随着名声远扬，秦墨三人的医馆也日益壮大。然而，麻烦也接踵而至。一日，当地知府的夫人得了怪病，遍寻名医无果后，听闻了秦墨三人的名号，便派人前来请她们入宫诊治。秦墨深知官场复杂，但医者仁心，还是带着两位同伴前往。
进入知府府邸，她们感受到一股压抑的氛围。知府夫人面色蜡黄，气息微弱。秦墨仔细诊断后，发现病症棘手，但并非无药可治。就在她们准备用药之时，府中的老嬷嬷却站出来质疑，称秦墨三人是乡野村医，不可轻信。秦墨冷静应对，将病因病理一一剖析。知府听后大为赞赏，责令众人不得再干扰。经过几日精心治疗，知府夫人病情逐渐好转。知府大喜，赠予厚礼并要留她们在府上任职。但秦墨婉拒，称还有更多百姓需要她们。于是，秦墨三人又回到医馆，继续广收学徒，传播医术，仁医之名更加响亮。
不久之后，城中最大的医馆嫉妒秦墨三人的名气，买通了一些地痞流氓。一天，一群地痞闯进医馆闹事，声称秦墨等人医治失误害了他们家人，要砸了医馆。秦墨镇定自若，提出查看病人记录以及重新检查所谓受害者身体状况。地痞们顿时慌了神，但仍强词夺理。这时，之前被秦墨治好夫人的知府正好路过。他喝止了地痞，地痞们见状纷纷逃窜。知府走进医馆，看到里面学徒众多，秩序井然，不禁对秦墨更为钦佩。他向周围百姓讲述了秦墨救治夫人的事情，百姓们恍然大悟，对秦墨三人更是敬重有加。此后，越来越多的人慕名而来学医或求医。秦墨三人还编写了医书，免费发放给各地医馆。而那些企图打压她们的势力，见此情形只能作罢，秦墨三人的医馆也成为了城中最受敬仰的地方，她们的善举与高超医术一直流传下去。几年后，皇宫传来消息，皇帝最宠爱的贵妃染疾。宫中御医束手无策，皇帝听闻秦墨三人的大名，下旨召她们进宫。秦墨三人收拾行囊再次踏入宫廷。这一次，面对的压力远超以往，后宫妃嫔争宠，各方势力暗流涌动，都盼着贵妃早死或者希望借治病之机陷害他人。秦墨小心谨慎地诊断，发现贵妃是长期服用慢性毒药所致。在寻找解药的过程中，多次有人暗中破坏药材供应或是偷换药方。但秦墨凭借多年经验识破阴谋，还巧妙地利用宫中复杂的人际关系找出幕后黑手。最终成功研制出解药治愈贵妃。皇帝龙颜大悦，欲封秦墨三人为女官，留在宫中专门侍奉皇室。秦墨以民间更需良医为由再次拒绝。皇帝感其仁德，赏赐大量金银财宝，并昭告天下表彰秦墨三人。自此，秦墨三人的医馆声名远播至其他城镇，吸引着各地有志于学医之人前来求学，她们的传奇事迹也被史官记载，世代传颂。