解决好造船和武器供应的问题，毛钰开始着手处理舰队和卫所的事情。毛文龙的亲兵加上孔有德、耿仲明等人带过来的人，新加入的辽东兵有1200人，毛钰让毛文龙先挑选200人，其中50人将安排在杭州毛府，50人安排在金塘岛毛府，另外100人安排在杭州城外的庄园用来加强防备同时处理收租等杂事。
当毛文龙和孔有德、耿仲明等人看到尚可喜、达代应等人率领几个方阵在校场走过的时候都被震撼了。尤其是桀骜不驯的孔有德，他之前只是羡慕毛钰的战船和站船上的火炮，没想到这些人最强悍的也不过是两年前从辽东带过来的。
看到这样的队伍，毛文龙等人总算想起了这两年来毛钰不断送来的消息，与某某海盗大战，如何如何横扫某海盗，也总算明白当日遭遇李永芳船队，一千多毛文龙亲兵压根就没出手的机会。
而接下来的高层会议，孔有德等人再次感觉到了差距，按照毛钰的说法新加入的这一千人身体素质不错，训练半年即可成军。孔有德差点就跳起来，不过看到尚可喜那得意洋洋的样子，他知道现在不是在东江，自己既然选择跟了毛钰，那就不再是千户，就算是千户身份地位和毛钰还是有差距的。关键是除了自己几个新加入的将领，先前跟着毛钰的人都一脸的淡定。
毛钰的计划里，将以新加入的辽东兵围骨干训练一支海军陆战队，这些人虽然也登船作战，但平常只作为舰载兵和登陆作战时候的主力。不过所有的新兵都必须通过训练考核。考核次等的将会被分配到舟山卫去带卫所兵或者分到邳山岛和大陈岛加强当地的力量。最后毛钰强调了一句包括孔有德和耿仲明在内，所有人都是如此必须通过新兵训练。
最让孔有德等人郁闷的是这次新兵训练的三个队长就是尚可喜、达代应和毛顺。孔有德不知道的是接下来的训练尚可喜他们不用刻意针对也必定让这些在辽东已经有些懈怠的老家伙吃尽苦头。不过还是那句话，训练虽苦，伙食是真不错。
而训练场地周围那醒目的标语时刻提醒着大家。流血流汗不流泪、掉皮掉肉不掉队这种标语看起来还高大上。“现在训练不刻苦等着回家去吃土”就有点血淋淋，不过效果也是最好的，能来这里的大部分都是苦哈哈出身，尤其是东江这么多年的苦只有自己知道。毛钰要求虽然严格却真的是伙食好。他们甚至普通士兵比在东江的毛文龙吃的还要好。如果连续三次通不过定期考核就真的只能回家吃土了，这是谁也不愿意的。
将大部分训练任务分下去之后，毛钰也没忘记给老爹选的200人重新训练，除了一般的基础训练，大高手张峰成了他们的教官。这些人跟随毛文龙多年，心高气傲，不过张峰用单挑的战绩告诉了他们人外有人。先是一对一，连赢五场之后是一对二，然后是一对三。这些辽东大汉也没脸提出来一对四、一对五。一个个对这个年轻的教官心服口服。
金塘岛训练的实际上就是毛家的私兵，不过军规还是要有的，毛钰在之前舰队管理调理上又增加了几条。这其中就包括违反训练操典和保密条例最多。最常用的处罚就是蛙跳、俯卧撑、绕场地跑圈、五公里拉练等。
目前金塘岛的军事训练基地还没有完全建设好，不过已经有三个包含跑道和足球场以及单双杠和沙坑在内的训练场，可以供三千人同时训练。这样的训练场地不说毛文龙孔有德等人，就算一直跟在毛钰身边的尚可喜等人也是意外连连。感叹少爷钱真多，真大方！
这个时代的大明军队总是打不过只有几万人口的建奴，其实不是因为建奴妖孽，而是因为大明军队的训练太差，也不合理。三日一练习，五日一操似乎就是非常了得的家丁、私兵了。一般的卫所兵估计一年也不会训练几次。又缺少马匹面对骑射和步战都出色的八旗精锐自然是一触即溃。甚至很多时候是望风而逃。
毛钰尽然是穿越者就要合理、科学训练。陆战队，和舰载兵、战船护卫和水手以及火炮手的训练重点自然不一样。当然弄这么多训练器材和名目的另外一个目的就是消耗掉士兵们过剩的精力也适当增加趣味性。目前队伍当中的很多年轻人是没老婆的，精力过剩的直接后果就是闹事。
当然区分私兵和官兵之后，今后私兵基本上就在金塘岛训练，作用主要是战舰护卫和金塘岛护卫。至于舟山卫所军重建，只能慢慢来，反正朝廷也没剥下来银子对于他的兵员自然不存在核查。
对孔有德和耿仲明等原东江将领毛钰承诺让他们过段时间再决定，如果决定加入舟山卫，毛钰自然要想办法帮他们争取一个千总的位置。
而私兵毛钰没有按照大明的军队那一套管理，而是分士、尉、校、将四等。每个等又分三到四等。即下士、中士、上士、军士长、少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、大校……
其中从军士长晋升到少尉必须通过初级军官考试。从上尉晋升到少校必须通过中级军官考试，从大校晋升少将必须通过高级军官考试。考试的内容包括认识汉字的数量、基础算数、战阵、兵法等。贸易这一招出来孔有德、尚可喜等人都笑不出来了。
因为毛钰规定所有人按照军衔拿工钱。战场上如果战阵被打乱就采取服从军衔高的人指挥。如今三千多人当中自然大部分是上士和军士长。少尉网上基本上都是护卫队长和各船船长。尚可喜、达代应等人目前是对应的等级上尉当然还必须在一年内通过军官考试。整个军队编制才尽量采用后世的模式，不过考虑到目前主要是水师为主，因此并不是一船一个整编排和整编连。而是以营为单位分派船只和战兵以及火炮手和水手。毛钰计划今后随着战斗经验的丰富和船队规模的扩大团级单位将会成为一个小舰队或者陆战队。