离开漠城时，玄慈大师的第二封飞鸽传书已在途中等候。信中字迹急促，言明朝廷收到凉州与漠城的奏报后，本欲彻查墨莲教余党，却不料负责此案的御史台官员离奇暴毙，家中密档不翼而飞。更诡异的是，死者书房留有半朵墨莲印记，与沈若雁所用标记如出一辙，显然朝堂之上确有黑手勾结邪教。
“御史台官员手握弹劾权，定是查到了某位大人物的把柄，才遭灭口。”苏宸摩挲着玉笛，眼神凝重，“这背后的势力，怕是比墨莲教更难对付。”
林惊尘收起书信，青萍剑在鞘中微微震颤：“玄慈大师提议我们前往京城，暗中协助大理寺少卿秦岳查案。秦大人素有清名，是少数敢与权贵抗衡的忠臣。”
二人星夜兼程，半月后抵达京城。繁华帝都之下暗流涌动，茶馆酒肆中，关于“御史暴毙”“邪教余孽”的流言四起，却无人敢提及涉案权贵的名字。按照约定，他们在城南破庙与秦岳接头。
秦岳身着便服，面容清癯，见到二人便拱手行礼：“林大侠、苏大侠，久仰大名。如今朝堂之上，宁国公赵渊权势滔天，党羽遍布六部，那遇害的御史正是在弹劾他私通墨莲教、挪用军饷后出事的。”他从怀中取出一枚玉佩，上面刻着半朵墨莲，“这是从御史尸身怀中找到的，与漠城案发现场的印记拼接，恰好是一朵完整的墨莲。”
林惊尘接过玉佩，指尖触及之处竟有细微的毒素残留：“是‘腐骨散’的余毒，与凉州赈灾粮中的毒物同源。看来宁国公与墨莲教的勾结，早已不是一日两日。”
“但赵渊深得皇上信任，手握京畿兵权，若无确凿证据，根本无法撼动他。”秦岳忧心忡忡，“他府中守卫森严，更有江湖高手坐镇，寻常人根本无法靠近书房密室，那里藏着他与墨莲教交易的账本。”
苏宸沉吟道：“硬闯不可行，需用计潜入。三日后是宁国公寿宴，他定会广邀宾客，府中防卫相对松懈，正是良机。”
寿宴当晚，林惊尘与苏宸乔装成说书先生，混入宁国公府。府内张灯结彩，宾客云集，权贵与江湖人士混杂，一派歌舞升平之景。二人借着表演之机，暗中观察府中布局，发现密室位于后花园的假山之下，由四名黑衣高手轮流守卫，皆是当年焚天门的残余精锐。
待到深夜，宾客散去，二人借着夜色掩护，潜入后花园。苏宸玉笛轻吹，笛音化作催眠小调，守卫们纷纷倒地昏睡。林惊尘则以剑气斩断假山石门的锁芯，推门而入。
密室中堆满金银珠宝，墙角的铁柜里存放着一叠账本。林惊尘刚要取出账本，身后突然传来冷笑：“二位大侠深夜造访，何不喝杯薄酒再走？”
宁国公赵渊身着蟒袍，立于密室门口，身后跟着数名高手，为首的正是当年焚天门的军师黑袍客——原来他当年并未身死，而是投靠了宁国公，成为其心腹。
“赵渊，你私通邪教、残害忠良，今日便是你的死期！”林惊尘拔剑出鞘，青色剑气直扑赵渊。
黑袍客手持铁扇，上前阻拦：“就凭你们，也想动宁国公？”铁扇开合间，毒针如雨般射出，苏宸玉笛一挥，气劲将毒针尽数击落。二人联手，与府中高手展开激战，密室之内剑气纵横，笛音凌厉，高手们纷纷倒地。
赵渊见状，转身想要逃跑，却被林惊尘的剑气缠住。“拿命来！”林惊尘一剑刺出，却被赵渊腰间的护心镜挡住。黑袍客趁机偷袭，铁扇直刺林惊尘后心，苏宸见状，软剑出鞘，一剑刺穿黑袍客的胸膛。
赵渊趁乱逃出密室，却见秦岳带着大理寺的捕快早已在外等候：“赵渊，你勾结邪教、谋害御史，证据确凿，还不束手就擒！”
赵渊大怒，拔出腰间佩刀，想要突围，却被林惊尘追上。青萍剑寒光一闪，斩断了他的手腕，佩刀落地。赵渊惨叫一声，被捕快们团团围住，束手就擒。
众人在密室中搜出账本和书信，上面详细记录了宁国公与墨莲教的交易，包括提供资金、庇护教徒、协助投毒等罪行。证据确凿，秦岳立刻将此案上报皇上。皇上震怒，下令将宁国公打入天牢，择日问斩，其党羽也尽数被查抄逮捕。
案件告破，京城百姓拍手称快。秦岳在府中设宴款待林惊尘与苏宸，感慨道：“若非二位大侠相助，此案怕是难以水落石出。如今朝堂肃清，江湖安宁，皆赖二位之功。”
林惊尘摇摇头：“为民除害，乃是我辈本分。只是江湖与朝堂相连，牵一发而动全身，未来仍需多加提防。”
苏宸举杯，目光望向窗外的明月：“江湖路远，朝堂水深，但只要心中有正义，便无所畏惧。”
次日清晨，林惊尘与苏宸辞别秦岳，再次踏上旅程。京城的繁华在身后渐渐远去，前路依旧漫漫，但二人的心中却充满了坚定。他们知道，只要正义不熄，青萍剑影与玉笛侠音，便会继续在这万里江湖之上，守护着苍生安宁，书写着不朽传奇。