木叶郊外的废弃工厂外，月光被乌云遮住，黑暗笼罩着整片区域。三辆黑色的货车缓缓驶到工厂门口，车身上印着“木叶后勤”的标志，却没有任何编号——这是萌黄用来运输秘密物资的车辆。
货车刚停下，工厂的大门就缓缓打开，几名穿着黑色风衣的激进派成员走了出来，准备接应物资。就在这时，周围突然亮起数十道红色的激光瞄准线，将所有激进派成员笼罩其中！
“风祭萌黄，你们因涉嫌窃取联盟最高机密资源、进行未经授权的危险实验，现奉命逮捕！”
卡卡西的声音从黑暗中传来，紧接着，数十名穿着黑色夜行服的暗部忍者从周围的树林和废弃建筑中跃出，手中握着特制的忍具，将工厂门口团团围住。卡卡西站在最前面，手中拿着一份盖着“星火”议会公章的逮捕令，眼神冰冷地看着萌黄。
萌黄坐在第一辆货车的驾驶座上，脸色瞬间惨白。她怎么也没想到，自己的行动会被发现。但很快，她的眼中闪过一丝疯狂，她猛地从口袋里掏出一个红色的紧急按钮，毫不犹豫地按下：“为了进化！启动防御系统！”
“轰隆！”
废弃工厂的墙壁突然裂开数个洞口，炮口从洞口伸出，炮口闪烁着淡紫色的光芒——这是用大筒木技术改造的能量炮！不等暗部忍者反应，炮口就射出一道道扭曲的光线，光线所过之处，空气都被撕裂，发出刺耳的“滋滋”声。
“小心！”卡卡西大喊一声，立刻释放出雷遁·雷切，在身前形成一道雷电屏障。但光线的威力远超预期，雷电屏障只阻挡了0.5秒，就被彻底撕裂。两名来不及躲避的暗部队员被光线击中，身体瞬间被湮灭成粉，连一丝痕迹都没有留下。
“杀了他们！”萌黄推开车门，手中握着一把用大筒木技术改造的短刃，短刃上闪烁着淡蓝色的能量光芒，“我们的实验不能被阻止！忍界需要进化！”
激进派成员也反应过来，他们从货车里拿出各种危险武器——有能释放黑暗查克拉的手雷，有能扭曲空间的匕首，还有能吸收对手查克拉的手套。这些武器都是用方助提供的“源初之胚”能量和大筒木技术改造的，威力巨大。
一名激进派成员扔出一枚黑暗查克拉手雷，手雷落地后，爆发出黑色的烟雾，烟雾中蕴含的黑暗查克拉能腐蚀忍者的查克拉经络。暗部队员们立刻释放出火遁，试图驱散烟雾，却发现火遁刚接触烟雾，就被瞬间熄灭。
“这些武器有问题！”一名暗部队员大喊，他的手臂不小心接触到烟雾，立刻传来灼烧般的疼痛，查克拉经络也开始紊乱，“黑暗查克拉在腐蚀我们的身体！”
卡卡西皱紧眉头，他没想到激进派竟然拥有这么多危险的武器。他立刻调整战术，对着暗部队员们喊道：“用风遁驱散烟雾，集中攻击炮口！先摧毁防御系统！”
暗部队员们立刻执行命令，数名擅长风遁的忍者同时释放出风遁·大突破，强烈的气流将黑色烟雾吹散。其他暗部队员则集中攻击工厂墙壁上的炮口，用忍具和忍术破坏炮口的能量核心。
萌黄看着被逐渐压制的防御系统，眼中满是不甘。她知道，自己已经输了，但她不想放弃。她拿起通讯器，拨通了方助的电话：“博士，我们被暗部包围了，物资和实验室都保不住了！你快……”
电话那头传来方助冰冷的声音：“没用的废物，这点小事都办不好。从现在起，你和你的人，与我无关。”说完，方助就挂断了电话。
萌黄愣住了，手中的通讯器“啪”地掉在地上。她终于明白，自己只是方助的棋子，一旦失去利用价值，就会被毫不犹豫地抛弃。
就在这时，一道雷切从她身后袭来，击中了她手中的短刃。短刃瞬间被雷电摧毁，萌黄也被冲击波掀飞出去，重重地摔在地上，失去了意识。
其他激进派成员见首领被擒，防御系统也被摧毁，士气大落，很快就被暗部制服。卡卡西站在工厂门口，看着被逮捕的激进派成员，眼神凝重：“把他们带回木叶监狱，严加审讯。另外，搜查整个工厂，找到所有的实验数据和‘源初之胚’样本，全部销毁。”
暗部队员们立刻行动起来。废弃工厂的灯光被打开，照亮了里面的秘密实验室——实验室里摆放着数十个培养舱，里面漂浮着“源初之胚”样本，墙上的屏幕显示着人体实验的数据。暗部队员们按照卡卡西的命令，销毁了所有样本和数据，将工厂彻底查封。
夜色依旧深沉，但一场潜藏的危机，终于被暂时化解。只是卡卡西知道，这只是开始——方助还在逃，大筒木的观测器还在监视，忍界的挑战，远未结束。