灰蓝光束持续了整整五分钟。
在博人和林枫的联手之下，那团直径超过十米的混沌物质，像被阳光照射的冰雪般，快速消融。先是表面的幽蓝色能量波纹彻底消失，露出里面被吞噬的各种物质；然后是那些物质被逐一还原——被同化的忍者没有复活，但他们的查克拉和灵魂碎片被净化成无害的自然能量，回归天地；被吞噬的忍具、金属、建筑碎片，恢复成原本的形态，散落在地面上；最后，连混沌物质核心的“源初之胚”能量，都被彻底净化，化作一缕缕淡绿色的自然能量，随着风消散在空气中。
当最后一丝混沌物质消失时，博人再也支撑不住，双腿一软，坐在了地上。他的脸色苍白，体内的净楔之力几乎耗尽，连维持双眼开启的力气都没有。林枫则比他更虚弱，直接瘫倒在博人身边，大口地喘着气，灰白色的终焉之力彻底消散，身体的透明度又略微增加了几分，显然是过度透支导致的。
“成功了……我们成功了……”博人看着空荡荡的地面，声音沙哑，却带着劫后余生的喜悦。
暗部队员们也松了一口气，之前的恐惧和绝望被欣慰取代。卡卡西快步走到博人和林枫身边，蹲下身，看着虚弱的两人，眼中满是感激：“多谢你们，否则后果不堪设想。”他立刻对着通讯器喊道：“医疗班！立刻过来！这里有重伤员！”
很快，医疗班的忍者抬着担架赶来，小心翼翼地将林枫和博人抬上担架，送去医疗站治疗。卡卡西则命令暗部：“全面搜查工厂和周围区域，逮捕所有激进派成员，找到方助！活要见人，死要见尸！”
暗部队员们立刻行动起来。工厂的废墟中，一名暗部队员在实验室的角落发现了缩成一团的方助——他的白大褂被撕碎，头发凌乱地贴在脸上，嘴角挂着涎水，眼神空洞，嘴里还在不断念叨着：“我的杰作……我的进化钥匙……怎么会这样……”
当暗部队员将他从废墟中拖出来时，方助突然疯狂地挣扎起来，他挥舞着手臂，试图扑向远处散落的“源初之胚”残骸，却被暗部队员死死按住。“放开我！那是我的成果！你们不懂！你们这些愚蠢的人！毁灭了忍界的未来！”方助嘶吼着，声音嘶哑，眼泪和鼻涕混在一起，狼狈不堪。
“方助博士，你因涉嫌制造危险生物、危害忍界安全、非法进行人体实验，现已被‘星火’议会批准逮捕。”暗部队员拿出一副特制的封印枷锁——这副枷锁由漩涡一族的秘术打造，能封印佩戴者的查克拉和能量，防止其使用任何忍术或秘术。当枷锁扣在方助手腕上时，方助体内残存的微弱能量瞬间被封印，他像被抽走了所有力气，瘫倒在地上，只能无力地哼哼。
“带他走，关押到木叶最严密的地下监狱，24小时派人看守，不允许任何人探视。”卡卡西冷冷地说道。他看着被拖走的方助，心中没有丝毫同情——这个为了追求力量而不择手段的科学家，最终为自己的疯狂付出了代价。
战场很快被清理干净。激进派成员被全部逮捕，包括瘫坐在地上的风祭萌黄——她看着被带走的方助，又看着地面上散落的忍具碎片，眼中满是悔恨的泪水。她终于明白，自己所谓的“进化”“希望”，不过是方助疯狂野心的垫脚石，而她，也成了这场灾难的帮凶。
夕阳西下，金色的余晖洒在战场上，驱散了之前的阴霾。医疗站里，博人和林枫正在接受治疗，他们的呼吸逐渐平稳，脸色也慢慢恢复。卡卡西站在医疗站外，看着远处重建中的木叶，心中暗暗下定决心：这场危机虽然解除了，但忍界的挑战还远未结束，他必须和鸣人、林枫等人一起，守护好这片土地，不让类似的灾难再次发生。