在统治热那亚时期，多里亚以贵族的视角对宪法进行了改革，消除了困扰共和国数世纪的派系，建立了一个由城市主要贵族家庭组成的新寡头政府，形成了28个“阿尔贝尔吉”（Alberghi）或“家族”。
这些新兴统治阶级的28个阿尔贝尔吉包括了西波家族（cybo）、多里亚家族（doria）、菲斯基家族（Fieschi）、朱斯提尼亚尼家族（Giustiniani）、格里马尔迪家族（Grimaldi）、因佩里亚尔家族（Imperiale）、帕拉维奇诺家族（pallavicino）和斯皮诺拉家族（Spinola）等。
他拒绝了担任热那亚领主甚至公爵的提议，但接受了“永久审查官”的职位，直到去世都在共和国的理事会中发挥着重要影响。
在这个背景下，“审查官”的称号源于古罗马的意义，即一位备受尊敬的高级公职人员，而非现代意义上与审查相关的含义。
他获得了两座宫殿、许多特权，以及“解放者与祖国之父”（Liberator et pater patriae）的称号。
他定居在位于法索洛（Fassolo）的一座新修复的别墅内，该别墅是文艺复兴时期的杰作，名为“王子别墅”（Villa del principe），位于现已拆除的圣托马索门（porta di San tomaso）外，直到去世一直居住在那里。
为了保护恢复后的共和国免受未来外敌的攻击，安德烈亚·多里亚赞助了新城墙的建设。
这座城墙于16世纪30年代建成，由军事工程师乔万尼·玛丽亚·奥尔贾提（Giovanni maria olgiati）设计。
新城墙实际上沿袭了14世纪旧墙的路径，但将旧有的方形塔楼和墙体替换为新的幕墙和三角形堡垒。
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多里亚再次开始专注对付奥斯曼帝国和巴巴里海盗。
1529年，西班牙舰长罗德里戈·德·波图多（Rodrigo de portundo）被海雷丁·巴巴罗萨的副手艾丁（Aydin）和萨利赫（Salih）击败。
多里亚雇佣了法国雇佣军，发动了对巴巴罗萨保护下的谢尔谢尔（cherchell）的攻击，洗劫了该港口并解放了许多基督教囚犯，由于雇佣军纪律涣散，当他的舰队在土耳其人到来之前不得不启航时，他最终抛弃了他们，任其自生自灭。
1532年9月，针对四月土耳其入侵匈牙利的情况，多里亚带领一支由西班牙和热那亚组成的舰队，出动48艘战舰和35艘其他船只，攻击了爱琴海的奥斯曼阵地。
他抵达达达尼尔海峡和伯罗奔尼撒半岛，夺取了科罗内（corone）和帕特雷（patras）。
次年，奥斯曼帝国试图通过吕特菲帕夏（Lutfi pasha）指挥的庞大舰队收复科罗内，但多里亚以巧妙的战术将其击败，在无风的情况下通过用他的战舰拖拽船只来机动应对土耳其舰队。
爱德蒙·于连·德·拉·格拉维耶（Edmond Jurien de La Gravière）将他在战斗中的战术称为16世纪最巧妙的海上作战之一。
巴巴罗萨则从阿尔及尔和突尼斯发起了自己的攻势，他的犹太副手西南·雷斯（Sinan Reis）给予了支持。
1535年，查理五世号召征服突尼斯，多里亚与另一位新兴的海军指挥官阿尔瓦罗·德·巴赞（álvaro de bazán the Elder）共同分享海军指挥权。
舰队成功占领了突尼斯，但巴巴罗萨成功逃脱。
查理意图继续进攻阿尔及尔，但天气却阻碍了行动。
次年，巴巴罗萨伪装27艘战舰为西班牙船只，对巴利阿里群岛发动攻击并洗劫，导致多里亚带着30艘战舰追击他，并接到查理五世的命令，务必生擒或斩杀这位土耳其海盗，但巴巴罗萨再次逃脱。
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在弗朗切斯科·斯福尔扎（Francesco I Sforza）于1535年去世后，查理五世与弗朗西斯一世再度为米兰公国的继承权发生冲突。
多里亚在这场争斗中对皇帝来说至关重要，帮助他赢得佛罗伦萨美第奇家族的友谊，促成了科西莫一世（cosimo I）的上台。
令人震惊的是，弗朗西斯与奥斯曼帝国结盟，派遣巴巴罗萨与法土联军驻守马赛，尽管多里亚修建的防御工事使他们未能尝试攻取热那亚。
1537年7月，在纳克索斯附近，多里亚捕获了由阿里·泽利夫（Ali Zelif）指挥的12艘土耳其战舰，泽利夫在战斗中阵亡。
当多里亚得知巴巴罗萨正率领135艘巨型舰队向他袭来时，他选择撤退至墨西拿（messina），在那儿听闻巴巴罗萨洗劫了阿普利亚（Apulia）。
奥斯曼人吹嘘他们有一天能选择自己的教皇，可实际上，奥斯曼和威尼斯战争爆发了，他们的舰队不得不转向威尼斯。
1538年2月，教皇保罗三世呼吁基督教国家之间实现和平，并组成一个圣联盟（holy League），该联盟由教皇国、西班牙、神圣罗马帝国、威尼斯共和国和马耳他骑士团组成，以对抗奥斯曼。
虽然弗朗西斯没有加入，但意大利战争随着尼斯休战（truce of Nice）而结束，他同意打破与奥斯曼帝国的联盟。
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在1538年，多里亚被任命为神圣同盟的指挥官，带着 80 艘威尼斯桨帆船扬帆起航，其中 36 艘来自梵蒂冈，30 艘来自西班牙，以及 50 艘大帆船。目的是找到巴巴罗萨舰队并击败了他。
他追踪巴巴罗萨及其副手，包括西南（Sinan）、萨利赫（Salih）和德拉古特（turgut Reis），来到科林斯海峡（corinth），在那里对他们实施封锁。
然而，联盟内部的内讧以及多里亚的失误导致他们的舰队在随后的1538年普雷维扎海战（battle of preveza）中遭到失败。
普雷韦扎海战还在海雷丁的故事里详细讲解，这是海雷丁生涯浓墨重彩的一笔，也是16 世纪地中海发生的三大海战之一，另外两场是杰尔巴海战（battle of djerba）和勒班陀海战（battle of Lepanto）。
普雷韦扎海战确保了土耳其在东地中海的统治长达33年，直到1571年的勒班陀海战。
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多利亚因缺乏战略而受到严厉批评，这可能是因为西班牙和热那亚不愿意致力于保卫政治上遥远的威尼斯，更不用说多利亚拥有许多雇佣的船只的事实。
为了弥补这次失败，他们攻占了卡斯泰尔诺沃（castelnuovo ），但查理和威尼斯就谁来保留这个地方争论不休，导致神圣同盟实际上解散。
驻军们最初的想法是将此地作为入侵奥斯曼巴尔干半岛的滩头阵地，但在之后的卡斯泰尔诺沃围城战（Siege of castelnuovo）中被巴巴罗萨围攻并击败。