NERV总部中央指令室。
碇真嗣、明日香和绫波丽被紧急召见。当他们走进来时，惊讶地发现渚薰也站在那里，脸上依旧带着那温和的微笑。
碇源堂背对着他们，声音一如既往地冰冷，却投下了一颗重磅炸弹：“向你们介绍，第五适格者，渚薰。从今天起，他将作为二号机的预备驾驶员，与你们共同行动。”
“什么？！”
明日香第一个叫出声，难以置信地指着渚薰，
“他？这个装模作样的家伙也是适格者？”
碇真嗣也愣住了，看着渚薰，一时不知该作何反应，只有绫波丽依旧面无表情。
渚薰对着三人，尤其是真嗣，露出了一个略带歉意的尴尬笑容：“事情有些突然，但……以后请多指教了，各位前辈。”
他特意在“前辈”二字上加了重音。
明日香立刻摆出了前辈的傲慢姿态，双手叉腰：“哼！既然是新来的，就要懂得规矩！以后作战要听从本小姐的指挥，明白吗？别拖后腿！”
渚薰脸上的笑容不变，语气温和却针锋相对：“惣流前辈的指挥能力，在之前的战斗数据中我已经有所了解。请放心，我会在必要时提供……适当的建议。”
“你什么意思？！”
“只是陈述事实而已。”
“你这个笑面虎！”
“过奖了，暴躁前辈。”
两人你一言我一语，瞬间成了死对头。真嗣在一旁看着，感觉既荒谬又无奈。
这时，碇源堂打断了他们的争吵：“丽，你跟我来一下。”
他转身走向专用电梯，绫波丽默默地跟上。
真嗣看着父亲和绫波丽离开的背影，心中涌起一股强烈的好奇。他们要去哪里？为什么单独叫走绫波？
过了一会儿，众人散去，各自进行日常训练或待命。
渚薰看着碇源堂和绫波丽消失的电梯方向，紫色的眼眸中闪过一丝决然。
时机成熟了。
他利用自己作为适格者的权限，悄无声息地进入了二号机的插入栓。没有人注意到，二号机的眼睛微微亮起。
然后以一种绝非正常流程的方式，挣脱了部分拘束器，朝着总部最深处、标有“绝对禁区”的通道快速下行。
几乎在同一时间，SEELE的圆桌会议上，怒火在无声中燃烧。
“碇源堂这个叛徒！”
“他妄想掌控神之力，偏离了既定的剧本！”
“启动应急预案。”
NERV指挥部，刺耳的入侵警报骤然拉响！
“警告！外部出现大量不明身份武装力量！识别为……日本自卫队？！”
日向实的声音充满了震惊。
“他们正在攻击总部外围防御设施！”青叶茂看着屏幕上闪烁的红点，急促地报告。
赤木律子的额头渗出了细密的汗珠，她比任何人都清楚，地下深处隐藏着什么。
那是连大部分NERV成员都无权知晓的终极秘密，最终教条区。
如果那里暴露，或者被SEELE掌控，一切就都完了。
葛城美里冲进指挥室，看着一片混乱的屏幕，咂了一下嘴：“怎么回事？自卫队为什么会攻击我们？”
“他们声称NERV已被不明势力渗透，要求我们立刻交出指挥权并接受调查！”
伊吹摩耶解释道。
这时，加持良治也快步走了进来，脸上带着少有的严肃：“美里，情况不妙。”
美里深吸一口气，强迫自己冷静下来。她看了一眼脸色苍白的赤木律子，沉声道：“现在没时间深究了。加持，协助指挥防御作战，绝不能让他们突破总部！真嗣，明日香！”
“在！”
两人立刻回应。
“地下有异常能量反应和未经授权的移动信号，疑似使徒活动！你们立刻驾驶初号机前往拦截！无论如何，阻止它深入地下！”美里的命令斩钉截铁。
“明白！”
美里在转身奔赴前线指挥前，深深地看了赤木律子一眼，留下一句：“等这事结束了，你再好好跟我解释，律子。”
格纳库内，真嗣和明日香迅速进入初号机插入栓。
由于情况紧急，两人共乘一机。
“喂！笨蛋真嗣，别挤我！”
“是你自己占太多地方了！”
“你说什么？！”
短暂的争吵在危机面前显得无足轻重，初号机沿着紧急通道，向着地底深处急速下潜。
越是往下，周围的环境越发诡异。常规的金属结构被某种巨大的、如同生物组织般的暗红色物质所取代。
空气中弥漫着一种古老而压抑的气息。
终于，他们冲破了最后一层屏障，眼前豁然开朗，映入眼帘的景象让两人瞬间窒息。
这是一个巨大得超乎想象的地下空间。而在空间的中央，一个巨大无比、如同神只般的白色巨人被钉在一个巨大的红色十字架上。
它的面部覆盖着面具，胸口插着一柄巨大、造型奇异的红色长枪——朗基努斯之枪。
而在十字架下方，站着碇源堂和绫波丽。更让他们震惊的是，二号机正背对着他们。
站在那个被钉住的白色巨人面前，渚薰的声音透过外部扬声器传来，带着一种复杂的悲悯：
“这就是……莉莉丝。人类的起源……也是终结。”
初号机内的真嗣和明日香彻底惊呆了。他们从未想过，NERV的地底，竟然隐藏着如此骇人的秘密！
碇源堂缓缓转过身，镜片反射着十字架苍白的光，看不清眼神。
恶战，一触即发。这一次，战斗的双方，是曾经的同伴，而赌上的，是全人类的命运。
初号机驾驶舱内，碇真嗣死死盯着二号机的背影。
“为什么？”
真嗣疑问。
地下空间的诡异红光映照着十字架上的莉莉丝，朗基努斯之枪突然发出嗡鸣，仿佛在回应光之巨人的到来。
渚薰操纵二号机伸手握向长枪，轻声说：抱歉，真嗣。但我必须解放。
远处碇源堂嘴角勾起冰冷的弧度，而绫波丽默默上前一步，三个类补完计划的核心，在此刻轰然碰撞。