在林瀚致力于起草“十五”计划的同时，一项关乎国家长远发展和全局安全的宏大战略，也在最高决策层酝酿成熟——西部大开发。
由于林瀚在广东推动“山海联动”的成功实践以及他对区域协调发展问题的深入研究，他被任命为国家西部大开发领导小组办公室副主任，成为这一国家战略的主要操盘手之一。
这无疑是一项前无古人且极具挑战性和艰难程度的伟大使命！要知道广袤无垠的西部地区其地域范围竟然占据着整个国家领土总面积超过七成之多；然而与之形成鲜明对比的却是这里仅仅拥有不到三分之一比例的人口数量而已。更为糟糕的是该区域所创造出来的国民生产总值还远远低于百分之二十这个数值，可以说当地无论是在经济发展还是其他方面都明显滞后于国内平均水平很多。此外由于历史遗留问题以及自然条件限制等诸多因素影响导致西部地区普遍存在着诸如交通不便、通信不畅、能源短缺等等一系列严重制约社会进步与经济增长的薄弱环节。不仅如此就连当地原本就十分脆弱不堪一击的生态环境此刻亦正面临着前所未有的巨大压力而显得愈发岌岌可危起来。尤其值得一提的是那些生活在这片土地之上的贫困人群更是像被诅咒一般始终无法摆脱掉贫穷困苦命运的纠缠。
就在众人对如何开展此项工作感到茫然失措之际，身为领导小组组长的林瀚却凭借自己卓越超群的智慧才能在首次召开的全体成员大会上高瞻远瞩、深入浅出地向大家阐述清楚了关于实施西部大开发战略的具体构想及操作方案：我们绝对不能重蹈覆辙去沿袭当年东部沿海地带那种先破坏环境再投入巨资加以整治修复这样一条错误道路；同时也要坚决杜绝出现类似到处撒胡椒面儿式毫无章法可言的低级粗放型重复投资现象发生。所以在此过程当中务必要牢牢把握好以下几个关键要点即首先得确保各项基础性设施能够得到充分完善并不断优化升级从而为后续大规模开发建设奠定坚实可靠根基；其次则需将生态文明理念贯穿始终摆在首要位置全力以赴守护住这片美丽家园免遭进一步侵蚀损害；再者便是要高度重视科学技术创新和教育事业发展以此作为强有力后盾来推动实现跨越式快速崛起目标；最后还要紧紧抓住市场经济规律办事让无形之手发挥出最大功效引领带动各类资源要素合理流动高效配置进而促进整个西部地区实现健康可持续良性循环式蓬勃向上发展态势！
他特别强调：“西部开发不是‘输血’，而是要培育西部的‘造血’功能。要依托西部的资源禀赋和比较优势，发展特色经济，如能源、矿产、旅游、特色农业等。同时，要坚决守住生态红线，保护好黄河、长江上游的生态屏障。”
在他的主导下，西部开发办迅速制定了 “西气东输”、“西电东送”、青藏铁路等一批标志性重大工程的规划方案。这些工程，投资动辄数百亿甚至上千亿，技术难度大，经济论证复杂，争议也不少。
尤其在论证青藏铁路时，反对声音很强。“投资太大，经济效益差，冻土技术问题没解决，是政治工程！”有人直言不讳。
林瀚组织专家进行了反复论证，他从战略高度反驳：“青藏铁路不仅仅是条铁路，它是连接西藏与内地的生命线、团结线、幸福线！对于维护国家统一、巩固边疆稳定、促进藏族同胞发展具有不可替代的战略价值。经济账要算，但政治账、社会账、长远账更要算！技术问题，可以攻关解决！”
他的坚持和雄辩，为青藏铁路等重大项目的最终上马，起到了关键的推动作用。西部大开发的号角，就此吹响。