独立第一纵队内部滋生的不良倾向，虽经林峰和徐翰文等人的严厉批评与初步整风得到遏制，但这股暗流并未完全平息。部队规模的急剧扩张、成分的复杂化（大量新兵、改编的地方武装、转化的伪军），使得原有的政治工作体系承受着巨大压力。一些深层次的思想问题，如同潜藏的礁石，在看似平静的水面下，依然构成威胁。
林峰敏锐地察觉到，仅仅依靠纵队自身的力量，尤其是当他和徐翰文等主要领导人也需要不断统一思想、提高认识时，难以彻底完成这场“灵魂深处的革命”。个别支队主官对频繁抽调物资支援兄弟部队仍有微词；部分由伪军转化的连队，旧军队习气复发，官兵关系紧张；甚至少数知识分子出身的新干部，出现了脱离群众、空谈理论的倾向。
“老徐，看来我们之前的整风，只是刮了一阵风，下了点毛毛雨，根子上的问题还没解决。”林峰在指挥部里，对徐翰文坦诚地说道，眉宇间带着一丝忧虑，“思想上的堡垒，比鬼子的碉堡更难攻克。光靠我们自己的力量，恐怕力有未逮。”
徐翰文深有同感：“是啊，尤其是涉及到一些老同志、老骨干的思想转变，需要更高的理论水平和更丰富的政治工作经验。我们确实需要上级的指导和支援。”
经过慎重考虑和党委会讨论，林峰亲自起草了一份措辞恳切、反省深刻的报告，通过绝密渠道火速呈送八路军总部和中央。在报告中，他没有居功自傲，也没有隐瞒问题，而是详细汇报了纵队在高速发展下暴露出的种种思想不纯现象，深刻剖析了根源在于政治工作的相对滞后，并郑重请求总部及中央派遣得力政工干部，尤其是经验丰富、党性坚强的政委、指导员，加强纵队领导力量，彻底整顿思想，纯正队伍。
这份不遮丑、不护短的报告，在总部和延安引起了高度重视。几天后，一支精干的政工干部队伍，在一位名叫 李云 的老红军、老政工带领下，抵达了独立第一纵队驻地。李云年纪与林峰相仿，却已是两鬓斑白，眼神沉静如水，举止间带着一种历经沧桑后的从容与坚定。他曾在井冈山斗争时期就从事政治工作，经历过最残酷的苏区反“围剿”和长征，理论功底深厚，做思想工作极富耐心和艺术。
欢迎会上，林峰紧紧握住李云的手，语气真诚而沉重：“李政委，可把你们盼来了！我们这儿，军事上打了几场硬仗，算是站稳了脚跟。可这思想上的仗，打得我是战战兢兢，如履薄冰啊！部队大了，人心也杂了，一些歪风邪气开始冒头。往后，这铸魂净流、统一思想的重任，就拜托您和同志们了！”
李云沉稳地点头，目光扫过在场的高级干部们，声音平和却带着力量：“林司令员，徐主任，各位同志，我们奉总部和中央之命前来。目的只有一个：协助纵队党委，把我们这支战功赫赫的部队的‘魂’铸得更牢，把‘根’扎得更深，确保它永远是一支忠于党、忠于人民的铁军。思想是行动的先导，这个问题解决好了，其他问题才能迎刃而解。”
以李云为首的政工团队没有急于烧“三把火”，而是首先沉了下去。他们拒绝了隆重的接待，直接背上背包，分头深入到三个主力支队、新兵团、甚至问题反映较多的几个县大队和转化连队中。
李云本人选择了驻扎在“吕梁”支队的一个由原伪军转化而来的连队。他与战士们同吃一锅饭，同睡大通铺，白天一起参加训练劳动，晚上找干部战士逐个谈心。他耐心倾听他们的抱怨、困惑甚至对过去行为的辩解，从不轻易打断，更不扣帽子。渐渐地，战士们发现这位上面来的“大官”没有架子，说话在理，开始愿意向他敞开心扉。
其他政工干部也各显其能，有的重点访谈各级军事主官，了解他们对政治工作的看法和部队管理的难点；有的核查基层党组织建设情况，检查发展党员、组织生活是否规范；有的则走访根据地群众，侧面了解部队的群众纪律和形象。
经过近一个月的深入调研，李云掌握了大量第一手、鲜活的情况。他主持召开了一次由纵队全体营以上干部参加的党委扩大会议。
会议上，李云没有宣读长篇大论的报告，而是用平实的语言，列举了大量调研中发现的具体事例：
“有的同志觉得，咱们纵队家大业大，多留点家底理所当然，支援兄弟部队是‘穷大方’……”
“有的连队，干部还搞‘体罚’战士那一套，官兵隔着一堵墙……”
“还有的同志，文件学了不少，满嘴新名词，可群众家里的疾苦看不见，战士们的思想疙瘩解不开……”
“更危险的是，个别基层党支部，成了‘盖章支部’，组织生活流于形式，起不到战斗堡垒作用……”
每一个事例都像一把手术刀，精准地剖开了纵队肌体上存在的病灶。会场一片寂静，许多被点到问题的干部面红耳赤，低头反思。
林峰率先表态：“李政委点的这些问题，一针见血！我看，有些问题就出在我身上，对政治工作重视不够，抓得不实。我带头做检讨！从现在起，全纵队上下，必须无条件配合李政委和政工团队的工作，开展一场彻底的、深入灵魂的思想整顿！”
李云的到来和这次切中要害的会议，如同在独立第一纵队内部投入了一颗重磅炸弹。一股强烈的、旨在“铸魂净流”的风暴开始酝酿。所有人都意识到，这一次，总部是下了决心，要帮助这支强大的部队解决其“成长的烦恼”，将其真正锻造成为一支政治过硬、思想统一、绝对可靠的钢铁雄师。
而与此同时，日军针对“磐石”兵工厂和根据地的“技术绞杀”与经济封锁也日益收紧。外有强敌环伺，内有思想暗流，独立第一纵队迎来了自组建以来最严峻复杂的考验。林峰、李云、徐翰文、赵刚等人，能否带领这支队伍，在内外交困中成功实现蜕变，真正成为抗战中流砥柱，一切都还是未知数。但变革的序幕，已经无可阻挡地拉开。