一、早年经历
道光十五年（1835），年仅十九岁的何桂清以优异的成绩中了进士，位列第二甲第四十九名，这在当时是非常难得的成就。他被点为翰林院庶吉士，这意味着他进入了清廷的核心培养体系，为日后在官场的发展奠定了坚实的基础。
次年，即道光十六年（1836），何桂清通过了翰林院的散馆考试，被授予翰林院编修的职务。这个职位通常只授予那些学问渊博、文采斐然的人，何桂清能够获得这样的职位，表明他在学术方面有着很高的造诣。
此后，何桂清的官职不断晋升。道光二十二年（1842），他先后担任了司经局洗马、右赞善、左赞善、日讲起居注官等职位，并成为南书房行走。这些职务不仅要求他具备深厚的学问，还需要他具有良好的人际关系和沟通能力，因为这些职位往往需要与皇帝直接交流。
道光二十三年（1843），何桂清升任翰林院侍讲，这是一个更为重要的学术职务，意味着他在学术界的影响力进一步增强。随后的几年里，他又接连担任太仆寺少卿、光禄寺卿、太常寺卿等职，显示了他在行政管理方面的才能。
道光二十六年（1846），何桂清改任山东学政，这是他首次出任地方官职。作为学政，他负责监督山东地区的教育和文化事务，这对他的治理能力和领导素质提出了新的挑战。两年后，他升任内阁学士，并于道光二十八年（1848）迁任兵部右侍郎。然而，由于丁忧（为父母守孝），他一度离职，待服满后再补任原职。
进入咸丰年间，何桂清的仕途更加顺畅。咸丰元年（1851），他先后担任署理吏部右侍郎、兵部右侍郎、户部右侍郎，并兼管钱法堂事务，同时仍是南书房行走。这些职务涉及国家的重要行政和财政管理，说明他在处理政务方面已经积累了丰富的经验。
咸丰二年（1852），何桂清署理经筵讲官，负责向皇帝讲解经典文献，进一步巩固了他在朝廷中的地位。同年八月六日，他被任命为江苏学政。在这个职位上，他不仅要管理教育事务，还要面对太平天国起义所带来的军事威胁。何桂清以江苏学政的身份，大胆直言批评地方官员的软弱，并提出了自己的军事建议，这种敢于直言的精神得到了咸丰帝的赞赏。咸丰三年（1853），何桂清升任礼部左侍郎。
二、镇压太平天国
何桂清在镇压太平天国运动中的表现，是他仕途中最为人所称道的一部分。咸丰四年（1854），他被任命为浙江巡抚，此时正值太平天国运动风起云涌之际。太平军攻陷江宁（今江苏南京），整个东南地区为之震动。作为浙江巡抚，何桂清深知安徽徽州、宁国对于浙江的重要性，因为这两地不仅是浙江的屏障，也是抵御太平军的关键地带。
九月二十一日，何桂清升任浙江巡抚后，迅速采取行动。他驻兵黄池，扼守交通要道，并与浙江提督邓绍良共同抵御太平军。在何桂清的指挥下，清军成功击退了太平军的进攻，暂时稳住了局面。
咸丰五年（1855），何桂清面临的挑战更加严峻。他命令道员徐荣进攻黟县和石埭，但由于太平军主力的到来，徽勇战败，徐荣也在战斗中牺牲。面对这一挫折，何桂清没有气馁，而是上书咸丰帝，提出安徽与浙江应当互相支持，共同抗击太平军。咸丰帝对此表示赞同，并下达上谕，要求地方官员不分区域共同剿灭叛军。随后，安徽巡抚移驻庐州，徽州和宁国暂时由何桂清管辖。
在此期间，何桂清指挥徽州知府石景芬和副将魁龄等收复徽州府城及休宁县，并布置防线以防太平军再次入侵。同时，他还组织力量抵抗来自江西的太平军，成功击退了进攻，并收复了黟县和石埭。为了加强地方力量，何桂清奏请增加道员人数，并安排石景芬担任徽宁池太道，同时更换了战绩不佳的总兵，由江长贵接替。
咸丰六年（1856），何桂清继续指挥军事行动，联合邓绍良、秦如虎、都兴阿等将领合攻宁国府。在他的指挥下，清军取得了胜利，收复了宁国府城。朝廷对此给予高度评价，并嘉奖了何桂清及其部下。然而，这一年他也遭遇了一些个人困扰，好友杭州知府王有龄被控告，何桂清在回复中表达了不满，被中央责问，但他以健康原因请求辞职，最终被挽留。
咸丰七年（1857），何桂清被任命为两江总督，并迅速投入到统筹军饷的工作中。他推荐王有龄担任江苏布政使，负责军饷事宜，并协调其他将领共同作战。在冬季，清军攻克镇江，何桂清因此功绩被加封为太子少保。
咸丰八年（1858），何桂清除了继续参与镇压太平天国之外，还参与了与英、法、美三国的谈判，改订了税则和通商章程，进一步巩固了清朝的财政基础。
到了咸丰十年（1860），何桂清继续在军事上取得进展。他指挥部队收复了江宁九洑洲，并成功合围江宁。当太平天国忠王李秀成奇袭杭州时，何桂清迅速调集兵力支援，最终击退了太平军，并收复了临安、孝丰和安吉。这一系列胜利使他在朝廷中的地位更加稳固，咸丰帝也多次嘉奖他的贡献。
三、丢城失地
何桂清在镇压太平天国运动后期的表现，逐渐成为他一生中最大的污点。咸丰十年（1860），太平军对清军的攻势愈发猛烈。太平军围攻金坛，攻陷江阴，何桂清派遣总兵马得昭、熊天喜、曾秉忠以及副将刘成元分水陆两路抵御，但由于兵力分散，效果并不理想。太平军集结了十余万人，分别从建平和东坝两个方向出发，一支直逼江宁，另一支则窥视常州。面对如此强大的敌军，何桂清几乎失去了应对的能力。
不久之后，马得昭和周天孚分别前往支援苏州和常州，但太平军已经逼近金坛，并攻陷了句容。句容是清军大营的后方补给线，它的失陷导致清军的后勤供应中断。张玉良率军返回常州，但和春却急电调遣他前往大营增援。何桂清没有同意调遣张玉良，反而又调遣马得昭，但后者并未回应。此时，浙江巡抚王有龄写信劝诫何桂清不要离开常州，并警告说：“事棘时危，身为大臣，万目睽睽，视以动止。一举足则人心瓦解矣。”
不幸的是，天气恶劣，连降大雪，清军士兵饥寒交迫，无法得到足够的粮食补给，最终导致士兵哗变，纷纷逃离战场。和春与张国梁不得不撤退至丹阳。在这种情况下，何桂清上书陈述：“丹阳以上的军务由和春、张国梁负责；常州的军务由臣与张玉良负责。”部署刚刚稳定下来，太平军便直扑丹阳，张国梁在这次战斗中牺牲，和春逃往常州，这让何桂清感到极度震惊。
在局势进一步恶化的情况下，总理粮台查文经等人建议退守苏州。何桂清随即上书，将军事指挥权交给和春，自己则前往苏州筹措军饷。当他准备离开常州时，常州的绅士和平民阻拦道路，希望他留下。随行人员用枪驱散人群，造成十余人死亡。张玉良留守常州，不久也撤离。常州的士民坚守城池，但几天后城池陷落，遭到屠杀。何桂清抵达苏州后，遭到巡抚徐有壬的拒绝，并被弹劾其弃城失地之罪。和春退至无锡时受伤身亡。何桂清借口借用外国军队，前往上海避难。
苏州随后也被太平军占领，徐有壬自杀殉职，并留下遗书继续弹劾何桂清。咸丰帝下令逮捕何桂清，将其带回北京治罪。恰逢此时，各国联军侵犯京师，皇帝避难至热河，此事拖延了两年。尽管何桂清的旧部下王有龄和江苏巡抚薛焕多次上疏请求宽恕，但未获批准。同治元年（1862），何桂清终于被捕入狱，被判斩监候。大学士祁俊藻等十七人上书请求赦免，但尚书李棠阶坚决反对，最终判决得以维持。
在审理过程中，何桂清引用下属的报告为自己辩护，但曾国藩在奏疏中指出：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止。大臣以心迹定罪，不必以公禀有无为权衡。”最终，何桂清被判处斩立决定谳，12月21日在京师菜市口法场执行，弃市。