就在秦良玉关于卫所改革的奏疏以六百里加急驰送京师的途中，西南前线的战事并未停歇。
马祥麟怀着为舅父复仇的烈焰，率领士气高昂的新军第一旅，如同一柄精准的钢刀，连续刺穿云南王弄、阿迷等土司仓促组织的防线。
燧发枪的齐射在山谷间回荡，轻型野战炮的轰鸣宣告着旧式土司武装的末日。捷报再次传回位于四川成都的后方大营，让所有人都欢欣鼓舞，但是秦良玉在欣慰之余，她眉宇间的忧色却愈发显得浓重。
她深知，儿子在前线的势如破竹，是建立在严格的训练、精良的装备和高昂的士气之上的，而这些，都与后方糜烂的卫所兵形成了鲜明对比。
她送出的那道奏疏，无异于向积弊数十年的旧军事体系投下的一颗巨石，必将激起惊涛骇浪。
在朝廷明确旨意下达之前，她必须依靠现有力量，同时也要为可能的变革做准备。
她再次审视那些不堪用的“援兵”，眼中已不再是单纯的愤怒，而是带着一种决绝的审视。
她下令，将所有抵达贵阳的卫所兵员全部打散，进行彻底的甄别：年富力强、稍有底子者，单独编成一营，由新军派出的教官进行“魔鬼式”操练，哪怕只能练出几分样子，也能作为辅兵或守备力量；至于那些老弱病残，则发放路费，就地遣散，任其归乡为民——这虽不合旧制，但秦良玉已决心在自己的职权范围内，开始“破旧”的尝试。
同时，她以更严厉的措辞，再次行文湖广、四川等地，不再仅仅是要求派兵，而是直接要求“按额拨付相应粮饷、军械”，并言明将联合锦衣卫派监察宪兵至各卫所驻地，实地核验兵员。这道命令，如同插向脓包的手术刀，立刻引起了轩然大波。
数日后，秦良玉尚未等到朝廷的回复，却先等来了一位不速之客。
来自四川某卫所的一位世袭指挥使，被她派出的监察宪兵押解到了秦良玉的中军大帐。此人姓刘，名满仓，体态臃肿，满面油光，与帐外那些面黄肌瘦的“兵卒”形成刺眼对比。
“末将……末将参见督师大人！”刘满仓进入帐篷便“扑通”一声跪倒在地，声音带着颤抖。
秦良玉端坐案后，面沉如水，并未让他起身，只是冷冷地注视着他。
刘满仓指挥使额上冷汗涔涔，连忙从怀里掏出厚厚一叠的大明皇家商行发行的银票，“督师大人为国操劳，辛苦了……这是末将一点心意，聊表……聊表敬意，还望大人体恤我等卫所将士的难处，那核查兵员之事，手下留情……”
由于秦良玉军权在握，且深受皇上朱常洛的信任，这些日子她不断地派出自己手下的监察宪兵，对四川本地的各大卫所进行清查。发现许多吃空饷，喝兵血、奴役军户、缺额严重等现象。
而刘满仓就是其中最典型的一个。
“难处？”秦良玉终于开口，声音不高，却带着刺骨的寒意，“刘指挥使，你的难处，就是侵占军屯千顷，役使军户为奴，名下宅邸园林遍布四川？就是吃着八成的空饷，却送来一群连路都走不稳的‘兵卒’来糊弄本督，糊弄朝廷，糊弄陛下？！”
她每说一句，刘指挥使的脸色就白一分，最后几乎瘫软在地。
“督师……督师大人明鉴！这……这都是惯例啊……上下皆是如此……”
“惯例？”秦良玉猛地站起身，走到他面前，居高临下，目光如刀，“就是这等‘惯例’，蛀空了我大明的根基！就是这等‘惯例’，让我兄长秦邦屏，让无数忠勇将士，血染沙场之时，后方却在歌舞升平，贪墨他们的粮饷！你还有脸跟本督提惯例！”
她越说越怒，一巴掌打掉刘满仓想要递过来的银票，厉声道：“来人！剥去他的官服，拿下！将其罪证连同人犯，一并押送京师，交由军事内阁与刑部审理！”
帐外亲兵轰然应诺，如狼似虎地冲进来，将那瘫软如泥的刘指挥使拖了出去。
秦良玉此举，无疑是向所有卫所军官宣告：旧日的“惯例”，在她这里行不通了！
随后秦良玉又命令自己的手下和锦衣卫联合在一起，将那些喝兵血的卫所指挥使和高官们一一捉拿归案，以防止他们联合在一起形成新的叛乱。
不过秦良玉其实也并不怕他们叛乱，因为皇上朱常洛已经将新组建的大明皇家新军第五旅和第六旅，调派至四川由她指挥。至于湖北和湖南地区则调派了第七和第八旅，分别驻扎在武汉和长沙，对各地卫所进行弹压。而广东和福建则由福广水师提督沈有容进行弹压，在山东、江苏等地则由孙元化的登莱新军进行震慑，新军第二旅则派往南京驻扎。
皇上的全力支持才是秦良玉敢于对卫所兵制进行改革的根本。
而且更关键的是朱常洛和秦良玉都知道，这些长期喝兵血，欺压军户的卫指挥使们，并没有多少能力，哪怕他们真的揭竿而起，也翻不起多大浪花。
就在秦良玉大力整顿卫所时，京师那边关于她奏疏的议论已到了白热化。
朝中部分守旧大臣坚决反对改革，认为这是对祖宗旧制的大不敬，他们联合起来向皇帝施压，要求驳回奏疏。而支持改革的官员则力挺秦良玉，强调卫所积弊已久，不改革难以应对日益严峻的边疆形势。