青霉素工坊的奠基礼炮声尚在南京城外回荡，格物院内，另一项关乎文明根脉的变革，已如春蚕食叶，悄然推开了一扇沉重的大门。在议会教育委员会与格物院的联合推动下，第一所完全由“格物理念”主导、旨在系统培养“实学”人才的新式学堂——“南京格致学堂”，于秦淮河畔一处改建的前朝书院旧址上，正式挂牌招生。
与国子监内附设的“实学研习所”不同，格致学堂并非面向已有功名的士子，而是直接向社会公开招收十二至十六岁的少年。其课程设置，迥异于传统书院。上午依旧讲授经史，以“明伦常，通文墨”，但下午则完全被“格物”、“算学”、“舆地”、“博物”（基础物理、化学、生物）等实学课程占据。学堂后园还开辟了小块试验田和简易工坊，供学生动手实践。王贞仪亲自兼任学堂山长，沈括、徐光启等格物院骨干皆受邀担任教习。
招生告示贴出，如同在南京城投下了一颗无声的惊雷。支持者拍手称快，认为此乃“储才正道，强国之基”；反对者则嗤之以鼻，斥之为“不务正业，败坏童子”。都察院李守俊甚至懒得为此专上奏章，只在一次议事间隙，对同僚冷笑道：“让稚子弃圣贤书而逐工匠之术，无异于驱良驹入泥淖，自毁栋梁！” 他的态度，代表了绝大多数传统士大夫根深蒂固的偏见。
然而，民间的声音却复杂得多。一些与格物院有生意往来、或亲眼见过新式机器好处的商人，对此表现出浓厚兴趣。他们不惜重金，聘请落第秀才为自家子弟紧急补习算学基础，以期能考入学堂，为家族未来谋一条“通天新路”。一些家境贫寒、无力供养子弟长期攻读科举的市井人家，也看到了些许希望——至少，这里的学问看起来“更实在”，学成后或能凭一技之长安身立命。
开学第一日，格致学堂门前景象颇为奇特。有锦衣华服的商贾亲自送子入院，谆谆叮嘱；有布衣百姓领着眼神怯懦却又充满好奇的少年，忐忑不安地递上简陋的荐书；亦有少数几个破落书香门第的子弟，带着几分清高与不甘，迈入了这被士林清流所鄙夷的“奇技之门”。
王贞仪立于学堂庭院中的一棵古槐下，看着这群年龄不一、背景各异的首批学子，心中感慨万千。她知道，这些少年身上，承载着不同于科举正途的另一种未来。她走上临时搭建的讲台，没有冗长的训诫，只是平静地对台下数十双或迷茫、或期待、或不服的眼睛说道：“今日起，尔等在此，不仅要读圣贤书，更要学观天测地、格物穷理之术。学问无涯，不在章句，而在求真。望尔等不负韶华，以手中之尺，丈量天地；以心中之智，探求本源。”
第一堂算学课，由徐光启亲授。他从《九章算术》基础讲起，却很快引入了格物院测绘土地、计算物料时所用的新式符号与解法。一些有算学底子的商贾子弟尚能跟上，而大多数只背过《三字经》、《千字文》的贫寒子弟则听得云山雾罩，眼神中充满了困惑与挣扎。徐光启并不气馁，耐心反复讲解，并用绳子、木棍在沙盘上实地演示。
下午的“格物初识”则由沈括主持。他没有搬出复杂的仪器，只是取出一枚磁石、一根银针、一杯清水、一面玻璃棱镜。他演示磁石指南，讲解光线通过棱镜的色散，描述水的浮力……这些在格物院看来浅显无比的现象，却让这些少年们瞪大了眼睛，发出了阵阵低低的惊呼。世界，在他们面前第一次以如此奇妙而有序的方式展开。
学堂的生活并非一帆风顺。传统塾师出身的经史教习，与格物院出身的实学教习，在教学方法、甚至对某些问题的解释上，时常发生龃龉。学子之间也因出身、基础差异而隐隐形成小圈子。更有来自士林的嘲讽，称格致学堂为“工匠养成所”，其学子为“逐末之徒”，给这些少年带来了不小的心理压力。
然而，新事物的生命力在于其内在的吸引力。当学子们第一次亲手用算学方法丈量出学堂庭院的准确面积，当他们在沈括的指导下，用自制的简陋透镜看清了树叶的脉络，当他们听着徐光启描绘海外舆图上的万千世界时，一种前所未有的求知欲和探索精神，开始在他们心中萌发。一种不同于“学而优则仕”的价值认同，在悄然孕育。
王贞仪敏锐地观察着这一切。她定期召集教习商讨，调整课程，疏导学子心结。她知道，格致学堂的意义，不在于立刻培养出多少个顶尖大师，而在于播撒种子，在于向这个古老的社会证明，除了科举这一座独木桥外，还有另一条通往知识和力量的道路。这条路或许崎岖，或许备受争议，但它真实存在，并且正在一群少年的心中，悄然生根发芽。
消息传到紫金山别院，林川微微一笑。他提笔在纸上写下：“科举取士，如千军万马过独木桥。格致育人，似星火散作满天河。桥窄而星河阔，孰为根本，日久自明。” 他深知，改变一代人的观念，需要时间，更需要这样实实在在的、能够展示不同可能性的“样板”。格致学堂的琅琅书声，与青霉素工坊的机器嗡鸣、龙江工坊的汽笛嘶吼交织在一起，共同奏响着大明科技复兴道路上，一曲充满希望而又注定不会平坦的乐章。