腊月的天山瑶池，冰封如镜。小木踩着没膝的积雪，望向湖心那座孤岛。羊皮卷地图显示，\"天地根\"的线索就藏在岛上的西王母祠中。但令他不安的是，湖面上早已留下一行新鲜的脚印，直指祠堂方向。
\"掌柜的，这脚印深浅一致，轻功极高。\"福贵蹲身查验，\"而且...鞋底纹路是官靴的制式。\"
小木心头一紧。他们日夜兼程赶来，竟还是被人抢先一步！他示意众人散开埋伏，自己则踏雪无痕，悄然掠向湖心岛。
西王母祠早已破败，但供桌上竟燃着新上的檀香。小木闪身入内，只见个白衣人正背对他站立，手中把玩着那半块太极玉佩。
\"你终于来了。\"白衣人转身，露出的面容让小木呼吸一滞——竟是昆仑山冰宫中的林素问！可明明三个月前，他亲眼见她为护天地根而殒命...
\"不必惊讶。\"'林素问'轻笑，指尖划过供桌上的尘埃，\"守圃人一脉，本就有'双生替身'的秘术。\"她掀开袖口，腕间朱砂痣赫然变成暗紫色，\"我才是真正的守圃人，林素心。\"
小木强压震惊：\"那昆仑那位是？\"
\"是我妹妹素问，二十年前代我入世。\"林素心眼中闪过痛色，\"她奉命调查太医局，却爱上不该爱的人...\"
突然，祠堂剧烈震动！供桌下沉，露出条密道。二人跃入其中，在幽深的地宫中发现个惊天秘密：整座地宫竟是巨大的药圃，培育着各种早已绝迹的奇花异草。而最中央的玉台上，悬浮着个水晶匣，匣中正是天地根的分株！
\"原来瑶池才是真正的药圃！\"小木震撼难言。
林素心却摇头：\"不，这里只是药圃之一。像这样的药圃，九州共有九处。\"
她启动机关，墙壁浮现光影地图。小木惊见九个光点分布九州，而百草轩正下方的位置，竟也有个光点在闪烁！
\"太医局...早就在觊觎天地根的力量。\"林素心冷笑，\"他们以为控制药圃就能掌控龙脉，却不知天地根若离土，将引发天地大劫。\"
正月十五，危机骤临。瑶池突然涌入大批黑衣人，为首的竟是\"已死\"的太医局正！他手持九龙玉佩，狂笑：\"多谢引路，今日便让天地根重见天日！\"
激战中，小木为护药圃身受重伤。危及时刻，林素心以血为祭启动大阵，整座地宫开始坍塌。太医局正抢走水晶匣逃离，却在出口被个蒙面人拦截——那人使的，竟是百草轩的独门针法！
\"是你...\"太医局正惊骇退后。
蒙面人扯下面罩，露出的脸让小木惊呼：\"周大人！\"
但此时的周大人面目狰狞，完全不见平日温文尔雅。他一把夺过水晶匣，冷笑：\"布局二十年，今日终得圆满！\"
二月二，小木在敦煌养伤时，接到京师急报：周大人献\"仙草\"入宫，圣上服用后昏迷不醒！而所谓的仙草，正是天地根的分株。
\"中计了！\"小木猛然醒悟，\"周大人才是真正的'药君'！\"他想起林素心临别所赠的锦囊，其中帛书揭露了更可怕的真相：周大人是前朝药君后人，潜伏朝堂数十年，就为复活\"幽冥庄\"。
三月三，小木联合西域药盟反攻。在祁连山腹地，他们找到幽冥庄总坛。闯进炼丹房时，骇见周大人正将天地根投入炉中，炉火映出他疯狂的面容：\"九鼎归一时，天下尽入我彀中！\"
小木急取林素心所赠\"破障丹\"洒向丹炉。丹药遇火爆炸，炉中竟飞出个白衣女子——正是瑶池见过的林素心幻影！
\"孽徒！\"幻影厉喝，\"可知你炼的是灭世之药？\"
周大人癫狂大笑：\"灭世？我要创世！以天地根为引，以龙脉为鼎，炼就'天命丹'，我便是新的天帝！\"
四月八，终极对决在皇陵展开。小木这才知道，周大人要借祭天大典，将天命丹融入龙脉。关键时刻，林媛媛携太庙社稷土赶到，小木以土为媒，启动净化大阵。
阵成时，天地根突然绽放七彩光华。光华中浮现林薇薇的身影，她轻叹：\"痴儿，何苦执迷...\" 一指轻点，周大人顿时灰飞烟灭。
五月端阳，新帝登基，颁旨整顿太医局。小木却婉拒太医院使之职，只求重修《本草纲目》，将天地根之秘永世封存。
离京前夜，小木在百草轩整理遗物。在林薇薇的妆匣夹层，他发现幅小像：画中林薇薇与个俊朗青年并肩而立，青年眉眼竟与周大人有七分相似。画背题着：\"恨不相逢未嫁时。\"
秋风起时，小木重返瑶池。湖心岛上，林素心正在采摘新熟的天地根果实。\"因果已了，\"她递来颗金色种子，\"这种子该回归百草轩了。\"
小木凝望掌中种子，忽然察觉种壳上有极细微的刻痕。对着月光细看，竟是幅微雕星图，而北斗勺柄指向的，赫然是东海方向...
他不知，此刻的东海上，有艘黑帆船正破浪而行。船头立着个戴斗笠的老者，手中罗盘的指针，不偏不倚指向百草轩。