青山村的后山上，有一棵千年古银杏树，树干需三人合抱，树冠如伞盖般遮蔽半亩地。每到深秋，金黄的叶片飘落，在树下积成厚厚的地毯。树下有眼清泉，水质清冽甘甜，村民们世代饮用，都说这是古树庇佑的灵泉。
村东头住着王老汉，六十多岁，儿子儿媳在城里打工，留下个十岁的孙子小宝跟着他生活。王老汉平日里除了种地，就爱坐在古银杏树下，听老人们讲古。小宝则喜欢在泉边玩耍，用树叶折小船放进泉眼，看着它们顺着小溪漂走。
这天，村里突然来了一群人，领头的是个西装革履的中年人，自称是矿泉水公司的。他们拿着仪器在泉眼附近测量，又装了几瓶泉水带走检测。没几天，这些人再次来到村里，说这泉水富含多种矿物质，品质绝佳，想投资建厂开发成瓶装矿泉水。
为了说服村民，他们承诺会给高额补偿，还说建厂后能给村里提供不少就业岗位。不少年轻人心动了，觉得这是个致富的好机会。但也有一些老人反对，他们担心建厂会破坏灵泉，得罪古树神灵。王老汉心里也犯嘀咕，可看着村里年轻人热情高涨，也不好说什么。
小宝却坚决反对。他听爷爷讲过，这棵古银杏树是村里的守护神，灵泉更是大家的生命之源。有一次他在泉边玩耍时，不小心掉进水里，是一位白胡子老爷爷把他托上了岸，等他回头想道谢时，却只看到古银杏树在风中摇曳。从那以后，小宝就坚信古树是有灵性的。
建厂的事情很快敲定，挖掘机开进后山的那天，小宝站在古银杏树下大哭，说什么也不让机器靠近。王老汉心疼孙子，也站出来阻拦，却被人拉到一边。看着挖掘机的铲斗逼近泉眼，小宝突然冲过去，抱住挖掘机的履带。混乱中，小宝被推倒在地，膝盖擦破了皮，鲜血染红了裤腿。
当晚，小宝发起了高烧，说胡话，嘴里一直念叨着“古树爷爷救我”。王老汉心急如焚，带着小宝四处求医，却不见好转。村里的老人们都说，这是得罪了古树神灵，要去灵泉边诚心忏悔才行。
王老汉半信半疑，抱着小宝来到古银杏树下。他跪在泉边，老泪纵横：“古树神灵啊，是我们糊涂，不该为了钱就破坏您的安宁。只要能治好小宝，让我做什么都行！”说着，他捧起一捧泉水，喂小宝喝下。
神奇的是，小宝喝过泉水后，烧渐渐退了，人也清醒过来。这件事在村里传开，不少人开始后悔当初的决定。但矿泉水公司的人不肯罢休，说这只是巧合，继续施工。
就在这时，奇怪的事情接连发生。先是村里的井水变得浑浊，不能饮用；接着，地里的庄稼开始枯萎，牲畜也莫名生病。村民们慌了神，纷纷跑到古银杏树下磕头认错。
那天夜里，王老汉做了个梦。梦里，那位白胡子老爷爷告诉他，灵泉是大地的血脉，古树是大地的筋骨，破坏它们就是在伤害大地母亲。只要停止施工，恢复灵泉的清净，一切都会好起来。
王老汉赶紧把梦告诉村民。大家商议后，决定和矿泉水公司解约，恢复后山的原貌。工人们撤走后，村民们自发清理后山的建筑垃圾，在泉眼周围种上花草树木。
说来也怪，没过多久，井水又变得清澈，庄稼重新焕发生机，牲畜也恢复了健康。从那以后，村民们更加爱护这棵古银杏树和灵泉，还在树下立了一块石碑，上面刻着“护泉爱树，世代相传”。
小宝的伤好了之后，经常带着小伙伴们到古银杏树下玩耍。他会给大家讲古树神灵的故事，告诉他们要爱护这片土地。而那眼灵泉，依旧汩汩流淌，滋养着青山村的每一个人，见证着村民们守护家园的决心。