一、早年从军
耿仲明的早年经历颇具传奇色彩，他在后金兴起之初便投降了后金，并在那里担任了千总一职。不过，耿仲明并未久留于此，而是率领辽民投奔了明朝的皮岛，加入了总兵毛文龙的麾下。毛文龙非常赏识耿仲明，不仅收他为养孙，还赐名为“有杰”，并让他掌管军中的财务及贸易事务。耿仲明身材魁梧，皮肤黝黑，但手掌却异常白皙，这让他在军中显得格外与众不同。他以勇猛善战着称，同时为人豪爽且机智狡猾，深受毛文龙的信任和倚重。
然而，毛文龙的命运在崇祯二年（1629年）发生了转折，他被督师蓟辽的袁崇焕所杀。毛文龙死后，耿仲明对新任总兵陈继盛并不服气，于是选择离开皮岛，转投登莱巡抚孙元化帐下。在孙元化的麾下，耿仲明与孔有德共事，两人关系密切，孙元化任命耿仲明为中军参将。
到了崇祯四年（1631年），皮岛上发生了一件大事。当时总兵黄龙镇守皮岛，他的部将李梅私下勾结外敌，从事走私活动。事情败露后，黄龙将李梅逮捕入狱。耿仲明的弟弟耿仲裕也在皮岛上任职都司，他借着为士兵们讨要军饷的机会，带领手下士兵包围了黄龙的衙门。耿仲裕强迫黄龙交出李梅，并对其进行了残酷的虐待，打断了他的腿，割掉了耳朵和鼻子，企图置黄龙于死地，幸亏其他将领及时阻止，才没有酿成更大的悲剧。
不久后，黄龙在另一位将领尚可喜的帮助下重新夺回了权力，并下令抓捕了耿仲裕。随后，黄龙上书朝廷，请求追究耿仲明的责任。与此同时，孙元化也向朝廷呈上了奏折，控诉黄龙贪污军饷，指责正是黄龙的贪腐才导致了此次兵变的发生。此事引起了崇祯皇帝的关注，他派遣使者前来调查此事，试图查明真相。
后来，明朝大臣杨嗣昌对此事发表了自己的看法，他认为这起事件实际上是孙元化与黄龙之间权力斗争的结果。整个事件不仅揭示了明朝末年地方官员间的矛盾和腐败现象，同时也暴露了中央政府对地方控制力的削弱。耿仲明及其弟弟耿仲裕的行为，虽然出于个人恩怨，但也反映了当时军中普遍存在的混乱状态。
二、作乱登州
崇祯四年（1631年）的冬天，孔有德等将领奉命出兵抵御后金，但在行军途中却发生了吴桥兵变。孔有德率领军队返回山东，意图攻打登州。起初，孔有德希望能够得到明朝政府的安抚，孙元化作为登莱巡抚，主张采取安抚政策，命令耿仲明前往城外的教场进行安抚工作。
按照计划，孙元化希望将城外教场居住的辽兵家眷迁入城内，以便腾出空间供步兵使用。然而，登州的士绅阶层对辽人持有歧视态度，拒绝让辽人及其家属进城。这种歧视性行为引发了辽兵的不满，据传士绅甚至对城内的辽兵进行了搜剿和杀害。在这种背景下，耿仲明利用了辽东同乡的情感纽带，充当了孔有德的内应，于翌年的正月初三献出了登州城。孔有德占据登州后，自立为元帅，并任命耿仲明为总兵官。同时，耿仲明还杀害了驻守登州的总兵黄龙的家眷。
随后，孔有德继续率军攻打莱州，留下耿仲明镇守登州。耿仲明在此期间多次击退了前来进攻的官军。天津的裨将孙应龙声称与耿仲明有着深厚的友谊，甚至可以劝说耿仲明捉拿孔有德归降。天津巡抚郑宗周听信了孙应龙的话，于崇祯五年（1632年）四月派遣孙应龙率领两千人从海上前往登州，意图离间耿仲明与孔有德的关系。
耿仲明得知这一消息后，决定将计就计。他制造了一个假象，让人相信他已经杀了孔有德，并将假的首级展示给孙应龙看。当孙应龙进入登州城时，耿仲明率军突然出击，不仅斩杀了孙应龙，还将他的部众全部消灭，并缴获了明军的大型战船，以此组建了自己的水师。
三、降金封王
随着明朝官军不断加强攻势，孔有德、耿仲明等叛军逐渐陷入困境。到了崇祯六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放弃登州城，撤退到海上。明朝的将领黄龙、周文郁等率各路官军紧追不舍，使得耿仲明等人处于极其不利的地位。
耿仲明作为曾经投降后金的逃将，最初并不愿意再次归降后金，而是提出了修复南关、重建金州的建议，以此来赎回自己的过错。然而，由于与黄龙之间的仇恨，耿仲明意识到除了投奔后金之外别无他途。同年四月，孔有德、耿仲明等人最终决定渡海来到辽东，归降了后金。后金大汗皇太极亲自率诸贝勒出盛京十里迎接他们，并给予了他们女真人最为隆重的“抱见礼”，显示了对他们极大的尊重和欢迎。皇太极不仅授予耿仲明总兵官的职务，还将他们带来的军队命名为“天佑兵”。
投降后金之后，耿仲明与孔有德之间出现了矛盾。耿仲明侵夺了孔有德的部分部众，导致孔有德的部下向孔有德投诉。孔有德因此弹劾耿仲明。面对这种情况，耿仲明主动上书认错，并请求将侵夺的部众归还给孔有德。皇太极对此事高度重视，下诏嘉奖孔有德，并命令耿仲明善待自己的部下，不得重蹈覆辙。当天，皇太极邀请二人入宫并设宴款待。
不久后，皇太极再次派人赐予羊酒，并下达诏书，表达了希望耿仲明和孔有德能够为国家效力的愿望。为了缓解两人之间的紧张关系，皇太极让他们共同驻守辽阳。
崇德元年（1636年）四月，皇太极正式称帝，并改国号为大清。在这个重要的时刻，耿仲明被封为怀顺王，与孔有德、尚可喜一起被称为“三顺王”。在接下来的时间里，耿仲明多次跟随皇太极出兵讨伐明朝以及攻打朝鲜，成为了清朝军队中的重要将领。
崇德七年（1642年）八月，皇太极将汉军（乌真超哈）分为八旗，耿仲明被编入正黄旗。同年九月，耿仲明部下的甲喇额真石明雄弹劾耿仲明，指控他私自藏匿了松山、杏山的人口，并且为一些被依法处决的逃人收尸设祭，此外，他的部下还出现了滥杀无辜的情况。这些指控被查证属实后，耿仲明被处以罚款一千两白银的处罚。
到了崇德八年（1643年）十一月，甲喇额真宋国辅、潘孝和石明雄等人密谋杀害耿仲明。耿仲明事先得知了这一阴谋，立即上报给了皇太极。皇太极调查核实后，下令将宋国辅等人斩首，并查抄他们的家产赏给了耿仲明，以此来表彰耿仲明的忠诚和警惕。
四、征战南方
顺治初年，清朝的军事扩张势如破竹，其中，耿仲明作为一位重要的军事将领，在南方战场上留下了深刻的印记。顺治元年，他紧随睿亲王多尔衮的脚步，踏入中原，一路追击农民军领袖李自成，直至望都方止。随后，他又转战陕西，协助豫亲王多铎彻底清扫李自成残余势力，之后转战南方，投身于平定江南的战役中，以赫赫战功赢得了朝廷的嘉奖，并受命镇守辽阳，稳固边疆。
顺治三年，孔有德被任命为平南大将军，肩负起征讨南明永历政权的重任。耿仲明和尚可喜积极响应，率部南下，成为孔有德麾下不可或缺的力量。顺治四年，耿仲明在牛皮滩与明将杨国栋展开激战，凭借卓越的指挥才能和将士们的英勇奋战，他成功击溃敌军，并乘胜追击，相继攻占了衡州、祁阳、武冈等地，生擒明将郭肇基，极大地震慑了南明政权。
然而，耿仲明在进攻广西的途中遭遇了挫折。在全州，他遭遇了南明将领何腾蛟、瞿式耜等人的顽强抵抗，战事陷入胶着，耿仲明不得不退守永州，暂时调整战略。顺治五年，局势出现转机，全州守将唐文曜、王有成归降，清军借此机会再次发动攻势，但桂林之战中，他们再次遭遇南明军的有力反击，未能如愿。最终，根据清廷的命令，孔有德、耿仲明和尚可喜三人率领的南征大军撤回京城，结束了这段波澜壮阔的南征历程。
顺治六年，耿仲明因功被改封为靖南王，并获赐象征尊贵与权力的金册金印，其军事生涯达到了一个新的高峰。
五、自缢身死
自归降清朝以来，耿仲明与孔有德一直是并肩作战的伙伴，两人从未单独出征。然而，在顺治六年（1649年），耿仲明与孔有德的军事行动出现了分离。孔有德南下攻打广西，而耿仲明则与尚可喜一同征讨广东。此时，耿仲明率领原有兵马二千五百人，加上新增兵力七千五百人，合计一万人，并以徐得功为左翼总兵、连得成为右翼总兵，准备展开新的战役。
正当耿仲明准备整军出发之际，刑部向朝廷报告称，耿仲明的部将梅勒章京陈绍宗等人纵容部下私自藏匿逃人，这一行为触犯了清朝严格的逃人法，按律应当处以极刑。逃人法是清朝初年为了加强对满洲贵族和八旗军民的控制而制定的一项重要法律，私藏逃人被视为严重的犯罪行为。
摄政王多尔衮随即指示耿仲明调查私自藏匿逃人的随征将士。经过调查，耿仲明查出了三百多人涉嫌违法。随后，耿仲明上书朝廷请罪。大臣们在讨论后认为，耿仲明应该被削去爵位作为处罚。然而，多尔衮决定宽大处理此事，仅对陈绍宗等人进行了处罚，免除了他们的死罪。
然而，在顺治六年（1649年）十一月，尚未得知朝廷宽大处理消息的耿仲明，在前往广东征讨的路上，行至江西吉安时自缢身亡。关于耿仲明的死因，还有一种说法认为是总督张存仁受清廷密令，设计逼迫耿仲明自杀。
耿仲明死后，多尔衮认为他未能善终，决定不予赐祭，也不允许其子孙继承爵位。直到顺治帝亲政后，才同意让耿仲明的儿子耿继茂承袭爵位。
耿仲明的去世，不仅结束了他复杂多变的一生，也反映了清朝初年对于逃人法的严格执行以及对官员行为的高度监管。耿仲明的故事不仅体现了个人命运的起伏，也反映了那个时代特有的政治环境和社会氛围。尽管耿仲明的晚年遭遇了不幸，但他的后代还是得以继续在清朝的政治舞台上发挥作用。
结语
耿仲明的一生充满了传奇色彩，他的选择和行动反映了那个时代复杂多变的政治环境和个人命运的无奈。从一名明朝的参将到清朝的重要藩王，耿仲明的故事不仅是一个个人的命运起伏，更是中国历史上一段重要的变革时期的缩影。他的生平不仅是对个人忠诚与背叛的思考，也是对中国古代社会转型期的一种深刻反思。