联合科研基地的建设正式拉开帷幕，然而，摆在“宇宙联盟”与神秘文明面前的，是一系列艰巨的挑战。
首先，运输与搭建大型科研设施成为了首个难题。许多设备体积庞大且结构复杂，从各个文明的母星或飞船上运输到“迷雾星系”的基地选址处，需要精确的规划和协调。“宇宙联盟”的飞船虽具备一定的运输能力，但面对如此大规模的建设任务，显得有些力不从心。神秘文明则拥有独特的空间折叠运输技术，能够在瞬间将物体传送到指定地点，但这种技术的能量消耗巨大，且对运输物体的质量和体积有一定限制。
为了解决运输问题，双方决定联合研发一种新型运输方案。他们结合“宇宙联盟”的飞船运输优势和神秘文明的空间折叠技术原理，设计出了一种分级运输系统。对于较小且关键的设备部件，利用神秘文明的空间折叠技术进行快速运输；而对于大型的、体积超过空间折叠限制的设施，则由“宇宙联盟”的飞船进行长途运输。在运输过程中，还设置了多个中转节点，便于对运输的物资进行检查和整理。
在搭建设施的过程中，不同文明的技术差异也带来了诸多挑战。例如，“宇宙联盟”的建筑技术注重结构的坚固性和多功能性，而神秘文明的建造方式则更倾向于利用能量场进行塑形和强化。当两者结合时，常常出现兼容性问题。
在建造观测与实验中心的主体结构时，按照“宇宙联盟”的设计，需要使用高强度的合金材料进行框架搭建，然后再安装神秘文明提供的能量探测设备。然而，当设备安装完成后进行调试时，却发现合金框架对设备的能量信号产生了干扰，导致数据出现偏差。
科研人员和工程师们迅速展开研究，试图找到解决办法。经过反复试验，他们发现通过在合金框架表面涂抹一层由神秘文明提供的特殊能量涂层，可以有效屏蔽干扰，确保设备正常运行。这个小小的改进，不仅解决了当前的问题，还为未来不同文明技术的融合提供了思路。
除了技术方面的挑战，人员协作也是一个关键问题。来自不同文明的科研人员和工程师，语言、文化和工作习惯都大不相同。沟通不畅时常导致工作效率低下，甚至出现误解和冲突。
为了促进人员之间的协作，联合基地设立了专门的语言与文化培训中心。在这里，科研人员可以学习其他文明的语言和文化知识，增进彼此之间的理解。同时，基地制定了一套统一的工作流程和规范，明确了每个岗位的职责和操作标准，减少因工作习惯差异而产生的问题。
在建设能源供应区时，由于涉及到多种能源供应方式的整合，需要不同文明的能源专家密切配合。一开始，各方专家在能源转换和分配方案上存在较大分歧。“宇宙联盟”的能源专家主张以可控核聚变技术为主要能源来源，因为这种技术在“宇宙联盟”内已经相对成熟；而神秘文明的专家则认为应该优先利用“能量枢纽”的部分能量，通过他们独特的能量转换装置进行供应，这样可以更高效地满足基地需求。
面对分歧，双方并没有固执己见，而是展开了深入的技术交流和论证。他们对两种方案的可行性、安全性、稳定性以及长期成本等方面进行了全面评估。最终，综合考虑各种因素，决定采用一种混合能源供应方案，将可控核聚变技术与“能量枢纽”能量转换技术相结合，实现优势互补。
在克服重重挑战的过程中，“宇宙联盟”与神秘文明的合作愈发紧密。他们相互学习、相互借鉴，逐渐磨合出一套高效的协作模式。尽管建设之路依然充满艰辛，但每一次困难的克服都让他们离联合科研基地的建成更近一步，也让他们对未来共同探索宇宙奥秘充满信心。