萨迦政权（1265-1353年），亦称萨迦王朝，
是元朝时期在西藏地区由萨迦派，建立的政教合一的地方政权，驻地在后藏萨迦（今萨迦县）。
萨迦政权的首领是元帝师，来自款氏家族，
行政大权，则由本钦家族掌管。
公元1244年，萨迦派教主—萨迦班智达.贡噶坚赞（萨班）应蒙古宗王阔端之请，携侄子八思巴亲赴凉州，
于公元1247年，得见阔端王，议定吐蕃地方归顺条件，
并致书《萨班致蕃人书》于西藏僧俗，西藏地方正式归属蒙古汗国管辖。
公元1251年，阔端王和萨班先后卒于凉州，乌思藏地区一度陷入混乱。
公元1252年，蒙古蒙哥汗派使臣入藏清查户口划定地界。
公元1253年，忽必烈在六盘山接受萨迦派新教主——八思巴灌顶并奉其为上师。
公元1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴为“国师”，
统领天下释教，并委托八思巴创制蒙古文，
这也是元帝任命帝师之始，终元之世帝师，均由元帝任命。
公元1264年，忽必烈迁都燕京，
设总制院，即宣政院，以“管领释教僧徒及吐蕃之境”，
命八思巴总领院事，赐珍珠诏书。
公元1265年，八思巴返回萨迦，封授各地僧俗首领，
分乌思藏为十三万户，
任命本钦.释迦桑波，为第一任萨迦政权的首脑，以管理乌思藏地方，
忽必烈为此任命并赐，释迦桑波，“卫藏三路军民万户”之印鉴，
西藏地方政府——萨迦政权正式建立。
公元1268年，本钦.释迦桑波，遵照忽必烈旨意任命十三万户长，并协助忽必烈对各万户进行忽必烈时期的第二次清查户口，推行“乌拉制度”。（一种强制性劳役制度，源于驿站体系，后演变为无偿或低偿劳役。 ?）
公元1269年，忽必烈在青藏地区，设置了27个驿站并颁行八思巴所创蒙古文。
公元1270年，忽必烈封八思巴为“帝师”，又加“大宝法王”，
将乌思藏地区的十三万户赐予八思巴统领。
公元1277年，第二任萨迦政府首脑（相当于丞相）——本钦.贡噶桑波，
与萨迦政府法王——八思巴，爆发冲突，
忽必烈，命桑哥领元军入藏杀死了西藏地方政府首脑本钦.贡噶桑波，平息了萨迦内部的骚乱。
公元1280年，萨迦五祖之一的大法王——八思巴圆寂。
公元1281年，由于萨迦派干预，止贡派内务，
两派产生纠纷并不断升级！
藏传佛教在公元7世纪传入西藏后，融合本土苯教及民间信仰后，形成独特的西藏佛教体系！
西藏佛教，分为四派！
其中，
萨迦派——花教，因寺院围墙涂红白黑三色花纹得名，注重显密两教传承，代表寺院为萨迦寺。
噶举派?——白教，以“口授传承”为特色，僧人戴白色僧帽，代表寺院包括楚布寺、止贡寺。 ?
宁玛派?——红教，以传承吐蕃时期密咒为主，僧人戴红色僧帽，代表寺院包括多吉扎寺、敏珠林寺等。 ?
格鲁派?——黄教，强调戒律传承，僧人戴黄色僧帽，以甘丹寺、哲蚌寺等为代表。 ?
四大教派在教义、传承方式上差异显着：
宁玛派红教，注重伏藏传承，
萨迦派花教，以“道果法”为核心，
噶举派白教，强调口传心授，
格鲁派黄教，则以戒律和《菩提道灯论》为基础。
因萨迦派花教干预，止贡派白教的内务，
故，公元1285年，止贡派白教引来蒙古四大汗国之一的伊儿汗国军队进攻萨迦派花教，
公元1290年，萨迦派花教支持的萨迦政权，政府首脑本钦.阿琏，引元军以及其他十二万户军队，
攻破止贡派白教支持的止贡万户，史称“止贡之变”。
“止贡之变”，虽然被萨迦派花教支持的萨迦政权，引来元军平息，
但萨迦政权的势力，也变弱！
公元1322年，萨迦款氏家族的四个拉章（八思巴于1265年设立的侍从官职），发生了分裂萨迦派的叛乱活动，
萨迦派白教势力开始走向衰弱 。
公元1329年，白教派支持的朗氏家族的帕竹万户长——绛曲坚赞与雅桑万户发生纠纷，
由于绛曲坚赞不愿受制于担任调解的花教萨迦派，
于是白教帕竹万户与花教萨迦派，之间也爆发矛盾，
此后绛曲坚赞利用萨迦款氏家族分裂衰弱的时机，开始兼并前藏地区。
公元1346年，帕竹万户战胜雅桑万户，
萨迦本钦，将帕竹万户长绛曲坚赞逮捕，
但此时萨迦四拉藏争端再起导致本钦换人，
绛曲坚赞也因此得以获得释放返任。
公元1348年，帕竹万户长绛曲坚赞打败了由萨迦本钦率领的万户联军并派人入京，被元顺帝重新封为万户长，巩固了其政治地位。
公元1349年，绛曲坚赞利用萨迦家族四拉章的矛盾消灭了雅桑和止贡万户，并统领了前藏。
公元1353年，帕竹万户再次打败萨迦和万户联军，并利用萨迦朗氏家族再次发生内乱之机，支持萨迦内部一派，并联合乌思藏宣慰司的军队进兵萨迦控制了后藏地区。
之后，帕竹万户——绛曲坚赞，遣人进京朝贡，
被元顺帝封为“大司徒”，并赐予世代掌管西藏地方政权的诏书和金印。
公元1357年，绛曲坚赞再次利用萨迦内部矛盾进兵萨迦，
并收缴了末代萨迦本钦的大印，
至此，西藏地方政府，从花教派支持的萨迦政权，变为白教支持的帕竹政权！