元和元年（1615年），填平了一切壕沟，拆毁了二丸、三丸的大坂城形同空壳，德川家康见时机成熟再次出兵，而丰臣军在这次战役虽然积极迎击，但是只剩本丸的大坂城比山砦还不如，德川军在多处地方相继捷报，最终迫近大坂城。但在冈山·天王寺之战中，德川家康一度陷入危机，真田信繁击溃松平忠直带领的一万五千越后兵压进德川家康本阵，导致德川家康旗本众大崩溃，本阵倒退数里后才稳下阵脚，这也是德川家康这辈子除了三方原之战最狼狈的一战，甚至有了切腹的觉悟，最后勉强逃出一命；同时德川秀忠在冈山战斗，亦因为过于突出，遭到大野军的突击陷入混乱，当众将闻到德川家康有危险而作出救援，在兵力悬殊的优势下，德川军取得胜利，丰臣秀赖和淀殿自尽，遗儿国松在战后不久被找回，最终被处死，享年八岁。丰臣家正式灭亡，是为大坂夏之阵。因从此日本再无大战事，所以史称“元和偃武”。
元和二年（1616年）三月二十一日获朝廷赠获太政大臣一职。四月十七日（1616年6月1日）巳时（约上午10时），德川家康在骏府城病逝，法号安国院。关于其死因的说法之一是吃鲷鱼天妇罗中毒身亡，葬于久能山。翌年，追谥正一位，受“东照大权现”的神号，后改葬日光山。
没收和削减敌对性大名的领地，充实幕府的经济基础：德川家康没收了87个敌对性大名的领地，总收入量为414万石（一说没收了90个大名的领地），减封了三个大名的领地，总收入量为207万石（一说减封四家大名领地）。其中的3\/4转封给自己的功臣和亲近大名，其余的1\/4划为德川氏的直辖地，再加上甲斐、信浓、美浓、近江、越前、佐渡、陆奥南部等地区的直辖地，总收入量达6百万石以上，此外，德川家康还把佐渡、石见、伊豆等地的重要矿山和京都、大阪、奈良、骏府、长崎等重要城市和港湾地划为幕府直辖。这样，江户幕府就几乎控制了全国的大部分重要财源。
建立起幕藩体制（ばくはんたいせい）的封建统治制度。德川家康根据对幕府的向背，把全国的大名分成三类。第一类是他的儿子和德川氏的近支宗族，这一类叫做“亲藩”（しんぱんは）；第二类是忠于自己和自己祖先的功臣，这叫做“谱代大名”（ふだいだいみょう），“亲藩”和“谱代”是幕府政权的支柱；第三类是关原之战前与德川家康同为大名的人，或战时曾忠于丰臣秀吉战后降服的大名，属于这一类的叫做“外样大名”（とざまだいみょう）。德川家康把三种类型的大名混杂相间，使亲藩和谱代大名监视外样大名。
其次，为了加强对武士的统治，树立幕府的权威，又于1615年颁布了《武家诸法度》（ぶけしょはっと）。其要旨是奖励文武、诫逸乐奢华、守节俭、严阶级（即服饰、乘舆的等级规定）、不得蓄浪人、不得擅自修缮城池、不得私婚、不得结党，但最主要的是规定了大名的“参觐交代”（さんきんこうたい）。
按规定，全国外样大名分为东西两半，半住江户，半住领地；每年4月为东西两半部大名的交代时期（对谱代大名另有规定），大名的妻子须常住在江户，事实上作为人质，大名依地位带领侍从，构成“诸侯行列”，按期到江户参觐交代。由于“诸侯行列”人数众多，往返于江户和领地之间的耗费十分巨大。因此这一制度不仅可以使幕府实际上把江户交代的大名作为人质而加以控制，还可以大量消耗大名的财力，使之无力叛乱。与此同时，德川家康还进一步推行丰臣秀吉的兵农分离政策，完善了身份制度，把整个日本社会划分为身分世袭的士、农、工、商四个等级，每个等级内部又贯穿着纵的主从关系。最后，在1615年还针对皇室、朝廷、寺社颁布了《禁中及公家诸法度》和五山十刹的法度。这样，以身分制为核心，以幕府为政权的中枢，上对天皇、公卿，下至各藩大名、一般武士、僧侣、农民、手工业者、商人，形成了一套完整的幕藩体制。德川幕府就是主要靠这个体制来统治全国。[10]
庆长三年（1598年），丰臣秀吉病逝，全日本顿时陷入混乱。身为五大老之首的德川家康趁机迅速私结大名伊达政宗等人，任意分封领地。次年，前田利家病逝之后，丰臣家以石田三成为首的家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长五年（1600年），德川家康因上杉氏重臣直江兼续的诉状《直江状》，起兵征讨上杉景胜。丰臣家石田三成便以此为德川家康违反私战禁令，召集各地大名聚集於大阪城发表内府违反条文，随即起兵北讨伐德川氏。德川家康在小山评定，结成东军。将上杉战事交给次子结城秀康，亲率大军与支持他的丰臣武将回师对抗。庆长五年九月十五日（1600年10月21日）两军主力最后在近江一带的关原进行会战。最终，德川家康巧妙利用西军人心不齐的弱点，拉动敌方将领小早川秀秋，迅速取得了胜利，奠定了德川氏统治的基础。
关原合战后，德川家康主导战后处理与论功行赏等工作，丰臣秀赖的领地由222万石大幅削减到65万石。庆长八年二月十二日（1603年3月24日），家康就任征夷大将军。创立江户幕府。家康的政治目标是要开创长期稳定的政权，于是当时名义上是德川家主君的丰臣家便成为一大问题了。庆长十九年（1614年）的方铭钟事件中，德川家康借口钟铭内文有对德川家不利的文句，对大阪的丰臣氏残余开战，包括在1614年十二月的大坂冬之阵以及1615年五月的大坂夏之阵（6月4日，即农历五月八日结束）。丰臣秀赖与其母淀殿自杀，丰臣氏灭亡，日本实现统一。