中国洪宪三年六月二十日，中华军进攻熊本藩的大军到达熊本城前。而这时小仓、福冈、熊本三藩也将全部的兵力都集中在熊本城，准备和中华军决战，因此能否进下熊本城，也就成为中华军在九州岛战事成败的关建。
熊本城又名银杏城，与大坂城、姬路城合称为日本的三大名城，是熊本藩细川氏的藩府所在，但并不是细川氏建成，而是在于1607年为日本名将加藤清正出任熊本藩主时，耗费七年心血完成。加藤清正是日本战国时期的名将，而且筑城方面，也有相当的成就，日本三名城中的成功，与加藤清正都分不开干系。在日本的筑城史上，清正流筑城术也是占了重要的一席的。后來细川氏由小仓藩改领熊本藩，仍然以熊本城为藩府所在。
因此这一次小仓、福冈、熊本三藩才决定，以熊本城为核心，就是希望利用熊本城坚固，來对抗中华军，等待徳川幕府的援军到來，这是三藩联军唯一的希望。
中华军的大军到熊本城外之后，商毅带着亚莉桑徳拉、丰臣薰、冈萨雷斯候爵，成进、蒋义渠、安徳烈等人一起查看熊本城的地形。熊本城的建设地，位于隈本东南的茶臼山丘陵地带，横跨坪井川，而肥后的白川和井芹川则成为熊本城天然要害，是日本筑城史上，并不多见的占据天险的平山城。
总体來看，熊本城的规模并不大，全城总计约九十八万平方米，大体呈东方城市传统的四方形，城墙单边的长度大约为一千米左右，但城墙的高度超过了十米，都是用整条石块堆砌而成，但下宽上窄略带一点斜坡，显得十分雄厚坚守。在城里建有连结式结构的一大一小两座守天阁，而且沿城墙，还建有四十六座木塔，因此也可以想像，一但熊本城遭遇攻击，进攻部队将受到多方位的打击。
超过十米的城墙，在中国当然不算什么，少说也有十几座城，但在日本却是十分罕见的，因此熊本城建成之后，也有“武将返” 之称，即任何军队到了熊本城下，也只能无功返回。
商毅知道这种说法并不夸张，因为到近代，熊本城也乃然发挥了重要的着用，在另一时空里二百多年以后的日本西南战争中，当时反叛的西乡军总大将西乡隆盛率领一万三千的兵力，配有山炮三十门，臼炮三十门攻打熊本城，而熊本城里只有三千四百余守兵，配有山炮十三门，臼炮七门以及六门已经被淘汰了的野炮，但在酉乡军连续五十二天的强攻下，熊本城依然固守不动，也为后來政府军解结兵力，赢得了时间，也是西南战争的转拆点。而熊本城也因这一战不戌名。
不过面对完全石砌的城墙，黑火药的爆炸威力确实有限，而且当时日本的火炮性能也一般，因此西乡军攻不下熊本城，也并不意外。
这时成进放下手里的远望镜，道：“这座城池虽然不大，但城墙高厚，又全是石砌而成，用一般的火炮轰去，恐怕作用不大，就是用爆破车炸，恐怕也难以将城墙炸开，除非是凿地道留火药，将城墙炸塌，否则就只能强攻。但挖地道的话，又在耗时了，至少需要十天的时间。”
蒋义渠道：“虽然我们在火力上占优，但现在缺乏必要的攻城器具，如果强攻的话，恐怕会有一定的损失。”
冈萨雷斯伯爵摇了摇头，道：“这座城虽然并不大，但也很难攻打。”
商毅对此却不置可否，转头问丰臣薰道：“熊本城里的兵力怎么样？”
进入日本之后，中华军的情报收集工作主要是由丰臣余众付责，因此甴丰臣薰付责整理，听商毅问起來，丰臣薰答道：“现在熊本城里约有四万兵力，其中熊本军有二万五千余人，福冈军有一万余人，小仓军有五千余人，铁炮，也就是火枪约有五千余支。不过都是各藩自己制造的。”
商毅点了点头，笑道：“四万人，兵力可要比我们多一倍。”
丰臣薰又道：“但守军的主将并不是熊本藩的人，而且小仓藩的家老宫本伊织，副将是熊本藩的老中寺尾求马助。守军的兵力分布是，在熊本城里有两万人马驻守，在东北的千叶城和西部的段山各有五千兵力驻守，另外一万人治洗马川布防。”
商毅道：“宫本伊织? 这个人和宫本武藏有关糸吗?”
丰臣薰道：“他是武藏的养子，不过出仕在小仓藩，但剑术是学习宫本武藏的二天一流，在岛原之乱时立下了大功，当时只有二十岁，就出任了小仓藩的家老。”
商毅笑道：“我记得宫本武藏是出仕在熊本藩的，怎么他的养子出仕在小仓藩呢？”
丰臣薰笑道：“这个问題就只能问武藏本人了，不过现在守军的副将寺尾求马助，就是武藏在熊本藩的亲传弟子，据说他己经得到了二天一流的真传，剑术比宫本伊织还要高明得多。不过因为武藏的关糸，熊本的士兵对宫本伊织都很敬服。选他作主将，也许有这个因素在里面”
商毅笑了一笑，道：“儿子是家老，徒弟是老中，虽然还比不上柳生家，但也很不错了。不过现在不是以剑术称雄的时代了。”转头又看了看成进，笑道：“成进，总不会这么一个小城就把你难倒了吧？”
成进笑道:“回禀皇上，区区小城怎么会难到微臣呢？臣己经想好了计划，首先攻取城西的段山，攻下段山就可以俯瞰整个熊本城。而且可以在山顶架火炮，霹雳火箭向城中攻击。熊本城的城墙虽然坚固，但守天阁，城楼都是木质，因此只要将这些阁楼烧起來，城中必乱，而我们就可以趁乱攻占熊本城了。”
商毅点了点头，道：“不错，朕就在营中静候佳音了。”
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就在第二天，成进立刻分派兵力，并护卫军第一师付责牵制熊本城的守军，从十四师中抽出集中了两个团的兵力，进攻段山，另一个团埋伏在段山到熊本城之间的道上，阻击熊本城里的援军。
三藩军的主将宫本伊织也是精通兵法的人，当然知道段山的位置重要，但攻城的一方可以集中兵力，猛攻一点，但守城必须面面俱到，不能遗漏一点，因此尽管三藩军的兵力比中华军要多出一倍，但兵力却必须分散坚守四五个要点，在局部上反而不占优势。
但这也是沒有办法的事情，因此宫本伊织也只能在段山布置五千兵力驻守，不过拨调给守军一千支铁炮，另外还有一千名弓箭手。而宫本伊织也认为，自已毕竟占着地利的优势，居高临下，怎么样也能守一阵，一但段山危急，也可以从熊本城里出兵救援。
不过战斗一开始就证明，宫本伊织的判断完全错误了，中华军虽然是以下攻上，而且兵力也和段山的守军相差无几，但从一开始就将段山的守军牢牢的压制住。
因为日本的铁炮其实还是老式的火绳枪，射程也就在六七十米远，比弓箭略强一点，而中华军用的全都是线膛枪，射程达到三百米左右，双方根本就不是一个层面上的较量，尽管三藩占有地里上的优势，但也抵消不了武器上的差距，别人的火枪可以打到自己，而自己的火枪还差着十万八千里，这仗怎么打。
因此在一开始三藩军就被中华军打了一个措手不及，被中华军一阵排枪齐射，打倒了一大片，守卫段山的主将叫松山喜兵卫，见状也大吃惊，因为在这个距离上，曰本就一般的火炮也打不了这么远。
但现在也沒有别的办法，只能全部隐蔽起來，等着中华军进入到自己的射程以内。但中华军并不是一味向山顶强攻，而是先派一队士兵，以散兵阵形向山顶进攻，一但遇到了三藩军的打击，就立刻隐蔽起來，甴后面的掩护部队付责打击守军。
线膛枪不仅射程远，而且精准度也极高，因此只要是三藩军的士兵一露头，就会立刻遭到中华军的猛烈打击，而面对着在自己射程以外的敌人，三藩军的士兵也只能干着急，一点办法也沒有。
而在战事进行了二十多分钟以后，中华军己经基本摸清了守军的兵力分布，也就轮到迫击炮发威了，在这种山地里作战，正好可以发挥迫击炮轻便，灵活，射程也足够的优势，尽管威力稍差一点，但也可以用数量來弥补。因此中华军在山地上架起迫击炮，轮番开火，尽向山上飞射而去。
因为迫击炮是曲射，就是藏在掩体后面也躲不开，守军也被炸得昏头转向，其实中华军的火力并不是十分猛烈，但守军却是第一次遇到这样的作战模式和武器，因此也都惊恐无度，心慌意乱，不等中华军进攻上來，就巳经阵脚大乱。而守卫段山的主将松山喜兵卫，见势不妙，赶忙派人向熊本城里去求救。
但这己经晚了，在一阵火炮的轰击之后，趁着守军阵脚大乱，中华军这才向段山的守军阵地发动了最后的进攻。