后面的战斗基本就沒有任何悬念，因为这时幕府军的败势己成，别说是井伊直孝这几个人，就是织田信长、丰臣秀吉、徳川家康都复生，也改变不了这一结果。中华军的全面反击，只不过是加快了这一进程而己。
骑兵团的速度快，不一会儿的功夫，就己经追上了幕府军，中华军的骑军首先是举枪射击，将败逃的幕府军士兵打倒一片，随后从幕府军的身后赶上去，借着战马的冲击力，挥刀劈砍，只杀得幕府军的士兵纷纷倒地身亡，而幕府军的其他士兵根本就不敢迎战，只能拼命快跑，不是为了躲过追击的中华军骑兵，而是要超过其他的同伴就行了。
而随后中华军的步兵也追赶了上來，连射击都不用了，只是追在幕府军的背后，用刺刀穿刺，一扎一个，简直比割韭菜还容易。
双方会战的地点就在彦根城以南不到十里的地方，因此幕府军，中华军一路追逃，用不了一会儿，就到了彦根城前。但这时双方已经混绞在一起，有不少的中华军战斗小组都己经冲入了幕府军的队列当中，已经分不清彼此阵式了。
井伊直孝等几员主将都有战马，因此逃跑的速度也比其他士兵快，这时己经率先逃进了彦根城里。井伊直孝留下松平赖常、稻叶正则在城门口，紧急招呼败军赶快进城，自己和松平纲隆则马上在城墙上布置防守，虽然他们心里都知道，彦根城估计是守不住了，但也不能就这么将彦根城拱手让给中华军，那怕是只坚守住一天，也就好的，也算是对得起徳川幕府了。
但等井伊直孝、松平纲隆登上城墙之后才发现，虽然幕府军还有大部都在城外，但有不少中华军己经冲入了幕府军的阵式，正向彦根城的方向冲杀过來，其中有几个中华军的小组离彦根城的吊桥已不足五十米远的距离，看來中华军并不是完全在追击幕府军，而打箅趁着追击咐势头，好一举攻占彦根城。
虽然这时松平赖常、稻叶正则都在吊桥上，不断的招呼催促着败早赶快进城，同时也组织兵力，去阻挡中华军的突进，但城门、吊桥才多大的地方，想要一下把败军都放进城里來，根本就不可能，而且中华军现在士气高旺，火枪射击加手榴弹炸的战木，也根本不是幕府军能够阻挡得住的，结果不一会儿的功夫，就有两支中华军的小组己经击退了阻截的幕府军，离吊桥己不足二十米远了。几乎是抬足就可以杀到吊桥來，有几名守在吊桥上的幕府军士兵都被中华军用火枪击中，一头栽倒进了护城河里。
井伊直孝见了，也知道情况不妙，如果再不当机立断，中华军就可以冲进彦根城了，尽管这时还有大量的幕府士兵还沒有进城，但也沒有别的办法，因此只好下令，让松平赖常、稻叶正则都退进彦根城里來，然后扯起吊桥，关闭城门。
随着吊桥的拉起，有一些还在吊桥也抵挡中华军进攻的幕府军士兵也慌了手脚，有些人因为分心，而被中华军杀死；也有人及时撤退，在吊桥离地面尚不高时，抢着跳上了吊桥，得以逃脫；还有几名士兵虽然來不及跳上吊桥，但也紧紧拉住了吊板的前沿，被带着升离了地面；但更多的都是來不及撤退，只能看着升起的吊桥，向彦根城里又跳又骂，大叫着要求把吊桥再放下來。
不过毎一个士兵都知道，吊桥一但拉起，当然是不可能再放下來了，而且中华军也从背后冲杀了上來，因此也有士兵跳入护城河里，向对岸游了过來。反正吊桥虽然扯赶來，但城门并沒有关门，只要是游到了对岸，仍然可以进城保命。而也有士兵顺着护城河逃跑。
而就在吊桥尚未完全拉起，有一个中华军的战斗小组就己经冲到护城河边，不过这时吊桥己离城一丈多高，就晚了这么一步。
井伊直孝看着城外被中华军追杀着四处逃窜的幕府军，心里也十分不好受，不过不管怎么说，总算是及时拉起了吊桥，沒让中华军杀进彥根城里。而查点人马，在他们出战的时候，在彦根城里还留下了五千多人驻守，而现在全部加起來，城里的守军只有九千三百多人。
彦根城的吊桥拉起，城门也关闭了，其他被关在城外的幕府军士兵也只好纷纷四散败逃，但中华军追击很急，于是也有不少士兵都只得向中华军投降。
其实双方的战斗用时还不到两个小时，但清理战场，收剿败军，却用了两个多小时，一上午的时间，整个战争也基本结束，虽然这时最后的战果还沒有统计出來，但仅中华军抓获的俘虏，就超过了万人。当然也有相当一部份败军绕过了彥根城，逃进了东部地区的山区里。
而商毅接着下令，再接再厉，不要给敌人以喘息之机，立刻对彦根城发动进攻，等一举攻破彦根城之后，再清理战场，统计最后的战果。
成进接令之后，立刻下令，运來重型火炮，在彦根城前列好，对着彦根城进行猛烈的轰击，又命火枪兵靠近城墙，向城头开枪射击，同时又派出工程兵，马上去填埋护城河，为爆破组清空道路。
随着重型火炮开火轰击，火枪兵射击，彦根城上的守军也被打得连头都抬不起來，而工程兵也立刻出动，开始填埋护城河。因为时间里急，现挖泥砂都來不及了，只好就地取材，反正现在满战场都是尸体沒清，干脆就來个废物利用吧，因此工程兵们纷纷将幕府士兵的尸体扔进护城河里，为爆破组辅平道路。当然在混乱当中，也不可能分得仔细，有一些重伤未死的幕府士兵也都被当做尸体，扔进护城河里，其中还夹杂着几名躲在尸体中装死的幕府士兵。这个时候才不管呢？
结果经过了一个多小时的工作，在彦根城的护城河里，用幕府士兵的尸体和泥砂混合，再铺上木板，终于辅出了三条道路，随后爆破组立刻跟进，对彦根城进行爆破。
“轰” 的一声巨响，彦根城的城墙升起了巨大的烟雾火焰，城墙被炸开了一个十几米宽的大缺口，中华军的士兵立刻向彦根城发动了全面进攻，从炸开的缺口处杀进了彦根城里。
这时彦根城里虽然还有**千士兵，但经过了城外一战之后，早己经军心涣散，如果城墙不失，还免强能够撑得住，现在城墙被炸开，中华军的士兵冲杀进彦根城里，任谁也无心与中华军交战，还不等主将下令，就纷纷溃散，从其他的城门逃出了彦根城。也有一部份沒有及时逃出的士兵，向中华军投降。
而付责守卫彦根城的四个大名中，松平纲隆、松平赖常、稻叶正则三人带领着败军，逃出了彦根城里，但歧阜城方面败退，而井伊直孝在守天阁內剖腹自杀。因为他是彦根藩的藩主，彦根城失守，他怎么也是脱离不了责任，只能选择剖腹自杀。到下午四时左右，中华军完全控制住了彦根城的局势。
这一次战斗，也是中华军登陆日本以來，进行的一次最大规模的战斗，双方投入战场的兵力相加，以经接近了十万，但中华军仅仅只用了一天的时间，不仅在城外的野战中击败了幕府军的四万大军，并且又乘势攻克了彦根城，取得了这一次战斗的全胜。
取得的战果是，歼灭幕府军一万六千七百二十七人，俘虏一万三千五百八十二人，而中华军一方的损失是，阵亡一百八十七人，受伤三百六十三人。伤亡的人数都是在追击和向彥根城里突击时产生的，另外幕府军留在彦根城里的军用物资，还有彦根藩历年积累的财富，也都全部成为中华军的战利品。当然这些统计，都是在随后几天时间里，才逐步统计出來的。
到这个时候，中华军己经连续平灭了曰本十几个藩，其中领地在二十万石以上的较大藩有五六个，从这些藩里，仅获得的粮食就达到十五六万石，足够中华军使用近三个月，而从各藩府库中得到的白银达到六十余万两，黄金五万余两，其他的物资也值价白银三四十万两，因此也算是收获颇丰。
取胜之后，在后阵观战的各大名还有不少人如同做了一场大梦一样，毕竟这样的战斗，几乎毎一个大各都还是第一次看见，而且通过了这一战，几乎每一个大名心里都做出了决定，以后决不能与中华军为敌，因为这是一支根本就无法战胜的军队。当然像毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖等早就投降了中华军的大名则都喜形于色，对他们來说，中华军的实力当然是越强越好。
就在这里，一个领令兵飞马赶到各大名的观战地前，大声道：“皇上有旨，着锅岛胜茂立刻率军，攻取长滨城，其余人等，立刻率领本部人马，进驻关原地区，毛利广纲驻守松尾山；有马忠赖驻守笹尾山，不得有误。”
众大名听了，也都不约而同的跪伏于地，道：“臣等尊旨。”