1944年5月下旬，加里曼丹岛的战局进入关键转折期。北路军控制文莱港、南路军占据马辰平原、东路军攻克巴厘巴板油田，三路人马形成合围之势，将日军残余兵力压缩至加里曼丹岛中部的卡普阿斯山脉与周边丛林地带。这片区域山高谷深，丛林茂密，河流纵横，交通极为不便，日军在此依托天然地形，构建了多个游击据点，企图以“山地持久战”拖延时间，等待日军大本营的增援。
日军残余部队约5000人，主要由第18师团、第21师团残部与独立混成第4旅团的精锐组成，指挥官为日军第18师团参谋长松井太郎。松井太郎是日军中着名的“山地战专家”，曾在华国云南战场参与过松山战役，擅长利用山地地形组织防御与游击作战。他将残余兵力分成数十支小股部队，分散在卡普阿斯山脉的各个隘口、洞穴与丛林中，配备轻机枪、迫击炮与手榴弹等轻便武器，开展频繁的袭扰作战，企图消耗远征军的有生力量。
加里曼丹远征军总指挥李明远深知，中部山区的清剿作战将是整场战役中最艰难的部分。山区地形复杂，补给困难，日军熟悉地形，而远征军士兵大多来自平原或沿海地区，对山地丛林作战并不适应。为了确保清剿胜利，李明远下令三路人马暂缓推进，在各自控制区域建立稳固的补给基地，同时整合兵力，组建了一支由3万人组成的“山地清剿部队”，由他亲自率领，专门负责中部山区的日军清剿任务。
清剿部队的准备工作细致而周密：从本地华人与土着居民中招募了大量向导，他们熟悉山区的地形、气候与动植物分布，能为部队提供关键的导航与生存支持；配备了大量便携式电台、望远镜与夜视仪，提升部队的通讯与侦察能力；每个战斗小组都配备了丛林砍刀、登山绳索、驱虫药剂与急救包，适应山地丛林的生存环境；同时，调整战术，采用“分片清剿、逐步推进、重点围歼”的策略，将中部山区划分为多个区域，每个区域由一支专门的部队负责，逐步压缩日军的活动空间。
1944年6月1日，中部山区清剿作战正式打响。清剿部队兵分五路，向卡普阿斯山脉的各个区域发起进攻，一场“以游击对游击”的山地丛林战就此展开。
卡普阿斯山脉的隘口是进出山区的必经之路，日军在多个关键隘口构筑了防御工事，设置了碉堡、战壕与反坦克地雷区，企图凭借隘口天险阻挡清剿部队推进。其中，位于山脉中部的“猛虎隘”最为险要，两侧是陡峭的悬崖，中间仅有一条狭窄的通道，日军在此部署了一个中队约200人，配备2门迫击炮与5挺重机枪，号称“一夫当关，万夫莫开”。
负责进攻猛虎隘的是清剿部队第一营，营长李刚是泗水师的资深军官，擅长山地攻坚。他深知正面进攻必然会付出巨大伤亡，因此决定采用“迂回穿插+正面佯攻”的战术。李刚下令第一连在隘口正面展开，用机枪与迫击炮发起佯攻，吸引日军的注意力；同时，亲自率领第二连与第三连，在本地向导的带领下，沿着悬崖峭壁上的隐蔽小路，绕至日军隘口阵地的后方。
悬崖峭壁陡峭湿滑，士兵们用登山绳索攀爬，不少人滑倒摔伤，却依旧坚持前进。经过整整一夜的艰难攀爬，第二连与第三连成功抵达日军阵地后方。李刚一声令下，士兵们发起突袭，手榴弹与机枪火力瞬间覆盖日军阵地。日军猝不及防，腹背受敌，陷入混乱。正面进攻的第一连也趁机发起冲锋，与后方部队形成夹击之势。经过两个小时的激战，清剿部队成功攻克猛虎隘，歼灭日军180余人，仅少数日军逃窜。
类似的隘口争夺战在卡普阿斯山脉的各个区域上演。清剿部队凭借灵活的战术与顽强的意志，逐一攻克日军占据的隘口，卡住了日军的咽喉，切断了日军各据点之间的联系，为后续的分片清剿创造了有利条件。
攻克隘口后，清剿部队深入山区丛林，对日军的游击据点展开清剿。加里曼丹岛中部的丛林比沿海地区更加茂密，参天古木遮天蔽日，地面覆盖着厚厚的落叶与腐殖土，能见度不足三米。日军士兵如同幽灵般隐藏在丛林中，利用树木、藤蔓与洞穴作为掩护，频繁发起突袭，清剿部队面临着“看不见的敌人”的威胁。
日军的游击战术极为狡猾：他们会在清剿部队的必经之路埋设地雷与陷阱，用藤蔓制作绊索，触发悬挂的手榴弹；在部队休息时，从丛林深处发起偷袭，打完就跑，让清剿部队防不胜防。清剿部队的士兵们时刻保持警惕，行进时排成单列，用丛林砍刀开辟道路，前方士兵负责排查地雷与陷阱，后方士兵负责警戒；休息时，构建临时防御工事，安排士兵轮流站岗放哨。
为了应对日军的游击战术，清剿部队采用了“以彼之道，还施彼身”的策略，将部队化整为零，分成数十支小股游击小队，每队10-15人，由本地向导带领，在丛林中搜索日军的据点。游击小队的士兵们学习日军的隐蔽技巧，利用丛林地形伪装自己，悄悄接近日军据点，发起突然袭击。
在一次丛林清剿中，游击小队队长张明发现了日军的一个秘密据点，隐藏在一处山谷的洞穴中，约有50名日军驻守。陈明下令小队成员分散隐蔽，在洞穴周围布设包围圈；同时，派遣两名队员绕至洞穴后方，用炸药包封堵洞穴的出口。一切准备就绪后，陈明下令发起进攻，手榴弹与机枪火力向洞穴入口倾泻，日军试图从出口逃窜，却被炸药包封堵，陷入绝境。经过一个小时的激战，游击小队成功攻克该据点，歼灭日军40余人，缴获步枪30支、手榴弹50枚。
丛林清剿战异常艰苦，士兵们不仅要面对日军的袭击，还要抵御恶劣的自然环境。山区的高温潮湿让不少士兵患上了疟疾、痢疾等疾病，非战斗减员持续增加；丛林中的蚊虫、毒蛇与野兽也对士兵们的安全构成威胁。但清剿部队的士兵们凭借坚定的意志，克服了重重困难，逐步肃清了丛林中的日军据点。
1944年7月中旬，经过一个多月的清剿作战，日军的游击据点被逐一拔除，残余兵力仅剩约1000人，被清剿部队围困在卡普阿斯河谷的一片狭小区域。卡普阿斯河谷是中部山区的核心地带，河流两岸是茂密的丛林与陡峭的山地，日军在此构建了最后的防御工事，企图作困兽之斗。
李明远判断，这是歼灭日军残余势力的最后机会，下令集中清剿部队的主力，对卡普阿斯河谷的日军发起总攻。7月20日拂晓，总攻正式打响。清剿部队的炮火对日军的防御工事展开地毯式轰炸，105mm榴弹炮与75mm山炮的轰鸣声震耳欲聋，日军的碉堡与战壕被逐一炸毁；“猎豹”战斗机中队从巴厘巴板机场起飞，对日军的集结区域展开精准打击，为地面部队提供空中支援。
在地面进攻中，清剿部队兵分三路，从河谷的东、西、北三个方向发起冲锋。日军的抵抗异常顽强，他们利用河谷的地形，与清剿部队展开近距离肉搏，卡普阿斯河谷的沙滩上、丛林中、河流里，到处都是激战的身影。士兵们用步枪、机枪、手榴弹与日军展开殊死搏斗，鲜血染红了河谷的河水，尸体遍布战场。
在战斗的关键时刻，日军指挥官松井太郎组织了一支敢死队，企图从河谷南部突围。敢死队的士兵们身上绑满炸药包，向清剿部队的防线发起冲锋。清剿部队的士兵们毫不畏惧，用密集的火力阻击，不少敢死队员在冲锋途中被击毙，炸药包爆炸，掀起阵阵血雾。松井太郎见突围无望，切腹自尽，残余日军失去指挥，抵抗意志崩溃，纷纷放下武器投降。
经过三天三夜的惨烈激战，清剿部队终于在7月23日彻底歼灭了卡普阿斯河谷的日军残余势力，至此，加里曼丹岛中部山区的日军被全部肃清。
1944年8月，随着中部山区日军的彻底肃清，加里曼丹岛战役正式宣告结束。这场历时四个月的惨烈战役，加里曼丹远征军共歼灭日军3.5万余人，其中击毙2.7万人，俘虏8000余人，缴获坦克40辆、火炮60门、步枪3万支、子弹500万发，以及大量的石油、煤炭、金矿等战略资源。远征军也付出了沉重的代价，伤亡达1.2万余人，其中牺牲4000余人，负伤8000余人，无数将士长眠在加里曼丹岛的土地上。