小智和小银终于冲上了结晶塔的顶层平台。
眼前的景象让他们的心一下子揪紧了：妈妈花子被一个透明的能量罩包裹着，悬浮在由未知图腾组成的圆形阵法中央，双目紧闭，不知安危。旁边，一个看起来五六岁的小女孩蜷缩在角落，正是小羽。而那只由未知图腾创造的\"幻想炎帝\"，则像一尊金色的守护神，挡在阵法前，对着他们发出威严的咆哮。
\"妈妈！\"小智急切地喊道。
听到声音，小羽抬起头，露出了一张泪痕未干的小脸。她看到小智和小银，眼中充满了恐惧和迷茫。
\"幻想炎帝\"以为他们是来破坏的敌人，立刻发起了攻击。它口中凝聚出一团熊熊燃烧的火焰，化作一道巨大的喷射火焰，直奔小智他们而来。
\"月月熊，用守住！\"小智大喊。
月月熊立刻撑开一道绿色的屏障，挡住了喷射火焰的攻击。火焰撞在屏障上，激起一阵涟漪。
\"小银，我们得想办法靠近妈妈和小羽！\"小智说道。
小银点了点头，目光锁定了阵法中心那枚散发着紫色光芒的神秘晶石：\"那枚晶石是能量的源头，也是控制未知图腾和炎帝的关键！只要毁掉它，一切就结束了！\"
\"好！\"
小智和小银对视一眼，立刻展开了行动。
\"皮卡丘，用打雷！\"
\"电击兽，用等离子闪电拳！\"
两道强大的电气攻击同时朝着\"幻想炎帝\"飞去，吸引它的注意力。炎帝果然被激怒了，转身应对皮卡丘和电击兽的攻击。
\"就是现在！月月熊，大力鳄！\"小银抓住机会下令。
月月熊和超级大力鳄同时发动了攻击。月月熊用挖洞潜入地下，从炎帝的脚下突然冲出，用臂锤狠狠砸向地面，造成了剧烈的震动。超级大力鳄则利用混乱，快速冲向阵法，用恶之波动攻击那些组成阵法的未知图腾。
未知图腾受到攻击，发出一阵混乱的\"咝咝\"声。阵法出现了一丝松动，包裹着花子的能量罩也变得不稳定起来。
\"幻想炎帝\"察觉到了危险，放弃了与皮卡丘和电击兽的缠斗，转身朝着超级大力鳄扑来。
\"大力鳄，快避开！\"小银大喊。
超级大力鳄灵活地一跃，避开了炎帝的冲撞。炎帝扑了个空，巨大的身体撞在结晶墙壁上，发出一声巨响。
就在这时，小智注意到角落里的小羽。他看到小羽脸上的恐惧和对妈妈的思念，心中一动。他慢慢放下了战斗的姿态，朝着小羽走去。
\"小妹妹，别害怕，我们是来帮你的。\"小智尽量让自己的声音听起来温柔。
小羽警惕地看着他，没有说话，但眼中的恐惧似乎减少了一些。
\"你是不是很想念妈妈？\"小智轻声问道。
听到\"妈妈\"两个字，小羽的眼泪又忍不住流了下来，她点了点头。
\"我也很爱我的妈妈，\"小智指了指被能量罩包裹的花子，\"看到妈妈有危险，我也很着急。那些未知图腾和炎帝，都是因为你的思念才出现的，对不对？\"
小羽又点了点头，抽噎着说：\"我……我只是想妈妈……想让她回来……\"
\"我知道，\"小智蹲下身，温柔地说，\"但这样是不行的。你的妈妈一定也希望你能好好的。而且，你看，你创造出来的炎帝，虽然是为了守护，但它现在也困住了我的妈妈。我们一起让它停下来，好不好？\"
小羽看着小智真诚的眼睛，又看了看阵法中的花子，似乎明白了什么。她慢慢站起身，朝着阵法中心走去。
\"幻想炎帝\"看到小羽靠近，立刻停止了攻击，眼神也变得柔和了许多。它似乎能感受到小羽的心意。
小羽伸出小手，轻轻触碰了一下那枚神秘晶石。晶石发出一阵柔和的光芒，那些围绕着阵法的未知图腾也渐渐安静了下来。
\"对不起……\"小羽小声地说，\"对不起，把你抓来……\"
随着她的道歉，神秘晶石的光芒渐渐黯淡下去。组成\"幻想炎帝\"的光点开始涣散，炎帝发出一声低沉的咆哮，最终化作无数光点，消散在了空气中。那些未知图腾也失去了能量来源，纷纷落在地上，变成了一个个静止的符号。
包裹着花子的能量罩也消失了。花子缓缓睁开眼睛，看到小智，虚弱地笑了笑：\"小智……\"
\"妈妈！\"小智立刻跑过去，抱住了花子。
就在这时，结晶塔的大门被推开了。一个穿着白色实验服、头发有些凌乱的中年男人冲了进来，他的脸上充满了焦急和愧疚。这个人，正是小羽的父亲，大力博士。
\"小羽！\"大力博士看到女儿，立刻跑了过去，紧紧地抱住了她，\"对不起，小羽，爸爸对不起你！\"
小羽看到爸爸，再也忍不住，扑在他怀里失声痛哭起来：\"爸爸……爸爸……\"
大力博士抱着女儿，泪水也流了下来：\"是爸爸不好，爸爸不该为了研究，忽略了你，让你一个人承受这么多……爸爸错了，爸爸以后再也不会离开你了！\"
他抬起头，看到小智、小银和花子，脸上充满了歉意：\"真的非常对不起，各位。这一切都是我的错。我一心扑在未知图腾的研究上，忽略了对小羽的陪伴。她太想念她的妈妈了，这份思念无意中唤醒了塔内的未知图腾，才造成了今天的麻烦。真的很抱歉，还把这位女士卷了进来。\"
小智看着这一幕，心中的愤怒也消散了。他摇了摇头说：\"博士，没关系。小羽她不是故意的。现在最重要的是，你们父女能够团聚。\"
大力博士感激地点了点头：\"谢谢你们。如果不是你们，我不知道事情会发展到什么地步。\"
一场由思念引发的危机，终于在理解和亲情的感召下，画上了一个圆满的句号。
离开结晶塔后，大力博士为了表达歉意，热情地招待了小智他们。在绿荫镇休息了一晚，确认花子身体无恙后，小智和小银再次告别了妈妈、大力博士和小羽，继续他们的旅行。