在华夏特别军事法庭有的庭审上，被告人的辩护律师有的向法庭提及被告的教育背景和犯罪的社会根源，有的提出部分指控的罪行是由被告人的前任指挥官所实施的，有的请求法庭注意被告人的个人情况等。
比如，一名被告人在犯罪时已离职，有的指出被告身为低级军官并未参与政策制定故而不应当对指控的罪行负主要责任。
一部分为被告人辩护的律师进一步的提出，尽管被告人是日军的高级军官，但是一些重要的军事行动必须经过上级长官的授命才能实施，所以，被告人的辩护律师建议法庭应当区分被告和其上级长官的刑事责任以减轻被告人的罪责，大多数的辩护律师都强调被告人有悔罪表现并且请求法庭从轻处罚。
在一些特别的情形下，被告人的辩护律师还向法庭提出一些特殊问题来保护被告的权利和利益，比如，在对武部六藏的审判中，被告人因严重的疾病无法出庭，法庭因此同意辩护律师的请求，允许在被告接受治疗的医院开庭。
华夏特别军事法庭委派审判员杨显之前往审判，随同前往的还有书记员娄玉，国家公诉人曹振辉、被告辩护律师关梦觉、赵敬文也参与了此次讯问，这些对被告人利益的保护措施也都体现着对被告人的人道待遇。
许多国际人权条约和公约都明确规定被告人有公开审判权，所以，华夏特别军事法庭在沈阳和太原审判中的日本战犯都是公开审判的，到庭旁听的有各民主党派和人民团体的代表、工厂、学校和机关的代表以及军队代表共百余人。
新闻记者也都观察和报道了华夏特别军事法庭在沈阳和太原这两地的审判，这一程序充分的让华夏特别军事法庭的审判受到了人民的监督，保证了华夏特别军事法庭的审判透明、公正。
在对日本战犯的量刑上，从一九五五年的侦查工作结束后，最高人民检察院检察长便会同有关政府部门对日本战犯的量刑问题进行了初步研究，其中，东北工作团建议由七十名被关押的日本战犯为罪大恶极的战争罪行负最主要的责任，应当判处死刑。
但是在一九五五年十二月的一次会议上，政治局常务委员会明确表示对日本战犯采取从宽处理政策，即“不判处一个死刑，也不判处一个无期徒刑，判有期徒刑的也要极少数”。
不过，各民主党派，工商联和无党派人士代表对此政策都提出了异议，因为他们觉得这个政策难以平息民愤。
至于采取从宽量刑的政策是有两个原因，首先，这些日本战犯已经被监禁了十年之久，对于其中大多数人所犯的罪行来说这都足以用来替代量刑，更长期的监禁仅需要在一小批犯极严重罪行的犯罪分子中适用。
其次，鉴于第二次世界大战已经过去十年，华夏和日本两国在国际事务中的地位都发生了巨大的变化，采取从宽量刑政策有助于推动华夏和日本的外交关系正常化以及国际局势的和平与稳定。
《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》清楚地表明日本战犯所犯的罪行对华夏人民造成了极其严重的损害，他们罪大恶极地违背国际法准则和人道主义原则，本应予以严厉的惩处。
但是，鉴于日本政府投降后十年来情况的变化和现在的处境，以及华夏和日本两国人民友好关系的发展，同时考虑到这些日本战争犯罪分子在关押期间绝大多数已有不同程度的悔罪表现，因此决定对于这些犯罪分子按照从宽政策分别予以处理。
一九五六年一月，负责审理日本战犯的领导以及史良、张志让、潘震亚、周鲠生、梅汝璈等法律专家根据从宽处理的原则对量刑问题开会进行了专门的讨论，量刑的原则也都反映在了最高人民法院特别军事法庭的判决书中。
最高人民法院特别军事法庭作出的四起案件的判决书判定，在日本军队侵华期间，被告人实施了日本侵略华夏的政策，协助日本军队的侵略战争，违反了国际法准则和人道主义原则，根据事实和可适用的国际法和国内法，被告人被判定犯了战争罪和反革命罪，包括篡夺华夏国家的主权，计划和推进侵略政策，破坏城镇和村庄，驱逐平民，掠夺财物，强奸，迫害和非人道对待、虐待、屠杀战俘，参与间谍行动，制造细菌武器以及使用毒气。
但是，华夏特别军事法庭没有被判处日本战犯分子无期徒刑或者死刑，即使对日本战犯所犯下的罪行重判是罪有应得，所以，华夏特别军事法庭对所有日本战犯判处的刑罚都不超过二十年有期徒刑。
华夏特别军事法庭在沈阳和太原的审判，在一定意义上可以说是成功的，因为侵华战争中犯下反和平罪、战争罪和反人道罪的日本战犯被绳之以法。
并且，华夏特别军事法庭在这两次的审判中也揭示了日本战时的对华政策，揭露了日本战犯对华夏人民实施的残酷罪行，从而形成了有关日本侵华战争和所犯罪行的本质和真相的官方记录。
与远东国际军事法庭在东京的审判相比，华夏特别军事法庭在沈阳和太原的审判也可谓是成功的，因为，华夏特别军事法庭上被起诉的日本战犯全都承认了自己的罪行。
而在远东国际军事法庭上，没有一个日本甲级战犯认罪，东条英机在即将被行刑的时候，依旧否认自己有罪，就远东国际军事法庭在东京的审判而言，尽管二十八名日本甲级战犯所犯下的罪行均被起诉，但是还有许多人逃避了战争责任，这其中就包括了日本的裕仁天皇，另外，还有十九个日本的甲级罪犯还没有经过审判便被释放。