒与未来，已成为这场风暴无可回避的中心。
药尘真人深吸一口气，目光坚毅：
“传令下去，加快重建与防御工事！同时，不计代价，搜寻一切关于‘九星连珠’、‘虚空潮汐’，以及‘遗落之地’的线索！”
“云芷，我们等你醒来。”
养魂玉室中，沉睡的云芷，指尖似乎极其微弱地，颤动了一下。
心口那点星光，仿佛也随之，明亮了一分。