新历2060年，被OEP感染9年的女王身，体已经一年不如一年，现在女王的身体相当于奇迹之年前80岁的老人了，那时的人均寿命也只有110多一点。为了寻找治疗的方法，露娜公主穿过巨型星门，来到了地球联邦的领地。同行的除了作为科考船的黑百合，还有第三舰队的方舟级旗舰蓝玫瑰号和第三舰队留在王都的8支战列舰舰队，护卫舰120艘。近卫军团月神舰队的72艘护卫舰和400多名骑士也都停泊在蓝玫瑰上。这是此时公主身边能调集的所有战力，要穿越大型星门，再多的战力也不会显得多余，因为将要面对的不再是人类统治的世界。
蓝玫瑰号作为第三舰队的旗舰，是新历1994年刚建成的新型战舰。随行的所有战舰都停泊在蓝玫瑰上，空间依旧十分充足。为了这次航行，公主做了将近一年的准备。这艘500公里长的战舰又回到建造她的空港，在原有的导弹发射仓和近防机炮上都添置了能量武器。甲板上更是竖起三座透明质地的高塔，这是帝国最新式的能量武器系统——星辰。在塔尖汇聚的能量不再需要炮管进行指向引导，可以攻击任意方向的敌人。没有了枪膛的束缚，它们也可以聚集更强大的能量。
这些能量型武器的增加，也完全修改了蓝玫瑰的内部设计，她可能是人类史上搭载反应炉最多的战舰，一共安装了128组反应炉阵列。新型的反应炉阵列，使用的是和蜂鸟那种武器相同的核心，也就是之前巴斯使用的六边形武器当中的填充物，但它并没有沿用之前的结构。为了节约空间，新式的反应炉阵列采用了三维密堆法，反应炉只有拳头大小，大斜方截半立方体的造型。它和八卦镜状的柱体，所构成的保护层与投料口形成紧密的堆积。单个阵列有就有100万（1024*1024）台反应炉，八卦镜的柱状隔离层也有300万块，它只有200多米长。这个两百米长的立方体被蔚蓝的能量立场包围，悬浮在其中。最外层的立方体不断喷射能量，让它在立场中不安分的震动。散射的能量立刻就被外部的立场捕获，经过转化以后为战舰提供能源。128个这样的反应炉阵列安装在一个个独立的动力室，分散布置在战舰上。虽然单独阵列没有占据多少空间，但它的附属设备，依然需要近千平米的动力室来存放。
方舟级战舰曾经也有恒星级战舰的称呼，因为它们反应炉所供应的能量，是人类当时能达到的极限，但距离真正的恒星还是有遥远的距离。蓝玫瑰真正实现了恒星级，她的总输出功率已经可以达到最低阶恒星红矮星的水平。帝国有个一直在进行的科研项目，就是恒星引擎计划，它是试图点燃拘束好的气体星球制造恒星，也在试图直接俘获恒星。这个大胆的项目虽然没有成功，但是它的研究成果，为改进蓝玫瑰的动力系统作出了巨大的贡献。原来千台反应炉组合就是阵列式反应炉的极限，现在的蓝玫瑰已经可以达到亿级。在和平年代，这一定是了不起的技术创举，而现在它只是默默的为蓝玫瑰服务。
穿过巨型星门，星图开始矫正空间坐标，周围的一切都浮现在星图上。随着星图全息影像的更新，原本灯火通明的地球，突然暗淡下去，好像时间倒退回洪荒时代。就连原本繁茂的雨林，都褪去原有的绿色，只有几处尚存的聚居区还能看见文明的火种。不远处的月球堡垒还在工作，露娜却知道，为了重启月球堡垒，地面的人类付出了多大的代价。月球堡垒早已在EP的攻击下沦陷，现在的堡垒只是依靠还在运行的智能副官。为了重启受EP影响停机的月球堡垒，不但牺牲了无数生命，帝国也出动了方舟战舰紫罗兰。在双方的配合下，才顺利完成月球堡垒的重启。现在堡垒接受地面残存的6处聚居区的共同指挥，月球堡垒还肩负起巨型星门的维护工作，这才保存了这条重要的生命航道。
陷入末日后，地球居民的生活水平没有什么下滑，只要能活着来到聚居区，物质供应就得到了保障。帝国舰队也会投送一些稀缺的物资，最主要的就是治疗OEP的内置护盾，还有对付EP的新型武器和拘束装置。但帝国舰队从来没有接近过地球的大气层，因为那将会遭遇和重启月球堡垒一样的损失。地球上的EP就像好奇的猫咪，袭击并吞噬试图经过它们身边带有生命体的飞船。
地球上的EP无疑是最好的样本，可是方舟级战舰无法在星球表面停泊。失去了蓝玫瑰的能量装甲，即便是精锐的近卫军团，也没有和大群EP叫板的实力。蓝玫瑰只能启动引擎，再去寻找其他的目标。露娜选中的目标，是星门网络中一个瘫痪的节点，距离地球只有2光年远。除了巨星星门以外，没有星门还能容纳方舟级战舰，到达那里就需要两年多的时间。就算使用星门航道，距离那个节点最近的星门依然有一光年的距离。
这两年亚光速航行的时间也没有浪费，露娜在is系统中继续进行着模拟实验。随行的军官骑士也都是能连接is的精英，他们则在这段时间保持高强度的模拟训练，对战的对象已经不再是人类。是以研究所建立的EP模型，作为训练对象。EP的资料囊括了星门网络中，人类关于它们的所有见闻。里面有黑蔷薇出现的红色鲸鱼，也有其他地方出的EP。刚EP化的生物，是它的第一型态。它们基本还维持生前生物的样貌，但是本身没有实体，攻击手段也相对单一。就是让自己的红色雾气扩散开来，吞噬周围的生命，然后吸收它们的生命能量。其中最强的应该就是黑蔷薇出现的红鲸了，因为它在刚完成EP转化的时候，身边的海洋提供了大量的生命能量，这些能量被它吞噬使它无比强大。而且虎鲸本身在生物中也算是体量较大的种类，它已经具备了一些第二型态EP的特征。
第二型态的EP，已经可以将能量凝聚成物质，同时也开始拥有真正的身体，发出可以击穿能量装甲的攻击。它们开始不拘泥于原来的样子，就像一团不规则的生物，任何地方都可能发动攻击。发动攻击的部位会变成鱿鱼或者乌贼捕食用的触腕，最后还会缠住攻击的目标，直接将猎物拖回自己身边。部分异化的形态还会如长矛手一般，将身体固化成尖锐的武器投掷而出。这种攻击方式没有上一种灵活，至少不会改变方向追击目标。但它的穿透能力更强，可以有效的应对护卫舰的能量装甲。第二型态的EP还会继承一些自己原本的能力，比如帝国遇到的那只，它就维持了原本虎鲸声呐的功能，在它声呐覆盖的范围内根本无法隐藏，它还能通过声呐捕捉到装甲脆弱的部分进行攻击。帝国在收容它时，付出了惨痛的代价，才收获这份重要的情报。通过和星门网络中的盟友交换信息，几乎可以确认，所有EP化的生物，都会保留几样原本的能力，其中许多能力都相当棘手。
第三型态的EP物质化的更加彻底，变成了绚丽的结晶状。这种类型的EP几乎都是在太空航道上发现的，月球堡垒沦陷后就演化出了一只三型态的EP，关于这种类型的EP各方的资料都不多。但可以确定的是，它非常适合在太空中生存，还能模拟战舰的形态，这已经不是外形的模拟，就连功能也可以完全模仿乃至进化。
战舰与EP的模拟战斗没有任何技术可言，只要能被EP击穿能量装甲的战舰，面对EP时根本没有正面对抗的可能，只需要练习如何逃脱就可以了。战舰面对EP的战斗与星海中的战舰对决，区别不大，只是换了一种武器，此时的帝国对EP的了解还是太少。模拟出来的训练对象，和现实有不少的差距。
帝国骑士是帝国的骄傲，它优越的性能，始终让所有人抱有希望。这个模拟对战系统，也主要是为了训练骑士而研发的。和战舰一样的攻击是帝国骑士熟知的，这部分只是维持着正常的训练。模拟对战中，为了体现EP的特性，所有的敌人都像由沙粒构成。它们无法被杀死，骑士机甲搭载的武器几乎无法对它造成伤害，唯一有效的攻击手段，就是拥有单独能量供应的战斧和骑枪。这类武器强大的能量才能将EP撕开。被击中的EP很快又会聚合在一起，骑士们要做的就是一边回避它的攻击，一边不断的将敌人撕碎，直到EP变小到可以装入拘束装置为止。EP的攻击也被设计的尤为诡异，它不但拥有战舰所有的攻击手段，还拥有生物一般的触手。这些触手能像长矛一样突刺也能如长鞭一般抽打，每条触手都灵活且迅速。如果触手被发射而出，还会像带有自律功能的导弹一样难缠。
模拟战中的EP，包含了设计者对EP的各种恶意的猜想。设计者从四处收集来EP的情报，一股脑的融入到这个对战系统中。并且不断突破自己想象的极限，这才完成了这套模拟对战系统。两年的亚空间航行中，这套系统一直在折磨着近卫骑士。训练的强度甚至突破了单兵离子推进器的束缚，原本没有人可以脱离战舰导航，用单兵飞行器进入亚光速航行。而这变态的训练，让这种曾经的不可能变成可能。
巴斯有过参与讨伐红鲸的经历，也是少有真正接触过EP的战士。他来安排整个近卫军团的训练，除去大脑休眠的6个小时，其他的时间全部投入到训练当中。最小的训练单位依然是6人小队，他们需要面对的二型EP，因为这种类型EP帝国还是拥有一定的情报，所以在设计训练对象时，还没有参杂太多的恶意想象。然后是36人组成的中队面对三型EP，那简直就是灾难般的场景，因为双方实力严重失衡，仅在一个月后已经变成6个中队面对一只三型的局面，这可是近卫军团一半的主力。即便投入帝国最精锐的近卫军团一半的实力，经过两年的训练，依然无法压制三型的EP，不知道是设计者过分夸大了EP的能力，还是三型EP就是无解的存在。
好在面对二型的训练成果还算显着，两年的训练时间，已经有5只小队可以在模拟战中胜出，完成对EP的拘束。而面对三型EP，巴斯曾经做过全队出动的尝试，只能实现短暂的压制，在出现队员阵亡以后，这个平衡很快就会被打破，然后陷入被动。或许丽莎能挽回这样的局面吧，在失败的时候，巴斯总会不自觉的想起丽莎，想起她的指挥方式，巴斯对丽莎有一种盲目的信任。
这两年露娜在实验室里也有所收获，太空中的OEP和地面的好像两种不同的形态。地面实验室中的OEP相对来说更安静，样本的生物年龄变化和预期的完全相同。而进入太空以后，在测试一只寿命将尽的生物样本时，注入样本的OEP展现了它狂暴的脾气。在精密的能量探测装置下，可以看见内置护盾里的红色能量不断膨胀，样本的生物年龄流速完全破坏了那个被帝国生命能量研究所无数次验证的生命流速公式。
蓝玫瑰前往的星门位于半人马座，再远一些就是那个谋害了百亿人类性命的弗格斯家族曾经的领地。露娜不光知道这一段历史，她还知道更多地球上鲜血淋漓的历史，那都是邓志飞告诉过她的，邓伯伯还说如果忘记自己民族的历史，将无法屹立在这个残酷的时代。
将要前往的地方是弗格斯家族曾经的工业星球——伊登，这种不适合居住的岩质行星在宇宙中有很多，当然它们无法和数量众多的气体行星相比。这类因为没有水源，或者轨道不适宜生存的星球，在星际大航海初期也是宝贵的资源。比如这颗名叫伊登的星球，弗格斯财团就在这里布设了24条自动化生产线，他们家族的一座星际堡垒也是在这里的空港建造的。这颗环境恶劣，几乎被掏空的星球，依然有无数人生活在这里建立的地下城市中。只因为这里临近地球，是极佳的战舰建造空港。直到星门网络覆盖到这里的时候，这些如同地鼠一般生活的人类，才有条件在地面树立起和黑蔷薇类似的穹顶护盾，他们的穹顶护盾就小了很多。