朝中讨伐钱凤的书文送至于湖营中，王敦看后缓缓起身，说道：“众卿与我起兵以来，胜多败少。现今兵锋正锐，可一战而定也。”
钱凤说道：“朝中欲诛我一人，请主公速速斩我送首建康！以止朝廷兵马。”
王敦说道：“诏书中言，我已病故，即使献汝首级，难恐朝中继续讨逆！”
王含对王敦说道：“你今身体抱恙，不便带军远行，我当带军为守。”
王敦说道：“处仲遵兄长之意也。然兄长兵略可有长进？”
王含说道：“以攻朝廷甲兵足矣用也。”
王敦于是将兵符给了王含，说道：“皆赖兄长之托也。”
钱凤和周抚又问王敦：“如果攻入京师，斩杀温峤，擒获天子后事如何？”
王敦说道：“兵马还没到石头城，何以称擒收天子？如若攻入建康，行司马昭和曹操旧事！”
于是王敦让周抚，郭敬前来，授其兵马，以王含为元帅，钱凤为都督，王揆为左将军，何康为前锋将军，周抚为参军，郭敬为监军。率军三万进攻京师。
钱凤写讨伐檄文，钱凤写到：“温峤蛊惑圣上，油嘴滑舌，欺朝中肱骨，庾亮桓彝二人与其为奸，三人贪财敛政，目无王法。臣等为清君侧，诛其三人，以谢天下。”
王含率军至江宁，王导得知后命大军以逸待劳，又写书以王含。王导写道“近来大将军，为贼虏所用，将军与我同族，为何与贼首钱凤共事，含兄之父与我父皆兄弟也，今朝中多难，王氏子弟当尽心辅佐，何故引军而讨？今我士气恢弘率领大军，以中垒将军温峤，威晋将军公孙成，征虏将军刘建，建兴将军董昭，甲士五万，汝仅有三万之士。何以为战？乘此之时，不如早降！且昔日杨骏、贾南风、司马伦三人祸害天下。正是含兄以正讨逆，安定晋室。今日若肯重归于晋，仍可保留大将军之位！”
王含收到王导书信，没有回信。命麾下士卒做好渡河准备，温峤领军于南岸，看到周抚欲率军渡河于是问计众将，陶瞻说道：“当烧毁朱雀桁，防止贼虏渡河！”温峤听从命郗鉴率军前去烧毁。
郗鉴领军赶到朱雀桁，发现已有少数叛军渡河，于是先斩叛军，后烧毁朱雀桁。钱凤等人不能前进，皇帝司马绍亲率六军，出兵城南，百姓远远相望，看到王师金盖覆身，士气高昂，天子司马绍镇坐军中，身穿戎装。百姓行于两道，相继而拜，恭送圣驾。
到了子夜，司马绍召集将领说道：“朕与国家托付诸卿，诸卿当夜袭其营，挫敌先锋！”
于是皇帝司马绍命（骁骑将军）段秀，（中军司马）曹浑，（左卫参军）陈嵩，（护军司马）钟寅等人领军五千，暗中秘密挺进，进攻越城，王揆于睡梦之中得知官军逼近，慌忙抵抗。王揆抵抗失败，段秀斩贼首王揆，王敦麾下（前锋）何康逃跑不及时，被钟寅斩杀，二人首级被扔至钱凤营前，钱凤士气大减，麾下之卒纷纷溃散。王师此战破敌三千，王师大胜。
王敦得知前线惨败，怒上心起，病情加重缓缓说道：“我兄王含…..不善兵法，王含一清谈之辈……致使今日败军如此，王氏…….哀矣，族内兄弟……….有文武全才者，皆…….亡故也。今大事…….去矣！”于是王敦从床上起身，又马上栽倒。王敦病痛不能止，反复翻滚。其女王彦娇哭哭啼啼，又端来“续命丸”。
王敦安慰王彦娇说到：“不必再哭………..我今时日无多，家室难保，你要易姓……..改名，远逃此地。”
王彦娇说道：“家父未得一子，恐家父之后无人为继也。”
王敦说道：“今日之败………早有成定，你如今当要速速…….远去，汝要…………..为嫁一人……..得余生安平！”
说完王敦又连吃“续命丸”，气色稍有好转，召集部众议事事之时，直接昏倒。王敦病昏求见王应。
沈充得知后率军一万与钱凤会和，二人商讨进军之时，得知王敦病危，于是钱凤命王应回去。王应到了于湖见了王敦，王敦此时气若游丝缓缓说道：“战事……如何？”
王应断断续续的说道：“我军、我军折兵损将，军中军心不定。还请父亲出山，滋定大事！”
王敦听后说道：“今日我军之败……..恐大事…..去矣！”说完王敦撒手人寰。王应拜于王敦大哭不止。
王敦病死，年五十八岁。家眷亲属纷纷哭拜，王应暗中派人问计钱凤。
钱凤得知王敦病死，大为震憾，与王含商量过后觉得秘不发丧，以稳定军心，王应收到钱凤书信，将王敦尸体放入草席，又放到木棺之中，将灌木涂抹石蜡，放置中庭。钱凤与沈充二人修筑营垒与朝廷对峙。
此时以钱凤在安抚军心，而王含和沈充及周抚商讨军事。
王含说道：“不如集万军之师，直击天子军中，擒获天子以和朝廷对峙。”
沈充说道：“不可，天子拥京师之锐，岂能轻易谋也？”
此时沈充麾下谋士陆修看到二人犹豫不决，于是说道：“今天子正在于前，我军前锋以败，军心骚乱。此时不可犹豫不决当速速而定！”
沈充说道：“请问先生，可有破敌之法？”
陆修说道：“有上中下三策也。”
又说道：“开凿湖水引灌京城，用水师速进，大事定也，不战而屈人之兵，此上策也！现在军中不知王敦已故，士气仍可用也，合诸将之力，与其一决雌雄，此中策也！转祸为福，因败未成，弃钱凤而逃，此下策也！”
沈充说道：“此下策，乃上策也！”
王含说道：“此时若败，当败也，若胜不失为公侯。”于是出营命周抚率军渡济水强攻，朝廷以护军将军应詹，率军拒守。王师被破，应詹大败。周抚等人攻至宣阳门，王导急命征虏将军刘建，威晋将军公孙成急攻周抚。此时，兖州刺史刘遐，鹰扬将军苏峻率军自南塘而攻，周抚被围。
沈充率军而来，解围周抚。两军交战，沈充大败。王师四面围上。
苏峻喊道：“破贼之时，正在今日！众将与某共守晋业！”王师士气大振，士卒无不当先。
沈充见状弃军而逃，周抚兵败投降。王含得知沈充败逃，亲自率军前来，与苏峻等人相战，两军交战，王含大败，弃军而逃。钱凤得知军队纷纷溃败，欲北投后赵。与其子钱骞逃至历阳被斩，传首建康。此时沈充败逃吴兴郡，被麾下吴宣斩首邀功，传首建康。
王含逃回芜湖，见到王应，王应劝说王含：“父亲此时营当投奔王舒，王舒甲兵俱在，仍有一战之力！”
王含说道：“我欲去江州，汝要随我一同前往。”
王应说道：“江州地广人稀，不易前往！不如转投荆州刺史王彬。”
王含答应，于是父子二人前往荆州，荆州刺史王彬得知此时王敦兵败如山倒，且已经病死，于是拒绝两人入城。又命麾下将领率军攻打，王含，王应不敌王彬，王应，王含二人皆被王彬沉湖淹死。王舒得知王含要来，于是备好车马和渡船，过了一日，才得知王含王应已经被处死了。对着湖面说道：“天意也，此乃天意也。”
王敦家眷皆被废为庶人，麾下领兵者纷纷发配戍边。
晋明帝司马绍大宴众将，赏受军功。将鹰扬将军苏峻升为冠军将军、历阳内史、散骑常侍，封邵陵县公。封温峤为建宁县公，庾亮为永昌县公，郗鉴为高平县侯，应詹赐亲阳县侯，卞壶为建兴县侯，授刘遐泉陵公，升任北中郎将、徐州刺史。封征虏将军刘建为于湖伯，侍中。将刘超改任射声校尉授，而威晋将军公孙成赐为广德伯。
此时沈充麾下陆修起兵造反，攻入武康，公孙成受命领军征讨，陆修拒守武康，闭门不战。公孙成没有强攻，命士卒堆土，将土堆堆至城墙齐平，士卒踩着土堆，杀入城中，大破陆修，公孙成斩杀陆修，传首建康。
王导推荐虞翻孙子，虞潭任吴兴郡太守，庾亮准许。
有司建言：“王敦罪恶滔天，目无君上，且王敦有崔杼王浚之心。当开棺戮尸，以惩其恶！”司马绍同意有司之言。
于是晋明帝司马绍命人将王敦开棺，焚其衣冠，斩其首级，与沈充钱凤等人首级，全部悬挂于城南。以应詹替王舒，任江州刺史，王舒被封会稽内史，抚军将军即刻上任。
王舒却说道：“为避父亲名讳，我不能上任会稽内史！”
庾亮回道：“你父乃王会，你避何人名讳？”
王舒说：“我父姓王名会，你命我去会稽郡就任！你如此不尊故者也！”
庾亮说：“「会」乃多音字也，二者字同音不同！”
王舒继续说道：“二者字同，音却不同！却乃同一字也！”
庾亮无奈说道：“便改「会」为「郐」！同音相似之字，这样如何？”
王舒说道：“这样便好！”王舒即刻前去上任。
朝廷又将陶侃改任，为征西大将军，都督荆州，湘州，雍州，梁州四洲诸军事，荆州刺史，改王彬为安南将军，广州刺史。王彬不满。
上书朝廷说道：“广州地荒人鲜，我去之后，难以适应广州气候，且我年事渐高，恐不久矣。”
朝中同意，于是又改任王彬为湘州刺史，朝中商议后又命靳阳淳任湘州长史监视王彬。司马绍又立司马衍为太子，封虞胤为右卫将军，以司马宗为禁军总管，又命西阳王司马羕入朝议事。
至此王敦之乱被平，朝野暂时安定。石勒得知晋室大乱发兵南下…….