王恭当时已决心出兵讨伐王国宝，于是派使者向荆州刺史殷仲堪联络，当时殷仲堪已经因桓玄所劝起兵讨伐王国宝之事而迟疑。
王恭的使者到后坚决了殷仲堪的决心，答应与王恭一同讨伐王国宝，而王恭知道殷仲堪支持自己后十分高兴，于是在四月甲戌日表奏王国宝的罪行，起兵讨伐。
三日后，王恭上表到达建康，内外戒严，王国宝十分恐惧，听从王珣之计而上请解职并待罪，但不久则假称有诏命其官复原职。
另一方面，司马道子但求息事宁人，于是将罪责全推给王国宝，并命司马尚之收捕王国宝，在四月甲申日赐死王国宝并处死王绪，向王恭谢罪。王恭于是还镇京口。
王恭起兵时联结正在居母丧的王廞，王廞于是起兵响应，但王恭罢兵时就命王廞离职，继续服丧。
然而王廞当时已经乘着起兵诛除不少异己者，不能就此罢手，于是不听王恭命令，更出兵讨伐王恭。王恭见状，于是命司马刘牢之领兵击败王廞，王廞逃亡失纵。
事后王恭上表自贬，诏下不许，司马道子经历过王恭、殷仲堪举兵后，对二人十分忌惮，心腹司马尚之则建议司马道子树立腹心作外藩以作屏卫。
司马道子听后同意，于是在隆安二年命王愉为江州刺史，并割本属庾楷的豫州四郡让王愉都督。
此举触怒了庾楷，于是派儿子庾鸿劝说王恭讨伐司马尚之兄弟。王恭听从并联结桓玄与殷仲堪，而二人则推王恭为盟主，刻日同取建康。
当时殷仲堪写信给王恭，藏在箭干中并由庾楷代送。但送到时用来写信的斜绢变形，不能看出是谁人的字迹。
因为殷仲堪在上一年举兵时都没有实质派兵支持，王恭于是以为是庾楷假作殷仲堪书信，决心先行起兵。
刘牢之试图谏止，但王恭不听，又上表以讨伐王愉及司马尚之兄弟为名起兵，司马道子之子司马元显主战，司马道子于是以司马元显为征讨都督，率领诸军抵抗王恭。
可惜王恭自恃才能和家族地位，又成功逼司马道子杀王国宝，于是趾高气扬，虽然侍仗刘牢之但却待他如同部曲将般，令刘牢之十分愤恨。
司马元显看穿这点，命庐江太守高素策反刘牢之，并许以事成后以王恭位号授予刘牢之。
此时王恭参军何澹之将此情报告诉王恭，但王恭以何、刘二人有仇隙而没有相信，但却设酒宴款待刘牢之，当众拜其为兄，并将手下精兵都交给刘牢之，以其为前锋。
但当刘牢之到竹里后，刘牢之杀死帐下督颜延并投降朝廷，并命儿子刘敬宣和东莞太守高雅之进攻王恭，这时候王恭正在出城打算阅兵，就被刘敬宣截击，部众溃败。
王恭打算返回城内时又发现城门已被高雅之关上，唯有骑马逃奔曲阿，但又因不习惯骑马而令大腿内侧长了疮，碰巧遇着故吏殷确，以船打算送王恭到桓玄那里，到长塘湖时，因被人告发而被捕。
王恭被押送建康后，在同年九月十七日于倪塘被处斩，王恭临受刑时，还吟诵佛经，自己理顺胡须鬓发，毫无惧色。
对监刑者说我王恭愚昧无知，过于相信他人，以致有今日败局，但我的内心，岂是不忠于国家社稷！
百代之后人们是知道我王恭这个人的，王恭与子弟和党众都被处死，死后家无钱财布帛，惟有书籍而已。为有见识者所感伤。
最初被抓，遇见从前的同僚戴耆之，时任湖孰县令，王恭私下对戴耆之说我有个庶子未被盘查出来，藏在乳母家中，请你帮我送到桓南郡家寄养。
戴耆之便将王恭庶子送到夏口，桓玄代为抚养，并为庶子设立丧庭让他祭吊王恭，及至桓玄执政，上表朝廷为王恭辩护申冤，朝廷下诏追赠王恭为侍中、太保，谥号为忠简。
追赠王爽为太常，王和及儿子王简皆为通直散骑侍郎。殷确为散骑侍郎。腰斩湖浦尉及商人钱强等。王恭庶子王昙亨，义熙年间任给事中。
王恭性格刚直不屈，深存节义，每次读《左传》读到奉王命讨不庭就会叹息。
王恭性不宽弘，昧于运用机会，在京口以来虽以宽大仁惠作方针施政，但自以矜贵，与在下者总有着隔膜。
王恭虽然发起了两次兵变，但其实他不习惯用兵，在其骑马逃亡时弄得腿上长疮亦知其并非习武行军之人。
王坦之字文度，太原晋阳人，东晋名臣，尚书令王述之子，出身太原王氏，年轻时与郗超齐名。投靠会稽王司马昱，出任从事中郎，迁大司马长史，袭封蓝田侯。
迁侍中、左卫将军，联合谢安等人抗衡大司马桓温。桓温死后。联合丞相谢安辅政，授中书令、丹阳尹，出任北中郎将、徐兖二州刺史。
宁康三年去世，时年四十六岁，获赠安北将军，谥号为献。
王坦之弱冠之时与郗超并称，时人谓之盛德绝伦郗嘉宾，江东独步王文，仆射江虨选举官员时，本打算以王坦之为尚书郎。
然而王坦之却说自东晋建立，尚书郎都只用次等的人才，怎可以打算由我去当此职，江虨知道后便打消了这个念头。
咸康六年会稽王司马昱任抚军将军，王坦之被征辟为掾属，累迁参军、从事中郎，加散骑常侍，后又担任大司马桓温的长史。
太和三年王述逝世，王坦之丁忧去职，丧满之后被征拜为侍中，并袭父爵蓝田侯，太和六年桓温废掉晋帝司马奕，王坦之领左卫将军，不久又领本州大中正。
宁康元年桓温逝世，王坦之迁任中书令，领丹阳尹，与谢安、王彪之等人共辅幼主，宁康二年王坦之被任命为北中郎将、都督徐兖青三州诸军事、徐兖二州刺史，镇守广陵。
临出镇时，王坦之上表请年幼的孝武帝尊敬太后，亲近并信任尚书仆射谢安及中军将军桓冲，专心政事等，康三年五月丙午日，王坦之病逝，年仅四十六岁。