天正十七年（1589年），后北条氏的家臣猪俣邦宪夺取了真田昌幸管辖下名胡桃城，导致丰臣秀吉下令全日本大名讨伐后北条氏，不服从者将会受到失去领土的处分。丰臣秀吉率20万大军向后北条氏攻击，攻陷北条各个支城，逐渐向小田原城包围。7月北条氏政、北条氏直父子开城投降。氏政、氏照两兄弟切腹自尽，氏直被流放到高野山，战后丰臣秀吉为各大名分封新的领土。
天正十九年（1591年），丰臣秀吉将关白之位让给外甥丰臣秀次，自称太阁（前关白的尊称）。天正十九年（1591年），丰臣秀吉进行他人生中最后一场日本国内战争——平定九户政实之乱。派遣了蒲生氏乡、浅野长政及石田三成联同东北地方大名平定九户政实之乱。同年，丰臣秀吉命令茶人千利休切腹自尽，原因不明。
丰臣秀吉统一日本后，治国有方，多年战乱的日本一时间国泰民安。他见日本已经安定，遂萌发了建立一个亚洲大帝国，他决心到比日本更广大的空间施展一番。首先要征服朝鲜，再来征服中国，后再征服印度。
文禄元年（1592年），丰臣秀吉出兵14万征伐朝鲜，兵员以西日本诸大名为主。其中以宇喜多秀家为元帅，小西行长、加藤清正为先锋，九鬼嘉隆为水军指挥官，步兵14万，水军8250人，战舰700余艘，于文禄元年（1592年）4月跨过朝鲜海峡，在釜山、庆州一线登陆，正式拉开侵略朝鲜的序幕。
战争初期，久经沙场的日军攻势猛烈、势如破竹，以极快的速度先后攻占朝鲜王京汉城与陪都平壤，并迅速攻占朝鲜境内大量主要城市，直趋明朝边境。朝鲜国王马上向明朝求救。丰臣秀吉于5月攻占汉城后便研议要迁都bJ，将bJ周围10“国”之地献为御用，赐公卿以俸禄，赐其部下以10倍于原有的领地，甚至命丰臣秀次为大唐（中国）关白，日本关白由羽柴秀秋或宇喜多秀家担任，朝鲜则交给羽柴秀胜或宇喜多秀家统治。
文禄元年（1592年），明神宗派遣辽东总兵李如松为提督，兵部右侍郎宋应昌为经略率兵四万余人于当年12月26日跨过鸭绿江，进入朝鲜抗击日军。在明军（4万余人）和朝鲜三道水师提督李舜臣等的反击下，日军攻势遇阻。平壤之战结束后3月20日在汉城集结清点人数为六千五百二十人），丰臣秀吉遂与明朝和谈。
文禄四年（1595年），丰臣秀吉将丰臣秀次流放到高野山，然后将丰臣秀次赐死，此外亦令丰臣秀次支持者切腹，包括前野长康等人。赐死的原因可能是当时舆论流传着“杀生关白”（丰臣秀次的绰号）过去所发生的乱行，加上丰臣秀吉打算以年幼的次男丰臣秀赖作为家中的继承人，丰臣秀吉决定处死有关人士。
庆长三年（1598年）8月18日，丰臣秀吉因病逝世，死于伏见城。丰臣秀吉死前，领五大老辅佐幼子丰臣秀赖（とよとみひでより）。其根本目的是要以合议制度来抑制德川家康的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。入侵朝鲜半岛的日军在接获五大老的命令及以石田三成为首的五奉行安排下，向明朝隐瞒了秀吉的死讯，随后与明朝议和并逐渐从朝鲜撤军。可是这场战役日军损失巨大，此役也埋下了德川家康日后成为征夷大将军的一个重要伏因。而日本与朝鲜的关系，到庆长十一年（1607年）才恢复正常。
丰臣秀吉死后，他生前安排的政治均势很快被打破。五大老以德川家康（とくがわいえやす）最具影响力，使丰臣家内部势力开始有派系分别。不久，五大老之一的前田利家也过世，五奉行之一的石田三成开始与家康对立，互相拢络势力。最后东军以德川家康为首，西军以毛利辉元为首，于庆长五年（1600年）两军对决，史称关原合战，后来德川方面赢得战争，而石田三成则被处死。庆长八年（1603年），德川家康即征夷大将军之位，丰臣家从此日渐没落。庆长十九年（1614年）至庆长二十年（1615年）德川家康发动大坂冬之阵和大坂夏之阵，丰臣家彻底灭亡。
丰臣秀吉是个罕有的具有雄才大略的武将和政治家，同时又是一个具有适合实现这个统一所需要的开阔胸怀和通达人情事理的人。……秀吉的统一政策，大部分是继承和发展了信长的方针，但在每项具体措施上，即使完全是那样，而其实施精神却有天壤之别。信长对人严厉刻薄，杀伐失度，而秀吉则包容万人，以温情待人，力避杀戮无辜。在留下的一些秀吉遗书中，可以见到他对父子妻妾那种温存而细腻的爱情，充满在字里行间。正是这种美好的仁爱精神，不仅信长没有，许多战国武将也都不具备。
丰臣秀吉在国内完成了统一，建立了赫赫的丰功伟绩，但是在外交上却徒有宏图，没有能收到实效，暴露了他毕竟不过是一个局促于岛国内部的井底之蛙式的人才，在复杂的国际环境中缺乏善于应付的知识和卓见。他发动的朝鲜战争，尽管在各个战役和策略上收到可取的效果，但从整体来看，却完全是轻率的举动。由于首战成功而得意忘形，甚而制定征服明朝以后的各种措施等等，说明他对局势的看法过于乐观，不懂得现实国际关系的严峻性，天真得简直像个孩子。他把朝鲜、明朝以及其他国家看得就像日本的九州和关东等地一样。遣使送书，促其入贡，不入贡就出兵征讨，这是他在统一国内时常用的手法。他发动朝鲜战争的原因，一般认为是希望恢复与明朝、朝鲜的勘合贸易，但是应该知道，由他要求对方入贡的贸易，与前代的勘合贸易在主客关系上恰恰是完全相反的。