青霉素的奇迹在格物院高墙内悄然传颂，但其微小的产量相对于南京城内外的病患需求，无异于杯水车薪。李仲景带领团队日夜不休，试图优化培养条件、扩大发酵规模，却受困于洁净环境维持、杂质去除效率等诸多瓶颈，进展缓慢。而就在这医学曙光与产能阴影交织的时刻，几股因科技复兴而激起的暗流，正悄然汇合，形成一股足以冲击现有秩序的汹涌潜流。
第一股暗流，源自铁路延伸触及的深层利益。苏州知府苏有德在地方士绅与漕帮势力的连日游说与隐晦威胁下，态度愈发暧昧。他虽未明令禁止铁路入境，却以“保护民田”、“安抚乡梓”为由，对勘测选址、征地补偿等事宜百般拖延，公文往来推诿扯皮。更甚者，在他的默许甚至暗中纵容下，苏州境内开始出现有组织的阻挠行为。
这一日，筑路民夫在苏州府外围一处预定线路上施工时，数十名手持锄头、棍棒的当地乡民，在一名漕帮小头目的煽动下，突然围堵上来，声称铁路将轧断他们村的“龙脊”，破坏风水，致使村中井水枯竭。他们不由分说，推倒已立好的标桩，填平开挖的基槽，与上前阻拦的工部吏员和民夫爆发了激烈的冲突。混乱中，数名民夫受伤，器械亦有损毁。消息传回南京，议会和工部震怒，却也一时难以奈何苏有德这等封疆大吏的“阳奉阴违”。
第二股暗流，则来自金融市场的失控预兆。“江南纺织”的股价在狂热投机推动下，已飙升至每股二十五两的天价，远远脱离了其实际资产与盈利能力。一些早期入局的精明商人开始悄悄抛售套现，而更多被财富神话冲昏头脑的市民仍在疯狂追高。顾炎成等人虽已意识到风险，匆忙拟定的《证券交易管理暂行条例》草案中包含了“每日价格涨跌幅度限制”与“大户交易申报”等条款，但在提交议会审议时，却遭到了代表商贾利益的部分议员的强烈反对，认为这是“粗暴干涉市场”，争论陷入僵局。股市这头被唤醒的巨兽，正脱缰狂奔，危机一触即发。
第三股暗流，潜藏于胥吏体系的顽固抵抗。户部浙江清吏司的钱司务，面对议会干事和格物院算学生的步步紧逼，表面唯唯诺诺，暗地里却联合其他几个清吏司的老吏，采取了一种更为隐蔽的对抗方式——数据污染。他们上交的账册，表面上符合新式会计格式，内里却故意填入大量看似合理、实则经不起交叉核验的混乱数据；统计报表中的数字互相矛盾，田亩、人口数据与旧档差异巨大却又无法溯源。这种“软刀子”使得议会审计工作组如同陷入泥潭，效率低下，难以真正摸清财政底数。都察院李守俊则冷眼旁观，随时准备以“推行新法不力、反致政务混乱”为由，再次发起弹劾。
第四股暗流，则在传统与现代医学的裂隙间滋生。太医院孙院判无法否认青霉素对那垂危患儿的疗效，但这并未让他接受格物院的“邪道”，反而激起了更深的敌意。他利用自己在医学界的影响力，开始撰文抨击，称格物院“以霉腐之物入药，悖逆阴阳常理，虽侥幸奏效于一二者，然其性寒毒，久用必伤根本，遗祸无穷”。他甚至联合几位太医，向太医院正施压，要求上奏朝廷，规范医药研制，禁止“未经千年医典验证之诡异方剂”随意用于临床。这对亟需更多临床案例来验证药效、改进工艺的李仲景团队而言，构成了无形的枷锁。
这几股分别源于土地、资本、官僚体系与学术观念的暗流，原本各自涌动，此刻却因“变革”这个共同的冲击对象，而隐隐产生了共鸣。反对科技复兴的力量，不再局限于李守俊等人的朝堂攻讦，开始向下渗透，与地方势力、既得利益集团、保守学术权威乃至被煽动的民意相结合，形成了一张更为庞大、也更难撼动的阻力网。
王贞仪同时面对着多方压力：铁路推进受阻，股市风险凸显，胥吏阳奉阴违，太医院掣肘新药……她感到一种前所未有的窒息感。技术在格物院的高墙内可以取得突破，但将其推向社会，却如同将一叶扁舟投入满是暗礁与漩涡的怒海。
林川在紫金山别院，通过徐承烈清晰地掌握着这几股暗流的动向。他铺开一张大的宣纸，在上面画下了几个相互关联的圈，分别标注“地方利益”、“资本无序”、“官僚惰性”、“学术保守”，并在中心重重写下了“集成阻力”四字。他意识到，科技复兴已进入深水区，单点突破收效渐微，必须开始考虑如何系统性地拆解这盘根错节的反对联盟，需要更精巧的政治手腕、更深入的利益重构以及更耐心的舆论引导。
南京城的天空依旧，但在那看不见的层面，因变革而激起的各种力量正在激烈碰撞、交融。暗流已然汇涌，它们将在何处决堤，又将冲刷出怎样的新的河道，考验着所有推动时代巨轮前行者的智慧与毅力。下一波更大的风浪，似乎已在咫尺之遥。