博人连夜赶回木叶，第一时间找到了鸣人和卡卡西。当他把林枫的预警——“方助危险”——说出来时，原本还在讨论十尾异变的两人，脸色瞬间变得凝重。
“林枫的判断绝不会错。”卡卡西推了推面罩，语气严肃，“他对‘威胁’的感知远超我们，既然他特意提到方助，说明方助的实验一定隐藏着我们没发现的危险。”
鸣人也点了点头，之前他就对方助的“源初之胚”实验心存疑虑，现在有了林枫的预警，更是坚定了调查的决心：“卡卡西前辈，麻烦你调动直属议会的暗部，对方助的研究所和秘密基地进行全面调查，一定要找到他实验的真相。博人，你继续留在妙木山守护林枫，有任何新情况，立刻通知我们。”
命令下达后，卡卡西亲自挑选了十名经验丰富的暗部忍者，组成调查小队。暗部忍者们穿着黑色的夜行服，脸上戴着面具，趁着夜色，潜入了方助位于木叶外围的“方舟”研究所。
研究所的表面看起来平静如常，值班的研究员们在实验室里忙碌着，记录着各种能量数据，似乎没有异常。但暗部小队长敏锐地发现，研究所的地下三层，有一道隐藏的电梯——电梯门口没有任何标识，只有一个需要指纹和视网膜双重验证的识别器。
暗部忍者们利用高科技设备，破解了识别器的密码，成功进入地下三层。门一打开，一股刺鼻的消毒水味和淡淡的血腥味扑面而来，与上层实验室的草木香截然不同。
地下三层是一个巨大的秘密实验室，里面摆放着数十个玻璃培养舱，每个舱里都漂浮着一团淡蓝色的粘液——正是方助培育的“源初之胚”。培养舱的旁边，还放着几台精密的仪器，屏幕上显示着“人体适配度分析”、“能量注入模拟”等数据，旁边的实验日志上，记录着大量的人体实验数据：“实验体1号：注入‘源初之胚’后3小时，右臂再生，查克拉量提升50%，但意识出现暴戾倾向……”“实验体3号：注入后12小时，全身细胞崩溃，死亡……”
更令人心惊的是，实验室的最深处，有一个密闭的牢笼，里面关着两名失去理智的忍者——他们的身体表面覆盖着淡蓝色的能量纹路，双眼通红，正疯狂地撞击着牢笼的栏杆，口中发出野兽般的嘶吼。牢笼旁边的标签上写着：“失败体7号、8号：意识失控，保留部分净楔能力，待后续研究。”
暗部小队长立刻用微型相机拍下了实验室的场景，将实验日志和数据拷贝到存储设备中，然后带着队员悄无声息地撤离——他们知道，这些证据足以让议会对方助展开质询。
第二天上午，“星火”议会紧急召开会议，方助被传唤到会场。当鸣人将暗部拍摄的照片和实验日志扔在他面前时，方助的脸色瞬间变得苍白，但他很快就恢复了镇定，开始编造说辞：“各位议员，这些只是我进行的‘能源适配’实验，那些培养舱里的是新型能量载体，牢笼里的忍者是因为接触了大筒木残留的黑暗查克拉，才会意识失控，我正在研究治疗方法。”
他还特意带来了一个“成果展示”——一个由“源初之胚”转化的能量核心，声称这个核心能为忍界的防御工事提供源源不断的能量，比传统的查克拉发电机效率高十倍。
部分中间派议员被方助的花言巧语迷惑，加上没有直接证据证明方助进行人体实验，议会最终只能暂时放过他，但要求他必须公开所有实验数据，接受“超规力量监管委员会”的全面监管。
方助表面上答应，心中却充满了警惕。离开议会后，他立刻回到秘密实验室，将所有的人体实验数据和失败体转移到更隐蔽的地下基地。他看着培养舱里的“源初之胚”，眼中闪过一丝疯狂：“既然议会不相信，那我就做出更震撼的成果，让所有人都知道，我的研究是对的！实验必须加速！”
他拿起通讯器，拨通了激进派代表奈良未来的电话：“未来君，我需要更多的实验体和资源，越快越好。监管委员会很快就会来检查，我们必须在他们发现之前，完成‘源初之胚’的稳定化实验。”
电话那头的奈良未来毫不犹豫地答应：“放心吧，方助博士。我会给你提供足够的‘志愿者’，资源也会通过秘密渠道送到你的基地。我们的未来，就靠你的实验了！”
挂掉电话，方助走到培养舱前，看着里面漂浮的“源初之胚”，嘴角勾起一抹阴险的笑容。他不知道，自己的每一个动作，都被星空中的“观测者”侦察器详细记录着，这些数据，正以超光速传回大筒木本家，为忍界带来更大的危机。