小新和奈奈挑战完道馆后联系了可夏，因为光儿现在才刚刚恢复，需要阿密照顾所以暂时无法挑战道馆。
奈奈:“好可惜啊!”
小新:“没关系啦奈奈，等光儿好了你再去挑战浅葱道馆吧。”
奈奈:“好的师傅，那我们接下去哪里啊？”
小新:“嗯……这个？”
就在这时阿四和妻子走了过来:“浅葱市的道馆比赛延期了。”
阿四:“那么你们可以去漩涡列岛看一看。”
奈奈:“漩涡列岛？”
阿四妻子:“就是这里与浅葱市之间的小岛群。”
阿四:“漩涡列岛自古以来有许多传说，据说，还有什么的宝可梦在那个地方呢。”
奈奈:“神秘的宝可梦？”
小新:“听起来很有趣耶。决定了我们要去漩涡列岛。”随后小新和奈奈在道馆里面休息了一个晚上第二天早上出发。而且还看到了漩涡列岛的特色，很多漩涡不过也是平安登陆。
小新和奈奈则是来到了宝可梦中心在这里听说了漩涡列岛大赛小新决定参加，不过奈奈身上的水系宝可梦只有一只很可惜无法参加。
乔伊小姐:“你们要参加漩涡列岛大赛是不是？”随后一只吉利蛋拿着一本书交给了小新。
小新:“指南书？”
乔伊小姐:“啊，这本书也是参加漩涡列岛大赛的规则手册你们可千万别丢了。”
小新:“请问会场在哪里啊？”
乔伊小姐:“在赤岩岛这里就是漩涡列岛现在我们所在的位置是最下面的青岩岛同时也是最大的岛屿。漩涡列岛大致上分为四个大岛其他的岛屿，还有黄岩岛、赤岩岛、以及银岩岛。”
小新:“大赛的举办会场赤岩岛是……从这里算起第三座岛咯。”
乔伊小姐:“在大赛举行之前会先举行预赛淘汰掉一些参加者。赢得冠军的训练家将可以得到岛上传说的头衔成为水系宝可梦的勇者哦。同时附近的人以前就是这个样子来称呼使用水系宝可梦的人哦。”虽然小新现在很想参加但还有一个月时间。
所以小新决定先对身上的宝可梦特训再说，经过一个月的训练宝可梦实力提升了很多，由基拉也进化成了沙基拉，呆呆兽和大舌贝小新将王者之证交给了呆呆兽，大舌贝咬住呆呆兽的头进化成了河马王。月桂叶也是进化成了大菊花。
就在小新交换要参加比赛的宝可梦的时候“哥哥!”就在这时小新背后响起一个声音。小新转过头发现正是小智他们。
小新:“小智是你们啊!”
小智:“哥哥你也来了你也是参加漩涡列岛大赛的吗？”
小新:“是啊。”
小智:“对了哥哥你得到几枚徽章了。”
小新:“我已经拿到六枚徽章了。”
“我才拿到5枚。不过等到漩涡列岛大赛结束后我就可以挑战浅葱道馆了。”随后小新和小智聊了一会，随后找博士进行了交换将大菊花、沙基拉、大钢蛇换成了水箭龟、暴鲤龙、宝石海星